Генетические компоненты в геномном калькуляторе MDLP-World22: взгляд со стороны. Анализ Евгения Марчева.

В качестве краткого вступления.

В первую очередь позвольте мне представиться терпеливому и мудрому читателю моего блога — Евгению Марчеву и выразить ему свое почтение и большое удовольствие, которое мне доставляет обращение к нему. Я вполне знаком с его характером, так как, судя по предмету и стилю моего блога, можно поручиться, что он один из миллионов. Подобный критически настроенный читатель готов столкнуться с утверждениями, от которых он будет склонен первоначально отступить; но в конце концов он ждет, чтобы его убедили в истинности каких-либо из них. Он также догадывается, что размышления над предметом и попытка изложить размышления в письменном виде заняло не скажу сколько времени, но уж определенно больше, чем четверть часа, и, следовательно, фундаментальные возражения, столь очевидные, что могли бы ненароком поразить каждого, пришли автору на ум неожиданно, хотя ответы на них не из тех, полное значение которых можно оценить сразу.

От себя замечу, что при воздвижении здания нового популярного геномного знания, которое выдержало бы испытание временем, мне следует позаботиться не столько о том, чтобы разместить каждый элемент в онои с отменной аккуратностью, сколько о том, чтобы заложить как можно более глубокое и твердое основание. Это возможно лишь в том случае, когда между мной и   читателями блога/пользователями моих геномных инструментов установлен контакт по принципу обратной критической связи.  Наличие подобного рода диалога следует признать одним из тех достоинств,  которое выгодно отличает контекст персональных геномных консультаций от  контекста популяционных исследований, в котором обследуемые не только не могут высказать критические замечания по улучшению качества результатов исследования, но даже не знают, что именно изучали ученные в их ДНК.  Немаловажным представляется и то, что перманентный и  незамедлительный отклик критического сообщества весьма благоприятным способом сказывается на качестве получаемого нового знания.

Итак, представляю читателю самостоятельный анализ Е.Марчева, предметом разбора которого являются рассчитанные  в моем проекте аллельные частоты отдельных предковых компонентов.

I. Теория

Решил немного проанализировать данные из этой таблицы применительно к европейцам с уклоном на север, центр и восток Европы.

У европейцев 7 наиболее частых компонентов:

West Asian, North-European-Mesolithic, Atlantic_Mediterranean_Neolithic, Samoedic, Indo-Iranian, North-East-European и Near_East. 

Разберем вкратце каждый из них.

Итак, первый West Asian. Наибольший процент на Западном Кавказе- абхазы (64, 9%), имеретинцы (63,7), лазы (56,6), аварцы (56,8), лезгины (55,4).
На интересуемой нас территории этот компонент чаще встречается у казанских татар (9,9 %), южных немцев (8,4), украинцев (от 6,6 до 7,7 %), южных русских (6,2%). На западе высок процент у итальянцев (21,5 % у центральных итальянцев), французов (6,7 %).

Второй компонент North-European-Mesolithic. Условно его можно назвать саамско-финским.
Саамы (76,4 %), Финны (от 30,1 до 37,3 %), вепсы (24,1), карелы (23,2), ижорцы (22, 7).
Част этот компонент у северных русских (10,5 %), норвежцев (9,8 %), шведов (7,8 %), эстонцев (7,1 %).

Третий- Atlantic_Mediterranean_Neolithic. Юго-западно-европейский или просто западно-европейский.
Больше всего у сардинцев (68,1 %), басков (59,2 %), иберийцев (48,8), корсиканцев (47,8), португальцев (46,6), северных итальянцев (44,3), французов (43,5 %).
Вообще, данный компонент достаточно выражен у всех западноевропейцев- более 30 %.
У восточноевропейцев ниже- чехи (27,8), поляки (18,4), украинцы ( от 17 до 21%), русские (от 11 у северных до 17,3 у южных), у коми (8,9 %), манси (8,8 %).

Следующий Samoedic. Уральский.
Значительно присутствует у селькупов (68,1%), хантов (64,6), ненцы (37,1), манси (30,9 %- ожидал больше), удмурты (29,6), марийцы (27, 8), шорцы (22,0 %), башкиры (21,7%), чуваши и хакассы по 17,6 %, коми- 16,4 %, казанских татар (11,9 %).
У западноевропейцев этот компонент практически не встречается. Есть у русских (от 1,0% у центральных до 4,7 % у северных), у карел (1,6%), словаков (1,4%), западных украинцев (1,7 %).

Пятый. Indo-Iranian.
Очень интересный. Чрезвычайно большой процент больше у калашей- 84,4 %. Вроде и у соседей должно быть прилично, ан нет: буриши (8,7 %), пуштуны (8,5 %), белуджи (6,9 %). Почему так- не знаю.
Что у европейцев? Встречается у норвежцев (3,8%), валлийцев (3,4), бритишей (2,8), французов (2,1). В Восточной Европе как правило до 1%.

Следующий North-East-European занимает значительное место у европейцев, почти у всех.
Больше всего у балтов и славян. Литовцы (81,9), латыши (79,5), белорусы (76,4), эстонцы (75,2), поляки (70,2), русские (67- 70,4), украинцы (62,1- 67,1), сорбы (65,9), карелы (60,2), вепсы (62,5).
Но много и у других: чехи (57,4), северные немцы (54,6), южные- 42,6, у британцев от 46 до 49, норвежцы- 48,1, шведы- 53,7! Низок у саамов- 15,5%.
У южан сравнительно меньше- французы (38,4), центр. итальянцы (18,9%).

И последний- седьмой. Near_East. Условно «семитский» (по имени Сима) или арабский, кому как угодно.
Евреи Йемена (60,9 %), Сауд. аравия (59,5), бедуины (56,7), евреи Эфиопии (52,5), египтяне (43,8).
В Европе:
Относительно много у итальянцев (центр- 17,4), португальцев (11,9).
У южных немцев (3,5), украинцы (от 2,3 у восточных до 3,8 % у западных), чехи (3,0), белорусы (3,4), словаки (3,2), у русских от 1,0 до 1,5%, у литовцев- 1,4%, у поляков- 1,3 %. У других почти нет.

И две диаграммы для наглядности:

II. Практический пример

Рассмотрим частный случай на примере ув. exorcio. Происхождение- северный русский/немец.

Основные компоненты (8):

West-Asian 4.12%- промежуточное значение
North-European-Mesolithic 6.87%- промежуточное значение
Arctic-Amerind 0.99%- градиент к сев. русским
Atlantic_Mediterranean_Neolithic 22.20%- градиент к немцам
Samoedic 2.77%- градиент к русским
East-Siberean 1.49%- градиент к русским
North-East-European 57.77%- промежут.
Near_East 1.15%- промежут.

Хорошо видно, что градиент в сторону северо-восточных популяций (русские, финны) за счет трех компонентов- Arctic-Amerind, Samoedic, East-Siberean, а в сторону немцев за счет Atlantic_Mediterranean_Neolithic.*

В конечном результате в пространстве PCA генетического разнообразия, excorcio находится рядом с чехами, то есть между немцами и восточными славянами.

———————

* Комментарий уважаемого А.Бурнашева: Я хочу заметить, что с математической точки зрения калькуляторы Веренича и Понтикоса не страдают специфическим дефектом калькулятора Веселовского (Поляко) — у них все компоненты независимы.В то же время, в EU-test Поляко появляется один зависимый компонент (т.е. принадлежность к нему куска генома вычисляется на основе других компонент), а в J-test таких зависимых уже 2 (очевидно, ashkenazi компонент тоже вычисляется как суперпозиция).При проведении PCA анализа это все видно.

Advertisements

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s