Популяризация [персональной] геномики

Многим читателям и подписчикам моего блога хорошо известно, что русскоязычные СМИ уделяют очень мало внимания освещению достижений современной генетики, не говоря уже о грамотной популяризации. В результате, потребитель масс-медиа получает искаженную информацию о генетике из уст профанаторов и шарлатанов от науки (например, А.Клесова). Сказанное еще в большей степени касается и персональной геномики.

На фоне этой удручающей тенденции хочется отметить позитивную инициативу портала Постнаука, взявшим на себя задачу по геномному ликбезу. Осенью этого года на портале было размещено несколько интересных интервью с ведущими российскими специалистами в этой области:

Заметка о генетике аутосомного генофонда белорусов. Часть II.

Диэнек Понтикос внес предложение использовать при Rolloff-анализе генофонда белорусов  в качестве референсов литовцев и пуштунов. Следуя этому совету, я решил предпринять вторую попытку формального анализа адмикса в двух имеющихся у меня выборках белорусов  (эталонный выборка белорусов из статьи  Behar et al. 2011), и выборка белорусов, собраннаяя в нашем проекте.

Ниже приведены результаты эксперимента  с двумя этими группам (и в отличие результатов моей предыдущей попытки, результаты данного эксперимента менее «зашумленные»):


valid snps: 746877
group 0 Lithuanian
group 1 Pathan
number admixed: 13 number of references: 2
numsnps: 746877  numindivs: 55
starting main loop. numsnps: 158101

Summary of fit:

Formula: wcorr ~ (C + A * exp(-m * dist/100))

Parameters:
   Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)   
C 2.332e-04  3.029e-04   0.770  0.44165   
A 3.306e-02  1.227e-02   2.695  0.00728 **
m 1.169e+02  3.851e+01   3.037  0.00252 **
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

Residual standard error: 0.006508 on 493 degrees of freedom

Number of iterations to convergence: 0 
Achieved convergence tolerance: 9.103e-06 

mean (generations):  116.9416

Интервал числа поколений, прошедших со времен анализируемого адмикса ( jackknife (generations)   105.086+-52.59) или 3069 +- 1525 лет до настоящего времени, что соответствует временном интервалу 1 тыс. до нашей эры — 6 век нашей эры.