Перспективы изучения линкаджа в плане определения генеалогической наследственности в изолированных популяциях (заметки доктора К.Булаевой)

По просьбе уважаемой К.Булаевой, я произвел анализ линкаджа в отдельном регионе 6 хромосомы в одной популяционной выборке (какая именно это была выборка, я точно не могу сказать).

Kazima Bulayeva:

Привет Вадим, LD? а admixture ? Мы же как договорились -результаты вместе смотрим ваши и мои -решаем их совместную публикацию. О моих линкадже я говорила. Что LD показало? По идее более узкий регион? Но этот метод-ассоциативный, а у меня нет выборки здоровых….не соображу что может дать этот метод нам. Расскажите плиз что получилось и далее детально обсудим, идет?

Vadim Viarenič-Stachowski: Просто Вы ничего не говорили про admixture

Vadim Viarenič-Stachowski: А сейчас я обработал Ваши данные в программе Haploview.

Kazima Bulayeva: Вадим, я же почти не знаю этот метод. То, что я знаю -это когда изучают в популяциях -можно определить степень геномной гетерогенности в популяции и даже у каждого члена.

Vadim Viarenič-Stachowski: Ее отличие — она позволяет показать блоки с высоким сцеплением наглядно.
http://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/medical-and-population-genetics/haploview/screenshots-0

Vadim Viarenič-Stachowski: То есть выявить блоки LD или гаплоблоки

Kazima Bulayeva: Я думаю как раз сейчас -что может дать LD по снипам в хр 6 в дополнении к линкадже? Прежде всего, линкадже я делала на основе STR сканированных по 10 сМ по всему геному каждого…но как понимаете -это too spread. LD может уловить тоньше локус такого сцепления…единственно —как нам сравнить с нормой? Может быть HapMap для контроля?

Vadim Viarenič-Stachowski: Ok, но для вычисления геномной гетерогенности нужны GWAS-данные. Одной хромосомы маловато будет.

Kazima Bulayeva: по популяциям? Да, согласна

Vadim Viarenič-Stachowski: Так Вам нужны результаты анализа в Haploview?

Kazima Bulayeva: Блок 1 -какие снипы включает?

Vadim Viarenič-Stachowski: Я напримре видел такие вот треугольные плоты в презентациях Степанова

Vadim Viarenič-Stachowski: В графике все подписано

Vadim Viarenič-Stachowski: с обозначением снипа в rs-формате.

Kazima Bulayeva: снипы какие-то другие названия…rs….по идее должны быть ?

Vadim Viarenič-Stachowski: Так ведь это не мой график )), а в качестве примера с сайта программы на Broad Instutute )

Vadim Viarenič-Stachowski: Я справшивал другое — Вам нужны графики такого формата?

Kazima Bulayeva: Нет. Давайте сформулируем задачу: у нас есть данные из 4-этнически разных изолятов с высоким сцеплением с SCZ в 6p21. В сцепленном регионе локализовано около 25 генов…много генов-большой отрезок генома -около 10 сМ т.к STRs/ Что позволят определить снипы? Не все эже 25 генов связаны -а какие-то 1-2 гена из общего числа. Поэтому снипы и LD могут помочь выявить из числа 25 те именно гены которые сцеплены с заболеванием. Согласен с задачей?

Kazima Bulayeva: мне кажется логично поставленный вопрос. и LD вполне адекватный инструмент даже без контроля, т.к. мы его используем как 2-й этап углубления в мезанизм установленного в родословных сцепления

Kazima Bulayeva: permutation p -недостоверен нигде?

Kazima Bulayeva: Вадим, далее: если ы ЛД мы установили внутри сцепленного с STRs региона блоки снипов у больных-мы можем проверить функциональную роль снипов-типа интрон или экзон и в каких генах…т.е. выявляем конкретные гены и геномнын механизмы

Vadim Viarenič-Stachowski: Разумно.

Vadim Viarenič-Stachowski: Хорошо, я перешлю Вам выходные данные из своего анализа, а потом подумаем каких применить и что ценного можно извлечь.

Kazima Bulayeva: статическая достоверность есть у блоков ? Всего 3 блока выявляются? и наверняка мы сможем определить их цитобанды и гены в блоках? Еще-я сделал CNV и LOH в этой же хромосоме. Мы сможем посмотреть эти блоки в LD на предмет указанный аберраций

Kazima Bulayeva: по-моему должно что-то быть выявлено интересное с добавлением LD по снипам—

Vadim Viarenič-Stachowski: Вот и ладненько. Сегодня или завтра перешлю.

Kazima Bulayeva: Вадим, а вы в Stanley Center работаете?

Kazima Bulayeva: там по писихиатрической генетике работы давно проводятся….Не смогли бы узнать-есть ли у них возможность для типирования снипов? у меня есть ДНК из родословных с психопатологией и с STRs

Реклама

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s