Результаты проекта MDLP 2011-2012

Прошел почти два года с момента старта биогеногеографического проекта MDLP.
Через полтора гоад упорного труда, я наконец-то свел в единое целое предварительные данные по чистотам аллелей 150 000 снипов в 40 евразийских популяций. Аллельные компоненты (начиная с K=5 до K=15) были выявлены с помощью квазиньютоновского метода ускорения конверценции итеративных алгоритмов, имплементаированных в программе ADMIXTURE.
Затем файл со значениям частот аллелей был адаптирован для работы с этнопопуляционным калькулятором Диенека Понтикоса (в DOS shell и программной средой R). Каждый из компонентов получил название, более или менее соответствующее популяции или группы популяций, в которых частоты аллелей принимали максимальное значение,
Поскольку все калькуляторы заточены под евразийские популяции, то и названия компонентов привязаны к регионам Евразии.

И хотя на этом можно было бы остановится, однако к моему удивлению, многие из пользователей калькулятора Понтика так и не смогли овладеть требуемыми навыками.

Поэтому-то я и решил попросить глубокоуважаемого Джона Олсона и его помощиников имплементировать мои модификации калькулятора DIYDodecad в виде веб-сервисов.
Теперь от конечных пользователей продукта требуется только загрузить данные со своими генотипами в формате FTDNA или 23andme и выбрать в выпадающем меню один из K-анализов (где K-число генетических кластеров или компонентов)

Прошу любить и жаловать

http://www.gedmatch.com/

Magnus Ducatus Lituaniae Project (MDLP) K5-K12
Admixture Proportions
Admixture Proportions by Chromosome
Admixture Chromosome Painting
Admixture Chromosome Painting
Admixture Chromosome Painting — Compare a single chromosome between 2 kits

http://ww2.gedmatch.com:8006/autosomal/ap_mix1_mdlp.php
http://ww2.gedmatch.com:8006/autosomal/ap_mix1w_euro.php
http://ww2.gedmatch.com:8006/autosomal/ap_mix1z_euro.php
http://ww2.gedmatch.com:8006/autosomal/ap_mix1zzz_euro.php
http://ww2.gedmatch.com:8006/autosomal/ap_mix1zz_euro.php

Advertisements

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s