Новая парадигма поиска геномных ассоциаций

Некоторое время назад благодаря помощи неутомимого Джона Олсона из Gedmatch, мы обнаружили «ген Фейсбука» .
Но, наверное стоит уточнить детали.Строго говоря, из-за спектра нарциссических проявлений этот «ген» (а вернее полиморфизм в гене) следовало бы обозначить как «Twitter gene», но название «Facebook gene» мне нравится «более лучше» (с)
Немного о методике поиска (поскольку она несколько отличается от привычных GWAS-методов анализа генетического сцепления/линкаджа и ассоциаций). Джон имплементировал на своем сервере поисковик редких генетических вариантов («Rare SNP search») в своей базе данных, которая уже содержит «геномы» несколько десятков тысяч людей.
Поисковик выдал список из примерно 1000 редких генотипов, представленных в возрастающем (по чистоте генотипа в выборке) порядке — от меньшего к большему. Поскольку дизайн поисковика позволяет определить аллель по которой ведется расчет чистоты, а также посмотреть список людей, у которых присутствет этот редкий аллель, то не составило провести мини-GWAS на предемет ассоциаций с заболеваниями и фенотипическими признаками.

Одним из таких снипов оказался rs28363168, расположенный на 1447389 (в геномных координатах b37) 5 хросомомы в регионе гена SLC6A3. Этот снип имеет два аллельных варианта — C и A, причем А очень редкий генотип (частота в выборке не превышает 0.612%).
У меня этот снип представлен в гетерозиготном виде, т.е. AC. Cнип же этот, находясь в гене SLC6A3 имеет ряд уже ранее описанных в литературе ассоциаций -в частности,
ADHD, schizophrenia, depression, alcohol consumption. ADHD весьма примечателен.
Это синдром дефицита внимания и гиперактивности (сокращённо СДВГ; англ. AttentionDeficit/Hyperactivity Disorder (ADHD)) — неврологическо-поведенческое расстройство развития, начинающееся в детском возрасте.
Проявляется такими симптомами, как трудности концентрации внимания, гиперактивность и плохо управляемая импульсивность. Как показали последние исследования американские ученные, многие из активных посетителей социальных сетей страдают о СДВГа 🙂

Посмотрев список лиц, указанных в таблице с тем же редким генотипом А, к удивлению заметил, что в списке много людей, известных своей гиперактивностью в РАЗНЫХ социальных сетях и на РАЗНЫХ антропологических форумах.
Ergo, можно признать, что РЕДКИЙ генотип А rs28363168 может быть связан с риском развития клинических форм ADHD/СДВГ. Это связь убедительна если вспомнить о том, что ген SLC6A3
(в котором находится снип) кодирует протеин допаминового транспортера, т.е того протеина который «проталкивает» нейротрансмитер допаминов из синапса в цитозоль.

Вывод: новая модель  поиска геномных ассоциаций с риском заболеваний за счет включения в анализ большого массива данных за счет добровольного участия граждан (participating citizens) представляется наиболее перспективного подхода, так как позволяет минимизировать затраты на генотипирование.  Проекты типа OpenSnp.org позволяют концентрировать большой объем данных по большим выборкам с комбинированными данными о фенотипах/генотипах участников. После определенной обработки и группировки, эти анонимизированные данные представляются профессиональным генетикам, специализирующимся в области геномной медицины для последующего использования в научных работах.

Advertisements

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s