Методы и программы, используемые в работах с аутосомными маркерами ДНК

Вот краткое описание методов анализа аутосом, которые я использовал в своих проектах.

Admixture/Structure – метод позволяет провести доскональный анализ генетической субструктуры в исследуемых группах популяций – этнических групп. Если не вдаваться в подробности, на выходе получаются результаты в виде кластеров аутосомных снипов, по которым можно делать выводы о сходстве или различии сравниваемых групп, а также о процессе этнического формирования. Кроме того, можно рассчитать генетическую дистанцию между отдельными группами.
Adler – метод позволяет оценить время смешения предковых популяций для одной или нескольких групп, а также степень схожести современных этнических популяций и их предковых групп.
SPA – с помощью этой программы можно предсказать на основе генетических данных предполагаемый географический регион происхождения.

PCA/MDS  — стандартные статистические методы поиска главных компоненто/многомерного скалирования генетического разнообразия в исследуемых группах. Результаты можно представить в виде графика отображающего взаимное положение групп в многомерном пространстве генетического разнообразия.

fineStructure – принцип тот же что и в Admixture/Structure, c той лишь существенной разницей что он позволяет выявить внутренние генетические субструктуры этнических групп, которые точнее отображают исторические демографические процессы их становления.

fastIBD/Germline – программы поиска идентичных по генеалогическому происхождению геномных сегментов в генетических данных протестированных лиц. Результаты можно визуализировать в виде матрицы дистанций, которую можно преобразовать в древовидную структурк – дендрограмму.  Дендрограмма показывает степень близости отдельных объектов и кластеров, а также наглядно демонстрирует в графическом виде последовательность их объединения или разделения. Количество уровней дендрограммы соответствует числу шагов слияния или разделения кластеров.

 

Реклама

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s