Практические рекомендации по работе с данными древней ДНК – часть 3

В предыдущем посте я разместил  вторую часть примерных рекомендации по работе с данными древней ДНК с практическим примером директив программы Plink.

После проведения анализа я получил следующие данные о геномной «схожести» ДНК древних насельников Европы и cовременных популяций людей.

Итак, я начну с данных Этци-ледового человека из Тироля.

I.Этци

Данные схожи с результатами аналогичных вычислений в оригинальной статьей (в которой была показана близость Этци к современным сардинцам в ракурсе первых двух главных компонентов генетического разнообразия).  В нашей, более масштабной, выборке  Этци оказывается близок не только к сардинцам, но и к корсиканцам, северным итальянцам и тосканцам. Кроме того, в отличии от оригинальной статьи, видно что другие компоненты генетического разнообразия сближают Этци с ближневосточными популяциями, кавказцами и популяциями восточного Средиземноморья. Примечательно, что в программе fineStructure, где используются фазированные данные, Этци попадает в кластер пьемонтцев, — популяции наиболее близкой к местам в которых, как предполагается, жил Этци

Uzbeki_jew Otzi 0.646834
Irani-jew Otzi 0.645444
Azeri_jew Otzi 0.645254
Kumyk Otzi 0.644682
Algerian_Jew Otzi 0.644546
Corsican Otzi 0.6437835
Ashkenazi_Jew Otzi 0.643497
Sardinian Otzi 0.6430069
Cretan Otzi 0.642585
Tuscan Otzi 0.642299
Syrian_Jew Otzi 0.6422305
GreeceThessaly2 Otzi 0.641938666666667
Bulgarian Otzi 0.641346
Portugese Otzi 0.640887333333333
Center-Italian Otzi 0.64044025
Romanian Otzi 0.6397932
French_Basque Otzi 0.639631
Costanoan Otzi 0.639535
Egyptan Otzi 0.639511571428571
Azeri_Jew Otzi 0.639471333333333
Cypriot Otzi 0.639013
Bosnian Otzi 0.639004857142857
Yemen_Jew Otzi 0.638963
Toscanian Otzi 0.63891
Macedonian Otzi 0.638783625
Morocco_Jew Otzi 0.638593307692308
Greek Otzi 0.638391166666667
Gagauz Otzi 0.6383745
Italian_Jew Otzi 0.6382314
Spain Otzi 0.638200666666667
Sephard Otzi 0.637888105263158
North_Italian Otzi 0.637741333333333
North_Greek Otzi 0.637464333333333
Hungarian Otzi 0.63745125
French Otzi 0.63742736
Tunisian-jew Otzi 0.63733325
South-Germanian Otzi 0.637282482758621
Iraq_jew Otzi 0.637247
Sicilian Otzi 0.63712
Ashkenazi Otzi 0.6370677
Libyan_Jew Otzi 0.637057
Swede Otzi 0.636882647058824
Center-Greek Otzi 0.636866
North-Greek Otzi 0.63681875
CEU Otzi 0.6366755
Montenegrin Otzi 0.636612
South-Greek Otzi 0.636612
Czech Otzi 0.6365207
Colville Otzi 0.636485
Welsh Otzi 0.636406111111111
Iberian Otzi 0.636382375
German Otzi 0.6363546
Iraqi-jew Otzi 0.636351666666667
Georgian_Imereti Otzi 0.6363372
Turk Otzi 0.636294941176471
Syrian Otzi 0.636126461538462
Sorb Otzi 0.635990692307692
Belorusian Otzi 0.635913
Yemen_jew Otzi 0.635805285714286
Swiss Otzi 0.635714047619048
British Otzi 0.635675083333333
Jordanian Otzi 0.635631333333333
Libyan Otzi 0.635575538461538
Armenian Otzi 0.635448428571429
Balkar Otzi 0.635168333333333
Azeri Otzi 0.635065857142857
Iran_jew Otzi 0.6350402
Russian_cossack Otzi 0.6349466
Druze Otzi 0.634933818181818
Orcadian Otzi 0.634880833333333
Romanian_Jew Otzi 0.6348645
Libyan-jew Otzi 0.6348278
Mordovian Otzi 0.634652636363636
Slovenian Otzi 0.6346172
North-Ossetian Otzi 0.634498538461538
Croat Otzi 0.6344835
Algerian-jew Otzi 0.6344135
Tatar Otzi 0.6344055
Georgian_Laz Otzi 0.634376
France_Jew Otzi 0.6343665
Khazar_jew Otzi 0.634292242424242
Aleut Otzi 0.634197
Pole Otzi 0.634177428571429
Abhasian Otzi 0.6340056875
Palestinian Otzi 0.633990545454545
Tat Otzi 0.6339235
Georgian Otzi 0.633884785714286
Roma Otzi 0.633635409090909
Tunisian_Jew Otzi 0.63353
Ukrainian Otzi 0.6335218
Serb Otzi 0.633398909090909
Iraqi Otzi 0.633383
Egyptian Otzi 0.633367714285714

II. Gök и Ste7 — женщины-фермеры эпохи шведского позднего неолита (Культура воронковидных кубков, КВК (англ. Funnel Beaker culture, нем. Trichterbecherkultur, TRB) — мегалитическая культура (4000 — 2700 гг. до н. э.) эпохи позднего неолита.)

В отличие от нашего предыдущего анализа, где мы использовали только Gök, мы решили создать композитного индивида за счет слияния геномных данных Gök и Ste7 (см.предыдущие посты этой серии). Это было сделано с целью реконструировать аутосомные составляющие предковоой популяции культуры КВК. Из приведенной ниже таблицы становятся ясно, что:
1) большая часть генетического разнообразия у анализируемых индивидов не встречается ныне ни в одной из современных популяций, и именно это потерянное в результате дрейфа генетическое разнообразие объединяет носителей древней ДНК в общий красный кластер

2) у представителей культуры заметно влияние древних генетических контактов популяций Северной Европы и палеосибирских популяций, предковых по отношению к современным америндам (зеленый кластер).

3)  третья группа (обозначена синим цветом) аналогична одному из вышеупомянутых выше компоненту генетического разнообразия Этци. Она сближает древнее население КВК с современными популяциями западной и южной Европы. В этом компоненте нет существенных разногласий с исследованиями популяционных генетиков из Уппсальского университета Швеции.

F3.large

SwedeTBK Bra 0.905852  
SwedePWC SwedeTBK 0.866097  
SwedeTBK Otzi 0.807465  
SwedeTBK N._European 0.59325092
Athabask SwedeTBK 0.588854
Hungarian SwedeTBK 0.581786
Irani-jew SwedeTBK 0.580844
North_Italian SwedeTBK 0.580643
Kosovar SwedeTBK 0.58033
Bulgarian SwedeTBK 0.579557  
East-Ukrainian SwedeTBK 0.579557  
Kusunda SwedeTBK 0.5793  
Colville SwedeTBK 0.578864
French_Basque SwedeTBK 0.578806818181818
Serb SwedeTBK 0.577398818181818
Romanian SwedeTBK 0.5773258
Mansi SwedeTBK 0.5770508
CEU SwedeTBK 0.577024142857143
GreeceThessaly2 SwedeTBK 0.576754333333333
Kumyk SwedeTBK 0.576725  
Iraqi SwedeTBK 0.576398
SwedeTBK Buryat 0.5757842
Costanoan SwedeTBK 0.57571
Haida SwedeTBK 0.57571
German SwedeTBK 0.5753862
Nyshi SwedeTBK 0.57530875
Ket SwedeTBK 0.5750755
Bosnian SwedeTBK 0.574970714285714
Portugese SwedeTBK 0.574837  
Welsh SwedeTBK 0.574730333333333
Corsican SwedeTBK 0.574707  
North-Russian SwedeTBK 0.574510043478261
West-Ukrainian SwedeTBK 0.5742968
South-Russian SwedeTBK 0.574150333333333
Croat SwedeTBK 0.574003833333333
Karelian SwedeTBK 0.573929692307692
Slovak SwedeTBK 0.573892833333333
Tlingit SwedeTBK 0.573607
Tunisian-jew SwedeTBK 0.5735595
Syrian_Jew SwedeTBK 0.5734265
Chuvash SwedeTBK 0.573139533333333
Kalmyk SwedeTBK 0.573079727272727
Center-Russian SwedeTBK 0.572759636363636
SwedeTBK Totonac 0.572689041666667
Macedonian SwedeTBK 0.57251475
Center-Greek SwedeTBK 0.572348
Russian_cossack SwedeTBK 0.5723086
Mordovian SwedeTBK 0.572217636363636
Vepsa SwedeTBK 0.572191363636364
Brahmin_UttarPradesh SwedeTBK 0.572158
Spain SwedeTBK 0.572090666666667
Ecuadorian SwedeTBK 0.572029375
France_Jew SwedeTBK 0.571969833333333
Tatar SwedeTBK 0.571906642857143
Mari SwedeTBK 0.571502285714286
Saudi SwedeTBK 0.5714354
Greek SwedeTBK 0.571345
South-Greek SwedeTBK 0.571232333333333
Mexican SwedeTBK 0.57110925
Lahu SwedeTBK 0.570989
Serrano SwedeTBK 0.570978

III. Ajvs — древние жители культуры ямочной керамики (Культура ямочной керамики, Pitted Ware culture (около 3200 — 2300 гг. до н. э.) — культура охотников и собирателей эпохи неолита. Существовала на юге Скандинавии, в основном вдоль побережья Свеаланда, Гёталанда, Аландских островов, на северо-востоке Дании и на юге Норвегии. Была современницей, а в некоторых местах делила ареал с сельскохозяйственной культурой воронковидных кубков, а позднее — с сельскохозяйственной культурой шнуровой керамики.)

Также как и у представителей КВК, большая часть генетического разнообразия жителей у современных популяций Европы потеряна. Поэтому они попадают в общий кластер к другим древним исследованным европейским ДНК, и неспецифическому аутосомному фону Северной Европы.

Из современных популяциий наиболее близки к ним эстонцы, латыши,литовцы, а также ряд других популяций Балтийского  региона (обозначены фиолетовым цветом), а также ряду популяций западной и южной Европы.  Примечательно, что у Ajvs гораздо слабее выражен древний палеосибирский (квази-америндский компонент), и еще слабее типичный для Этци (I) и жителей культуры КВК (II) неолитический компонент, связывающий их с современными популяциями Ближнего Востока и Кавказа.
Здесь тоже нет существенных разногласиий с выводами группы Скоглунда, у которого (за отсутствием в выборке эстонцев, литовцев и латышей) самыми близкими к жителям культуры ямочной керамики оказываются поляки.

F3.large

SwedePWC Bra 0.908488  
SwedePWC SwedeTBK 0.866097  
SwedePWC Otzi 0.81501  
SwedePWC N._European 0.58268312
Estonian SwedePWC 0.578113944444444
Russian SwedePWC 0.577444333333333
Latvian SwedePWC 0.57607  
Lithuanian SwedePWC 0.575179642857143
Orcadian SwedePWC 0.575171333333333
Kosovar SwedePWC 0.574342  
Czech SwedePWC 0.57363895
French SwedePWC 0.57334168
South-Germanian SwedePWC 0.572643965517241
Pole SwedePWC 0.570919326530612
Haida SwedePWC 0.570593
Sorb SwedePWC 0.570527923076923
Center-Russian SwedePWC 0.570395727272727
Karelian SwedePWC 0.570175307692308
Swede SwedePWC 0.570099
Corsican SwedePWC 0.5696165
South-Russian SwedePWC 0.569518
Vepsa SwedePWC 0.569184181818182
CEU SwedePWC 0.568893571428571
Swiss SwedePWC 0.568845095238095
Komi SwedePWC 0.568339363636364
SwedePWC Totonac 0.568287625
Aleut SwedePWC 0.568253
Sardinian SwedePWC 0.5681032
North-Russian SwedePWC 0.567888695652174
Bosnian SwedePWC 0.567837857142857
French_Basque SwedePWC 0.567750181818182
Mordovian SwedePWC 0.567647363636364
Chuvash SwedePWC 0.567504666666667
Serb SwedePWC 0.567329090909091
Russian_North SwedePWC 0.567027
Cretan SwedePWC 0.5670035
German SwedePWC 0.5669944
North-German SwedePWC 0.566872769230769
SwedePWC Samoan 0.566706384615385
Montenegrin SwedePWC 0.566654333333333
East-Ukrainian SwedePWC 0.56619975
Tatar SwedePWC 0.566033785714286
Hungarian SwedePWC 0.565851625
Ket SwedePWC 0.5656705
Welsh SwedePWC 0.565641444444444
SwedePWC Irula 0.565603956521739
Bashkir SwedePWC 0.565471333333333
Tuscan SwedePWC 0.565401
Mexican SwedePWC 0.5653275
West-Ukrainian SwedePWC 0.5653062
Russian_Center SwedePWC 0.565276
Mansi SwedePWC 0.5651792
Macedonian SwedePWC 0.56517625
Udmurd SwedePWC 0.564932545454545
Balkar SwedePWC 0.564865
Ukrainian SwedePWC 0.5646252
Slovak SwedePWC 0.564342833333333
Irani-jew SwedePWC 0.564264
SwedePWC AP_Madiga 0.5642395
Tsimsian SwedePWC 0.564158
Center-Greek SwedePWC 0.564144
Spain SwedePWC 0.563930666666667
Bulgarian SwedePWC 0.563776
Costanoan SwedePWC 0.563768
Chenchus SwedePWC 0.563652
North_Italian SwedePWC 0.5636205
Mari SwedePWC 0.563564857142857
Croat SwedePWC 0.563453
Nenets SwedePWC 0.563393583333333

IV. La Brana  — испанский мезолит, 7000 лет до настоящего времени.

Результаты близки к результатам древних жителей Ajvs (культуры ямочной керамики), c той лишь разницей, что у них практически полностью отсутствует генетическая вариация, присущая современным южным европейцам. Кроме того, их мезолитический генофонд подвергся вымыванию в еще большей степени, чем генофонд древних жителей неолита, о которых я писал выше.  Примечательно, что в отличии от Ajvs,  у La Brana незаметна балтийская доминанта, хотя ближайшей популяцией и оказываются латыши. В оригинальной статье было показано, что древние мезолитические жители Иберии — La Brana — оказываются «близки» к западно-европейцам, и та же картина заметна и в нашем анализе

SwedePWC Bra 0.908488
SwedeTBK Bra 0.905852
Bra Otzi 0.843151
Bra N._European 0.60332376
Latvian Bra 0.576167975609756
North-German Bra 0.576164846153846
Estonian Bra 0.576057666666667
Lithuanian Bra 0.570270535714286
Russian Bra 0.569868833333333
Czech Bra 0.5694441
Swede Bra 0.569444029411765
Russian_North Bra 0.568627
Pole Bra 0.567495653061225
Orcadian Bra 0.567451
Bulgarian Bra 0.567146
South-Germanian Bra 0.566648551724138
TN_Brahmin Bra 0.566116
Swiss Bra 0.565266142857143
CEU Bra 0.564653642857143
Center-Russian Bra 0.564325727272727
Komi Bra 0.564082181818182
Belorusian Bra 0.563804
Athabask Bra 0.563369
Mordovian Bra 0.562895181818182
Kosovar Bra 0.56235
Corsican Bra 0.5621705
French Bra 0.56141128
Tsimsian Bra 0.560916
Croat Bra 0.560884666666667
Nguni Bra 0.560649
Slovak Bra 0.5605515
Hungarian Bra 0.560269
Yukagir Bra 0.559952
West-Ukrainian Bra 0.5596024
NAN_Melanesian Bra 0.559505
Chuvash Bra 0.559285866666667
Welsh Bra 0.559282666666667

 

Реклама

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s