Анализ аутосомного генофонда балтийских этносов: эстонцев, латышей, литовцев. Часть III

Перейдем теперь к литовцам.
Как представляется нам, результаты эксперимента с двумя литовскими популяциями (литовцы Lithuanians из референсной панели в работе Behar et al.2011; Lithuanians_V — участники проекта MDLP с литовскими корнями) также укладываются в общее консенсуальное представление о генетической частоте или «однообразии» балтийских популяций.

I
В случае с академической референсной популяцией литовцев, полученные на выходе результаты анализа ALDer явным образом свидетельствуют в пользу вышеозвученной концепции.  Тест на однореференсную корреляцию угасания генетического сцепления между литовцами и каждой из референсных популяций в отдельности выдал следущие результаты:

Pre-test: Does Lithuanian have a 1-ref weighted LD curve with…
Italian-Center:  NO (z = 0.00)
Sicilian:  NO (z = 0.00)
Sardinian:  NO (z = 0.49)
German:  NO (z = 0.00)
        Lithuanian_V:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Latvian:  NO (z = 0.00)
Belarusian:  NO (z = 0.00)
Swedish:  NO (z = 0.00)
            Polish_V:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
           Russian_V:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
      Russian_Center:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
           Latvian_V: YES (z = 2.44)
Inkeri:  NO (z = 0.00)
Russian_South:  NO (z = 0.00)
Ukrainian_V:  NO (z = 0.00)
Slovakian:  NO (z = 0.00)
Czech:  NO (z = 0.00)
Sorb:  NO (z = 0.00)
            Estonian:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Ukrainian:  NO (z = 1.42)
        Belarusian_V:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Ukrainian-East:  NO (z = 0.00)
Ukrainian-West:  NO (z = 0.00)
Mordovian:  NO (z = 0.00)
CEU:  NO (z = 0.00)
CEU_V:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
British:  NO (z = 0.00)
French:  NO (z = 0.00)
Orcadian:  NO (z = 0.00)
German-South:  NO (z = 0.00)
German-North:  NO (z = 0.00)
            German_V:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Bulgarian:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Finnish-North:  NO (z = 0.00)
          Cirkassian: YES (z = 2.34)
     Russian_cossack:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
               Saami:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Udmurd:  NO (z = 0.00)
Komi:  NO (z = 0.00)
Karelian:  NO (z = 0.00)
Vepsa:  NO (z = 0.00)
Mari:  NO (z = 0.00)
Bashkir:  NO (z = 0.00)
              Nenets:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Hant:  NO (z = 0.00)
Chuvash:  NO (z = 0.00)
Mansi:  NO (z = 0.00)
Finnish-South:  NO (z = 0.00)
Polish:  NO (z = 0.00)
Gagauz:  NO (z = 0.00)
Moldavian:  NO (z = 0.00)
             Romania:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Bosnian:  NO (z = 0.00)
Adygei:  NO (z = 1.09)
Croatian:  NO (z = 1.03)
Serbian:  NO (z = 0.57)
Slovenian:  NO (z = 0.00)
Montenegrin:  NO (z = 0.00)
Macedonian:  NO (z = 0.00)
Kosovar:  NO (z = 0.00)
Austrian:  NO (z = 0.00)
Greek_Azov:  NO (z = 0.00)
Greek_Center:  NO (z = 1.08)
Greek_North:  NO (z = 0.00)
Greek_South:  NO (z = 0.00)
Tatar_Crim:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
               Azeri:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
              Tadjik:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Kyrgyz:  NO (z = 0.00)
Kazakh:  NO (z = 0.00)
Georgian:  NO (z = 0.00)
Georgian_Imereti:  NO (z = 0.00)
Georgian_Laz:  NO (z = 0.01)
NorthOssetian:  NO (z = 0.00)
Armenian:  NO (z = 0.00)
Kumyk:  NO (z = 0.00)
Chechen:  NO (z = 0.00)
Turk:  NO (z = 0.00)
             Turkmen:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Uzbek:  NO (z = 0.00)
Mongol:  NO (z = 0.00)
          Karakalpak:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Lak:  NO (z = 0.00)
Balkarian:  NO (z = 0.00)
Lezgin:  NO (z = 0.71)
           Abhkasian:  NO (cannot pre-test: long-range LD)
Kalmyk:  NO (z = 1.94)
Syrian:  NO (z = 0.00)
Kurd:  NO (z = 0.00)
Tabassaran:  NO (z = 0.95)
Hakas:  NO (z = 0.00)
Altaic:  NO (z = 0.00)
Tatar_Kryashen:  NO (z = 0.00)
Tartar_Mishar: YES (z = 2.79)
Parsi:  NO (z = 0.00)
Avar:  NO (z = 0.00)
Nogai:  NO (z = 0.00)
Italian-North:  NO (z = 0.00)
           Hungarian:  NO (cannot pre-test: long-range LD)

Пре-тест не сработал в значительной части комбинации референсных популяций из-за высокого значения генетического сцепления локусов на больших генетических дистанциях. Из всего списка популяций только две популяции показали положительные результаты — это Cirkassian (черкесы), татары-мишари и Latvian_V (латыши проекта MDL).

Все три теста на присутствие двухреференсной корреляции экспоненциального угасания кривой генетического сцепления оказались статистически незначимыми, а скорости угасания генетического сцепления в двух референсных популяциях — несопоставимыми между собой.

Для наглядности, привожу подробные результаты этих тестов:


*** Admixture test summary ***

Weighted LD curves are fit starting at 0.5 cM

Does Lithuanian have a 2-ref weighted LD curve with Latvian_V and Cirkassian?
2-ref decay z-score:    3.55
2-ref amp_exp z-score:  3.93
NO: curve is not significant

Do 2-ref and 1-ref curves have consistent decay rates?
1-ref Latvian_V — 2-ref z-score:                    1.74   ( 95%)
1-ref Cirkassian — 2-ref z-score:                   0.37   ( 19%)
1-ref Cirkassian — 1-ref Latvian_V z-score:        -1.50   (-80%)
WARNING: decay rates are inconsistent

Test FAILS (z=3.55, p=0.97) for Lithuanian with {Latvian_V, Cirkassian} weights
note: p-value is multiplied by 2556 for multiple-hypothesis correction

DATA:    failure (warning: decay rates inconsistent)    0.97    Lithuanian    Latvian_V    Cirkassian    3.55    2.44    2.34    95%    78.52 +/- 22.09    0.00028164 +/- 0.00007158    219.82 +/- 66.29    0.00040365 +/- 0.00016525    94.59 +/- 40.39    0.00009331 +/- 0.00003691

*** Admixture test summary ***

Weighted LD curves are fit starting at 0.5 cM

Does Lithuanian have a 2-ref weighted LD curve with Latvian_V and Tartar_Mishar?
   2-ref decay z-score:    1.83
   2-ref amp_exp z-score:  1.95
                                  NO: curve is not significant

Do 2-ref and 1-ref curves have consistent decay rates?
   1-ref Latvian_V — 2-ref z-score:                    1.37   ( 75%)
   1-ref Tartar_Misha — 2-ref z-score:                 2.81   (108%)
   1-ref Tartar_Misha — 1-ref Latvian_V z-score:       1.47   ( 41%)
                                  WARNING: decay rates are inconsistent

Test FAILS (z=1.83, p=1.7e+02) for Lithuanian with {Latvian_V, Tartar_Mishar} weights
  note: p-value is multiplied by 2556 for multiple-hypothesis correction

DATA:    failure (warning: decay rates inconsistent)    1.7e+02    Lithuanian    Latvian_V    Tartar_Mishar    1.83    2.44    2.79    108%    99.98 +/- 54.54    0.00034952 +/- 0.00017910    219.82 +/- 66.29    0.00040365 +/- 0.00016525    332.64 +/- 55.74    0.00101889 +/- 0.00036487

 *** Admixture test summary ***

Weighted LD curves are fit starting at 0.5 cM

Does Lithuanian have a 2-ref weighted LD curve with Cirkassian and Tartar_Mishar?
   2-ref decay z-score:    2.86
   2-ref amp_exp z-score:  3.21
                                  NO: curve is not significant

Do 2-ref and 1-ref curves have consistent decay rates?
   1-ref Cirkassian — 2-ref z-score:                   0.18   ( 10%)
   1-ref Tartar_Misha — 2-ref z-score:                 4.24   (118%)
   1-ref Tartar_Misha — 1-ref Cirkassian z-score:      3.18   (111%)
                                  WARNING: decay rates are inconsistent

Test FAILS (z=2.86, p=11) for Lithuanian with {Cirkassian, Tartar_Mishar} weights
  note: p-value is multiplied by 2556 for multiple-hypothesis correction

DATA:    failure (warning: decay rates inconsistent)    11    Lithuanian    Cirkassian    Tartar_Mishar    2.86    2.34    2.79    118%    85.68 +/- 29.92    0.00034317 +/- 0.00010688    94.59 +/- 40.39    0.00009331 +/- 0.00003691    332.64 +/- 55.74    0.00101889 +/- 0.00036487

Поскольку результаты теста неудачные,  мы не видим особого смысла дискутировать на предмет определения даты адмикса предковых популяций литовцев. Достаточно лишь отметить, что это событие относилось к достаточно древним временам (бронзовый век или даже неолит).
II

В отношении второй группы литовцев — участников проекта MDLP,  ситуация более оптимистична.

При изучении результов анализа этой группы в ALDer, мы отобрали единственный результат, который формально отвечал всем критериям отбора:

DATA:    success    0.023    Lithuanian_V    Latvian_V    Mongol    4.44    4.00    4.37    18%    78.34 +/- 11.50    0.00021502 +/- 0.00004838    84.69 +/- 21.16    0.00016508 +/- 0.00003618    71.00 +/- 16.26    0.00009300 +/- 0.00002053

Итак, эта вариант адмикса где истинные популяции исторического адмикса в этногенезе литовцев наиболее похожи на современных латышей и современных монголов. Так как адмикс со стороны латышей древнее (84.69 +/- 21.16  поколений тому назад), чем адмикс со стороны «монголоидов» ( 71.00 +/- 16.26 ), протолатышей следует признать субстратной основой в генофонде литовцев, монголоидную примесь — адстратом.

В принципе, в этом открытии нет ничего нового, ибо еще представители классической антропологической краниологии указывали на присутствие в черепах предков современных балтов незначительного смягченного монголоидного влияния: «некоторые монголоидные черты имеют и часть балтийских народов, особенно на северо-востоке Латвии. Они являются результатом смешения древних балтийских и финно-угорских племен, тем более что граница между ними в средневековье проходила по низовьям реки Даугава (Западная Двина).»  Датировка события этого адмикса согласно вычислениям в ALDer лежит в достаточно широком временном интервале (VII-I век до нашей эры), который охватывает весь древнейший период железного века в Прибалтике. Скорее всего тогда и начался процесс смешивания финно-угорских и балтийских популяций.

В дополнение к традиционному объясянению  появления монголоидности в ходе смешивания с финно-угорскими народами, представляется возможным рассмотреть альтернативные версии смешивания популяций.

Реклама

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s