Инструменты и программы в генетической генеалогии

Этой заметкой мы открываем новую серию записей, в которых мы будем давать краткое описание существующих инструментов генетического генеалога.

Поговорим в начале  о самых простых и самых новых инструментах.

GUI-wrapper этно-популяционного калькулятора DIY Dodecad.

Ссылка на сайт разработчика.

Многие люди жалуются на проблемы с пониманием принципов работы с калькуляторами Dienekes Dodecad, особенно что касается обработки файлов в программной среде R.  Благодаря неистощимой креативности программистов-любителей генетической генеалогии был написан wrapper (на основе платформы Microsoft.NET), позволяющий работать с калькуляторам без использования R.
Запустите исполняемое приложение exe и перетащите свой файл с генотипами от 23andme/FTDNA в окно приложения.

Отработав все циклы, программа выведет в окно приложения таблицу с процентным соотношением компонентов в исследуемом индивидуальном наборе генотипов.

 Chromosomal  Segment Painter

Программа для раскрашивания предковых хромосомных сегментов

http://blog.kittycooper.com/2013/08/chromosome-mapping-tool-released/

Концепт этот онлайнового приложения похож на стандартный инструмент Family Inheritance в 23andme, с той лишь разницой, что в отличие от 23andme, количество цветов в палитре индивидуализации сегментов гораздо выше, и в принципе неограниченно.

Эта программа требует на входе файла CSV наличие определенных заголовок, столбцов, содержания, перечисленных, с учетом регистра и в любом порядке. Первоначально этот инструмент был задуман для изображения общих по происхождению ДНК сегментов в геномах лиц, чье родство было заведомо известно,  а не для поиска перекрывающихся  ДНК-сегментов нескольких групп неизвестных родственников.

В принципе, программа будет работать в обеих случаях. Последняя версия программы будет работать с загруженными из DNAgedcom файлами CSV или с любым файлом CSV, содержающий отформартированный особым образом список людей и сегментов.

Рекомендуемый порядок работы с программой:
1) сначала нужно скачать CSV файл c координатами совпадающих сегментов с 23andme или FTDNA

2) осортировать в файле Excel крупные сегменты,  и сохранить его как CSV,

3) затем запустить его в преобразователь, чтобы увидеть двадцатку ваших лучших совпадений.

Будущая версия будет иметь более широкую функциональность для отображения нескольких неизвестных родственников ДНК, которые разделяют перекрывающиеся сегменты ДНК с вами. Причем если в настоящее время отображаются только две линий, то в будующем таких линий будет больше.

Чтобы лучше понять концепцию отображения сегементов хромосмоы, прочитайте статью вики на сайте ISOGG  про отображение.

Реклама

Инструменты и программы в генетической генеалогии: 2 комментария

  1. Вадим, два пункта.

    Первый: у Вас ошибка в ссылке на GUI-wrapper этно-популяционного калькулятора DIY Dodecad

    Второй: Мои данные с 23andMe в текстовом формате GUI-wrappe обругал некорректными.
    Вы со своими данными поиграться не пробовали?

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s