Дайджест новостей генетики и ДНК-генеалогии за январь

В январе, несмотря на рождественские каникулы, ученые порадовали энтузиастов изучения ДНК и генетики целым спектром значимых  (и не очень значимых) новостей.

Молекулярные генетики прочитали последовательность ДНК бактериальной линии, возникшей в Китае 1500 лет назад, которая вызвала пандемию 

Ancient Plague’s DNA Revived From A 1,500-Year-Old Tooth

Коллектив ведущих русскоязычных специалистов по ДНК-генеалогии опубликовал замечательную статью о филогении гаплогруппы Q-M378 — «Филогенетическая структура субклада Q-М378 по данным полного сиквенса Y-хромосомы». Владимир Гурьянов Vladimir Gurianov), Леон Кулль (Leon Kull), Роман Сычёв (Maximus Centurion), Владимир Таганкин (Vladimir Semargl), Вадим Урасин (Vadim Urasin).

Поздравляю Вадима Урасина со второй статьей,  остальных авторов с дебютом
http://rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/viewArticle/132

В самом конце месяца новичкам в области любительской популяционной генетики (и ДНК-генеалогии) были предложены 2 полезных инструмента для вычисления времени жизни последнего общего предка выборки носителей Y-хромосомы

Первый инструмент Y-TMRCA для расчета времени жизни последнего общего предка, созданный эфиопом Ehelix.

Второй инструмент —  инструмент для оценки  TMRCA (времени жизни последнего общего мужского предка) методом выборочных пар (МВП) на дереве, построенном методом UPGMA (Метод невзвешенного попарного среднего). Инструмент стал доступен для широкой общественности благодаря усилиям легендарного разработчика базы Semargl — Vladimir Semargl Tаганкина. Ниже приведено краткое описание метода:

Оценка TMRCA методом выборочных пар (МВП) на дереве, построенном методом UPGMA (Метод невзвешенного попарного среднего).

http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/tools/build-tree-and-asd-pairs/

Запускаю бета версию. Интерфейс недоработан, но интуитивно понятен. По крайней мере надеюсь на это. Калькулятор предназначен для построения филогенетического дерева близких совпаденцев и отображением его в графическом формате с возрастом каждого узла. Расчет производится с помощью МВП (метода выборочных пар).
Из ограничений:
1) только для 37, 67, 111 маркерных гаплотипов. Версии для 12, 25 маркеров не будет.
2) Пока поставил ограничение в 20 гаплотипов. Гаплотипы сверх этого будут проигнорированы в расчете.
3) Гаплотипы, имеющие нулевое или отсутствующее значение маркера из стандартной панели будут пропущены в расчете. В планах сделать их обработку, путем подставки вместо отсутствующего маркера модального значения выборки.
4) Калькулятор очень чувствителен к многошаговым мутациям и реклохам.
5) Желательно исключать из расчетов известные гаплотипы с гомоплазией к основной части выборки. Снипы в расчет не принимаются.

Сразу скажу, что анализ идет с помощью кластеризации и значительно уступает таким популярным филогенетическим программам, как TNT, Мурка и др. В расчет не берутся значения снипов.
Калькулятор сделан для новичков, которые постоянно задаются вопросом — «когда жил общий предок с тем-то и тем-то», а также в помощь администраторам проектов, для быстрого принятия решения по тому или иному гаплотипу, без ковыряния в громоздких программах.

Данный калькулятор позволяет кроме подсчета ВБОП выявить группы близких гаплотипов и найти устойчивые кластеры.

В поле KITs вводить номера китов, разделенных запятой. Одной строкой.
Поля mrate и generation length можно оставить пустым

 

Реклама

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s