Алгоритм самостоятельного анализа результатов экзомного тестирования

Осенью 2011 года один из флагманов коммерческой персональной геномики, компания 23andme, запустила пилотный проект экзомного тестирования, в котором клиентам предлагался продукт — экзомный тест за 999 американских долларов вместе с интерпретацией результатов.  Тест покрывал примерно 50 млн. базовых пар ДНК, включающих в себя информацию необходмую для синтеза протеинов. К сожалению, пилотный проект быстро закрылся из-за отсутствия интереса и высокой стоимости теста. Тем не менее, некоторые из россиян успели заказать себе этот тест и получить результаты. Но так как авторизированный отчет 23andme с толкованием полученных результатов оказался написанным на сложном для понимания эзотерическом научном языке,  возникла необходимость в дополнительной интерпретации, вернее разжевывании имеющейся интерпретации, то я решил показать, как можно проанализировать экзом самостоятельно с помощью подручных средств.

В качестве примера я использую анонимизированный файл vcf (файл с перечнем геномных вариантов) одного из немногих россиян, заказавших экзомное тестирование в 23andme.

 

Техническое описание исследования.

Для анализа экзома я использовал NGS-библиотеки пакета Bioconductor-R (в среде статистических вычислений R), предназначенного для анализа полногеномных данных. Основной библиотекой, задействованной в анализе была библиотека variantAnnotation.

source(«http://bioconductor.org/biocLite.R»)

library(VariantAnnotation)

Загрузка требуемого пакета: BiocGenerics

Загрузка требуемого пакета: parallel

Присоединяю пакет: ‘BiocGenerics’

Загрузка требуемого пакета: GenomicRanges

Загрузка требуемого пакета: IRanges

Загрузка требуемого пакета: XVector

Загрузка требуемого пакета: Rsamtools

Загрузка требуемого пакета: Biostrings

Присоединяю пакет: ‘VariantAnnotation’

В самом начале я загрузил заархивированный файл x.vcf в память с использованием координат геномного билда hg19 (т.к. VCF был получен из bam-файла, координаты которого были взяты из GRCh37.64, соответствующего hg19):
> vcf <- readVcf(«x.vcf», «hg19»)

> vcf

class: CollapsedVCF

dim: 110651 1

rowData(vcf):

  GRanges with 5 metadata columns: paramRangeID, REF, ALT, QUAL, FILTER

info(vcf):

  DataFrame with 28 columns: AB, AC, AF, AN, BaseQRankSum, DB, DP, DS, Dels,.

geno(header(vcf))

DataFrame with 5 rows and 3 columns

        Number        Type

   <character> <character>

AD           .     Integer

DP           1     Integer

GQ           1       Float

GT           1      String

PL           .     Integer

head(rowData(vcf), 3)

GRanges with 3 ranges and 5 metadata columns:

             seqnames         ranges strand | paramRangeID            REF

                <Rle>      <IRanges>  <Rle> |     <factor> <DNAStringSet>

  rs79585140        1 [14907, 14907]      * |         <NA>              A

  rs75454623        1 [14930, 14930]      * |         <NA>              A

  rs78601809        1 [15211, 15211]      * |         <NA>              T

                            ALT      QUAL      FILTER

             <DNAStringSetList> <numeric> <character>

  rs79585140                  G    494.81  MQFilter40

  rs75454623                  G    718.96  MQFilter40

  rs78601809                  G    125.22  MQFilter40

Затем я определил качество полученных генотипов (эти данные содержаться в колонке GQ секции генотипов vcf). Как видно из приведенных ниже значений, только 52% всех генотипов имеют 99%  степень аккуратности определения, качество остальных 48% вариантов лежит в диапазоне между 0 и 90% процентами. 

> geno(vcf)

List of length 5

names(5): AD DP GQ GT PL

> GQ <-geno(vcf)$GQ

> dim(GQ)

[1] 110651      1

> geno(vcf)

List of length 5

names(5): AD DP GQ GT PL

> GQ <-geno(vcf)$GQ

> dim(GQ)

[1] 110651      1

> fivenum(GQ)

[1]  0.03 33.98 99.00 99.00 99.00

> length(which(GQ==99.00))/length(GQ)

[1] 0.5221552

 hist(GQ[GQ != 0], breaks=seq(0, 100, by=10)

qc

На следующем этапе я опредилил число ранее неизвестных (новельных, то есть отствующих в базе dbSNP) вариантов в файле VCF. Всего вариантов 110651, из них известных 106076 и новельных 4575 (в отчете 23andme 4137). В целях определения качества новельных снипов я создал метрику для оценки качества снипов на основе сопоставления двух параметров – качества глубины покрытия генома и качества генотипирования. Из приведенного ниже графика видно, что примерно 25 % новельных снипов находятся в зоне низкого качества глубины покрытия, и это означает что примерно четверть новельных снипов могут представлять собой артефакт генотипирования:

info(vcf)$DB -> dbsnpsnp

metrics <- data.frame(QUAL=qual(vcf), inDbSNP=dbsnpsnp, RSQ=info(vcf)$QD)

 

qdПосле предварительных статистических тестов, я приступил к определению генов, в которых были обнаружены варианты. В зависимости от своего расположения, варианты могут оказаться в одном из 7 участков: интрон,  кодирующий участок, 5’UTR, 3’UTR, интергенный регион, сплайс-сайт и промоутер.   Для обнаружения положения вариантов, я задействовал библиотеку TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene.  Сначала я определил положение всех вариантов (cм.  Excel файл exomevariants.xlsx), однако поскольку нас интересует в первую очередь frameshift мутации, то гораздо более информативным является нахождение вариантов в кодирующих участках. Всего таких вариантов в кодирующих участка обнаружено 56035 в 23140 генах, причем 989 из 23140 генов имеет больше одного обнаруженного варианта в кодирующем участке

library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)

txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene

loc <- locateVariants(rd, txdb, CodingVariants())

table(sapply(splt, function(x) length(unique(x)) > 1))

FALSE  TRUE

22151   989

Далее, я использовал функцию predictCoding, она вычисляет изменения кодирования аминокислот в несинонимичных вариантах. В запросе к базе данных рассматрываются только те участки , которые перекрываются с кодирующей областью. Референсные последовательности извлекаются из BSgenome. Вариант последовательности определяется путем замены, вставки или удаления значения в колонке varAllele в референсной последовательности.  Код аминокислот вычисляются для последовательности кодонов  в тех вариантах, когда длина кратна 3.

library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)

coding <- predictCoding(vcf, txdb, seqSource=Hsapiens)


Затем из полученных 56035 вариантов в кодирующей области я выбрал только те, которые привели к сдвигу рамки чтения (таковых оказалось 412).

coding[mcols(coding)$CONSEQUENCE == «frameshift»]

Благодаря запуску функции predictCoding я отождествил код измененных аминокислот для не-синонимичных вариантов.  Анализируя это подмножество, я задался целью установить, какой физиологический ущерб эти изменения кодируемых аминокислот могут нанести при экспресии в фенотип.  Для этих целей я использовал методы PolyPhen, которые предсказывают последствия замены аминокислот в человеческих протеинах.  PolyPhen использует информарцию о функции последовательностей и структурную информацию, характеризующую замену аминокислоты для прогнозах о структуре и функции белка.

nms <- names(coding)

idx <- mcols(coding)$CONSEQUENCE == «nonsynonymous

nonsyn <- coding[idx]

rsids <- unique(names(nonsyn)[grep(«rs», names(nonsyn), fixed=TRUE)])

library(PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131)

pp <- select(PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131, keys=rsids,cols=c(«TRAININGSET», «PREDICTION», «PPH2PROB»))

head(pp[!is.na(pp$PREDICTION), ])

Полученные файлы сохранены в Excel файл x.xlsx, и затем подсчитано в каких протеинах наблюдается наибольшое число потенциально вредных frameshift мутаций

Название гена  Число frameshift мутаций

 

NA 2288
uc001lsw.2 44
P20930 34
P22105-3 21
P25940 13
O60732 12
Q5SSG8 10
Q86YZ3 10
Q9NYF8 9
P46013 9
Q5VU43 9
Q14500 9
Q9UMD9 8
O14513 8
A6NKC6 8
uc003ssj.2 7
O95678 7
O15360 7
Q86VF7 7
uc001mdw.3 6
Q9Y289 6
Q8NEZ4 6
Q96C45 6
Q9HD43 6
Q01955 6
Q2KHM9 6
Q701N2 6
P38570 6
P24821 6
P46734 6
Q9Y2K3 5
uc002vwl.2 5
uc002nfb.2 5
uc003nsm.1 5
Q9UNS1 5
Q9NZH6 5
D3DSV6 5
C9IYD7 5
P20853 5
Q14676 5
P38159 5
P35125 5
P35670 5
Q8N6F8 4
Q96Q06 4
uc001bvt.2 4
uc011dxu.1 4
uc004csb.2 4
Q8TE73 4
Q9H2D6 4
uc002yfm.2 4
Q96J66 4
uc002zag.1 4
Q8TB24 4
Q96RN1 4
Q99572 4
Q9C0D2 4
uc002zwe.2 4
Q9ULD2 4
Q8WXH0-2 4
uc003uhx.2 4
O95050 4
O75128 4
P02533 4
A3KMH1 4
Q5HYK9 4
P48634 4
O15069 4
Q8IUA7 4
Q16600 4
P60331 4
Q5D862 4
B7ZBR5 4
Q5KU26 4
Q12802-2 4
A8MTL4 4
P23327 4
Q7Z3S9 4
O75096 4
A1A5D9 4
Q15149 4
P54257-2 4
uc001saw.2 3
Q96PX6 3
Q9BWT7 3
Q9H0J4 3
uc001kgr.1 3
Q9H0U9 3
uc002uln.2 3
Q8TD33 3
Q9BYR5 3
Q9H339 3
Q9Y6R7 3
Q8N808 3
Q96RW7 3
uc003wcz.2 3
uc002fmv.2 3
Q8N865 3
uc002ycq.2 3
Q92954 3
uc003eee.3 3
Q9NQN1 3
Q9UQ84 3
Q9NQT5 3
Q96PX9 3
Q8NC74 3
Q8NGH7 3
uc011lix.1 3
Q8NH40 3
Q9NWH7 3
uc001rks.2 3
Q96EZ4 3
uc001wit.3 3
Q8N436 3
Q8TAX7 3
Q9P126 3
Q99954 3
Q9UI47 3
Q9BRB3 3
Q9UIU6 3
Q9BYQ6 3
Q96JF6 3
uc003kju.2 3
Q96L96 3
Q8N1N5 3
Q96PQ1 3
Q9H4A3 3
uc003zfz.2 3
Q9HCE0 3
uc010ebn.2 3
Q9HCS5 3
Q9NQG7-3 3
Q5JU00 3
Q6ZW33 3
Q6E0U4 3
O60500 3
O94900 3
P56945 3
Q5VIY5 3
P57679 3
Q6PFW2 3
A2I2N5 3
O60269 3
P60369 3
O15016 3
P60371 3
Q5QNZ9 3
P78334 3
Q5VY09 3
O75056 3
Q6NTE8 3
Q02386 3
Q6XYB7-2 3
Q07092 3
Q75N90 3
Q07157 3
P51689 3
Q08170 3
Q4G0N8 3
Q12789 3
P35908 3
C9JIP1 3
C9JLR2 3
Q12889 3
B9EIK7 3
Q13033 3
P11473 3
Q13635 3
Q685J3 3
Q14246 3
Q6H9L7 3
O14617 3
Q6PEW0 3
P27816 3
Q6UWM9 3
Q15051 3
Q6ZS72 3
Q15084 3
P13645 3
P27987 3
P47881 3
Q15345 3
P49747 3
P30926 3
Q17RW2 3
Q02447 3
uc002ckw.2 2
Q9BYQ4 2
uc002xvf.2 2
Q9H1I8 2
uc009zoy.1 2
Q9H1M4 2
uc002npq.1 2
Q92764 2
uc003cbl.3 2
Q92766-2 2
Q8NDY8 2
Q8N568 2
uc001say.2 2
Q9HBR0 2
uc002hwr.2 2
Q9HC10 2
uc002qoi.1 2
Q9HCC9 2
uc002yxk.1 2
Q92956 2
Q9BX84 2
Q9HCH5-8 2
uc003tcj.1 2
Q969J2 2
uc003xza.2 2
Q8NG08 2
uc010neg.1 2
Q9NP71 2
Q96SK3 2
Q9NPR9 2
Q99518 2
Q9NQ92 2
uc002mdk.2 2
uc010ooe.1 2
uc002oyh.1 2
Q96DS6 2
Q8N531 2
Q8NGF6 2
Q9BS92 2
Q9NQW5 2
uc002zwc.1 2
uc010sxc.1 2
uc003cwg.3 2
Q96GX9 2
Q9BYD2 2
Q8N146 2
uc003qtl.2 2
Q9NU22 2
Q8WXA2 2
Q9NV39 2
uc003xio.3 2
Q96JA4 2
Q8WXU2 2
Q9NY99 2
uc010cov.2 2
Q8NGV6 2
uc001sax.2 2
Q9NYQ6 2
uc001sck.2 2
Q96JM2 2
uc001zrt.2 2
Q9NZM3 2
uc002cyd.1 2
Q96KT7 2
uc002frs.1 2
Q9P2F8 2
uc002jjm.3 2
Q9UBK8 2
Q8TD19 2
Q9UGC7 2
uc002oxx.2 2
Q96KV7 2
uc002pdw.2 2
Q8NH01 2
uc002shl.3 2
Q9UK85 2
Q9BQ66 2
Q96LB9 2
Q8TE60 2
Q96LP6 2
uc002yip.1 2
Q96MC2 2
Q9BW66 2
Q9UPR6 2
Q8ND61 2
Q96NY9 2
uc003cpb.3 2
Q9Y237-2 2
uc003dnv.2 2
Q8N3K9 2
uc003gix.2 2
Q8N1A6 2
uc003lwz.2 2
Q8TAX9-3 2
uc003pgu.3 2
uc001aru.2 2
Q8WWF5 2
Q96PY6 2
uc003tpz.2 2
uc001dpq.2 2
uc003vuk.3 2
uc001drv.2 2
uc003wsh.3 2
uc001jrr.3 2
uc003xkm.1 2
Q8NA69 2
Q9GZP7 2
Q96QA5 2
uc009vzo.2 2
Q96RD9 2
uc010azk.1 2
uc001qnn.1 2
Q9H0R5 2
Q8TBZ5 2
Q8WZ92 2
Q8TCU5 2
Q9NRD8 2
Q5T9A4 2
Q6ZRI6 2
B9EGI0 2
O75830 2
Q86VW1 2
C9J2Y8 2
Q658L1 2
C9JF86 2
Q6PEY2 2
P60412 2
Q7RTR8 2
O95153 2
Q8IYM2 2
O95255 2
O60391 2
O95425 2
Q6DT37 2
Q8IZ20-2 2
Q6NXP2-2 2
O95460-2 2
P50226 2
A6NMZ7 2
P54253 2
O95786 2
Q86TB3 2
Q0P670 2
P59827 2
Q0VAR9 2
Q5T6X5 2
Q0VDD8-4 2
O60336 2
O95817 2
O60423-2 2
A6PVS8 2
Q68DN1 2
P04439 2
O60602 2
A8MSH3 2
Q6NV75 2
Q13427 2
Q6P6B7 2
A8MSQ1 2
Q6PXP3 2
Q14028 2
Q6ZMY3 2
Q14031-2 2
Q6ZTY8 2
P15822 2
B9ZVK6 2
P15848 2
Q7Z570 2
P17931 2
Q86UQ0 2
Q14929 2
Q86XA9 2
P20742 2
Q8IYG6 2
A8MT70 2
P60014 2
A8MT77 2
Q5T8R8 2
O14830 2
Q5TZA2 2
Q15643 2
Q5VTH9 2
P23141-2 2
Q5VV43 2
P23280 2
Q5W0A0 2
Q24JP5-2 2
O60443 2
A6ND91 2
Q6BDS2 2
Q2M243 2
A6NE01 2
Q32MH5 2
Q6IMN6 2
Q32P51 2
Q6NUI1 2
Q3L8U1-2 2
Q6NWU0 2
Q499Z3 2
Q6P3X3 2
O15018 2
A6NEL2 2
Q4G0P3 2
O75081 2
Q4LDE5 2
Q6U949 2
Q58DX5 2
P50238 2
Q58EX7 2
Q6ZN79 2
Q5D0E6 2
O75095 2
P25391 2
P54108 2
A9UL12 2
Q70EL2 2
Q5JTH9 2
Q76I76 2
B4E1X0 2
P56545-2 2
Q5JUB6 2
Q7Z6J9 2
O15389 2
Q86TY3 2
O43164 2
A5PLN7 2
B5MDQ5 2
Q86W24 2
Q5T035 2
O75376 2
Q5T036 2
Q8IUX4 2
Q5T0J7 2
Q8IYK2 2
Q5T124 2
Q8IYS4 2
Q5T1M5 2
Q5T6F2 2
Q12955 2
uc003xax.3 1
uc002eax.2 1
uc001dwa.2 1
Q96JL9 1
uc003aka.2 1
Q8N9L9 1
Q9Y2Y8 1
Q96JQ0 1
uc001rig.1 1
Q96KD3 1
Q92889 1
Q8N9R8-2 1
uc003mtg.2 1
Q8N9T8 1
Q96HJ3 1
Q96L50 1
Q9Y623 1
Q8N386 1
uc001law.2 1
Q8NA82 1
uc001whc.2 1
Q96LI9 1
uc002lvh.2 1
Q8NAT2 1
Q93075 1
Q96LW7-2 1
uc003fpa.2 1
Q96LW9 1
uc003sys.2 1
Q96M29 1
uc004bmg.1 1
Q96M89 1
Q9Y2G2 1
Q96M91 1
Q9Y566 1
Q8NC38 1
uc001abz.3 1
Q96MG8 1
uc001hfx.2 1
Q96MK3 1
uc001mty.2 1
Q96MY7 1
uc001stk.2 1
Q96N77 1
uc002aon.2 1
Q8N3D4 1
Q92583 1
Q96P69 1
Q8N323 1
Q96PC2 1
uc002sfp.2 1
Q96PD4 1
Q969T7 1
Q96PE6 1
Q96AQ6 1
Q96PH1 1
uc003hti.2 1
Q96PL5 1
uc003ntp.1 1
Q96PN7 1
uc003vsp.2 1
Q8NCW5 1
uc003yyy.2 1
Q96PQ7 1
uc009wcm.2 1
Q8N196 1
uc010jzk.1 1
Q8NDN9 1
Q8WUP2 1
Q8NDX1 1
Q9Y442 1
Q8NDX9 1
Q9Y5P1 1
Q8N3Y1 1
Q9Y6J0 1
Q96QD9 1
uc001cqe.3 1
Q96QE3 1
uc001fgr.1 1
Q96QI5 1
Q8WW52 1
Q8NDZ6 1
uc001mgt.2 1
Q96RG2 1
uc001qyz.3 1
Q96RL6 1
Q8WXD5 1
Q8NE62 1
uc001urv.2 1
Q96RP7 1
uc001zhi.2 1
Q8NEG0 1
uc002cmq.1 1
Q96S42 1
Q92543 1
Q96SB8 1
uc002iob.2 1
Q8NEQ5 1
uc002mkl.2 1
Q96SN8 1
uc002oqh.1 1
Q96ST8 1
Q92935 1
Q96SZ5 1
uc002unu.2 1
Q96T17 1
Q8N8C0 1
Q99456 1
Q969X1 1
Q8NEV8 1
uc003cna.3 1
Q8N412 1
Q96AY2 1
Q99595 1
Q96BF3 1
Q99678 1
uc003knc.2 1
Q99705 1
uc003nif.3 1
Q99707 1
Q8N910 1
Q99856 1
Q96E39 1
Q8NFD2 1
Q8N960 1
Q8NFT2 1
Q96FX8 1
Q9BQI5 1
uc003zsj.2 1
Q9BR39 1
uc009vnn.1 1
Q9BR77 1
Q96HD9 1
Q8NFV5 1
Q96HP8 1
Q9BRQ8 1
Q8N9H6 1
Q8NFZ6 1
Q9Y2I6 1
Q9BSA9 1
Q9Y2R9 1
Q9BT25 1
Q9Y3N9 1
Q9BU76 1
Q9Y4K0 1
Q9BUV0 1
Q9Y5E3 1
Q9BVL2 1
Q9Y5T5 1
Q9BVP2 1
Q9Y6C9 1
Q8NG04 1
Q9Y6S9-2 1
Q9BWD1 1
uc001bfk.2 1
Q9BWH6 1
Q8WW01 1
Q9BWN1 1
uc001epm.3 1
Q8N434 1
uc001ggg.1 1
Q9BWW9 1
uc001ikw.3 1
Q9BX26 1
Q8N715 1
Q8NG31-2 1
uc001lvm.2 1
Q9BXA9 1
uc001mjv.2 1
Q9BXI2 1
Q8WWU7 1
Q9BXI9-2 1
uc001rdt.2 1
Q9BXL6 1
uc001sah.1 1
Q9BXR5 1
uc001saz.2 1
Q9BXT6 1
uc001ugs.3 1
Q9BXT8 1
uc001vmt.2 1
Q9BXW6 1
uc001wja.2 1
Q9BY07 1
Q8WYQ9 1
Q8NGD2 1
uc002axo.2 1
Q9BYH1 1
uc002dai.3 1
Q9BYJ0 1
uc002flb.2 1
Q8NGD4 1
uc002hjn.2 1
Q8N123 1
uc002hzw.2 1
Q9BYR3 1
Q92610 1
Q8N475 1
uc002mdo.3 1
Q9BZE2 1
uc002nhl.1 1
Q9BZJ0 1
uc002oek.2 1
Q9BZJ3 1
Q92794 1
Q9BZY9 1
uc002pgj.1 1
Q9C000 1
uc002rxt.1 1
Q8NGI3 1
uc002spl.1 1
Q9C0D6 1
uc002vfa.2 1
Q9C0G6 1
uc002wtp.2 1
Q9C0J9 1
Q969S8 1
Q8NGJ0 1
uc002zji.3 1
Q9GZS9 1
uc002zxx.2 1
Q9GZU2 1
uc003cfi.1 1
Q9H063 1
Q96AP0 1
Q9H094 1
uc003dar.2 1
Q8NGK0 1
uc003eny.2 1
Q9H0M4 1
uc003fts.2 1
Q8NGV0 1
uc003gxu.2 1
Q9H0U6 1
uc003jig.2 1
Q8N4B4 1
Q96BJ8-3 1
Q9H190 1
uc003mwv.2 1
Q8NGX0 1
Q96BT3 1
Q9H1L0 1
uc003nzw.2 1
Q8NGY9 1
Q96CB5 1
Q9H1V8 1
Q8N957 1
Q9H201 1
Q96E52 1
Q9H205 1
uc003vvi.2 1
Q9H208 1
Q96F05 1
Q9H222 1
uc003xda.2 1
Q9H2B4 1
Q96GQ7 1
Q8N4T4 1
uc003zjw.2 1
Q9H306 1
uc004aid.2 1
Q8N4W9 1
Q8N9B5 1
Q9H347 1
uc009vxy.2 1
Q9H3S1 1
uc009yor.2 1
Q8NHC8 1
uc009zxk.2 1
Q9H4I0 1
Q96HP0 1
Q9H4M7 1
uc010fxm.1 1
Q9H583 1
uc010lpr.1 1
Q9H5L6 1
Q9Y2F5 1
Q9H6S0 1
Q9Y2H0-1 1
Q9H6Y2 1
Q9Y2K1 1
Q9H720 1
Q9Y2K9 1
Q9H816 1
Q9Y2T7 1
Q9H8X2 1
Q9Y345 1
Q9H9Y2 1
Q9Y3T6 1
Q9HAT1 1
Q9Y485 1
Q9HBF5 1
Q9Y508 1
Q9HBJ7 1
Q9Y585 1
Q9HBL0 1
Q9Y5E6 1
Q9HBM0 1
Q9Y5P3 1
Q8NHL6-3 1
Q9Y5W3 1
Q9HBW9 1
Q9Y644 1
Q8NHY0 1
Q9Y6G9 1
Q8NHY3 1
Q8WV93 1
Q8NI17-2 1
Q9Y6X5 1
Q9HCG8 1
Q8WVE6 1
Q8NI35 1
Q8WVT3 1
Q8N4X5 1
uc001doh.2 1
Q9HCX3 1
Q8WW43 1
Q8N1N2 1
uc001dzr.2 1
Q9NNX1 1
uc001ffh.2 1
Q9NP70 1
uc001fst.1 1
Q8TAZ6 1
uc001hdj.2 1
Q9NPB3 1
uc001hob.3 1
Q9NPB6 1
uc001ioo.2 1
Q9NPG4 1
uc001kal.3 1
Q8TB03 1
uc001koi.2 1
Q8N1N4 1
Q8WWK9 1
Q9NQC3 1
Q8WWQ8 1
Q8TB52 1
uc001mhb.3 1
Q8N5C6 1
uc001mqw.2 1
Q9NQS7 1
uc001nps.2 1
Q8TC84 1
uc001qvk.1 1
Q9NQW1 1
uc001qzt.2 1
Q8TCG1 1
uc001rgh.2 1
Q9NR11-2 1
Q8N7M2 1
Q9NR20 1
Q8WXB1 1
Q9NRC9 1
Q8WXG8 1
uc010otd.1 1
Q8N7Q3 1
Q8TCU4 1
uc001swc.3 1
uc010xwr.1 1
uc001uom.2 1
Q8N5H7 1
uc001usl.3 1
Q8TCY9 1
uc001vwo.1 1
Q9NRY5 1
Q8N7U7 1
Q9NU02 1
uc001wph.3 1
Q8TD07 1
uc001zif.2 1
Q9NV12 1
uc002adi.2 1
Q8N5W8 1
uc002ari.2 1
Q9NVI1 1
Q8N7X4 1
Q9NVL8 1
Q92485 1
Q9NVR5 1
uc002eab.2 1
Q9NVV2 1
uc002elh.2 1
Q8TD31-2 1
Q92535 1
Q9NWN3 1
uc002gov.3 1
Q9NWS6 1
uc002hwb.2 1
Q9NWS9 1
uc002hzv.2 1
Q9NX76 1
uc002ile.3 1
Q8N628 1
uc002jad.2 1
Q9NYA4 1
uc002knr.2 1
Q8TDM6 1
Q92614 1
Q9NYG8 1
uc002mkc.2 1
Q9NYK6 1
Q8N309 1
Q8TDR0-2 1
uc002niv.2 1
Q9NYQ8 1
uc002nrk.3 1
Q9NYR8 1
uc002onr.2 1
Q9NYW5 1
uc002owt.2 1
Q9NZ56 1
uc002oyf.1 1
Q9NZC7 1
Q92932 1
Q8TDV0 1
uc002pjn.2 1
Q8TDX9 1
uc002red.2 1
Q9NZM4 1
uc002sen.3 1
Q9NZP2 1
Q8N884 1
Q9NZP6 1
Q8N8A6 1
Q9NZQ3 1
uc002vcz.2 1
Q9NZQ8 1
uc002vml.2 1
Q9P0L9 1
uc002wgf.1 1
Q9P0W8 1
Q969H9 1
Q8TDY8 1
Q969Q4 1
Q9P1Z2 1
Q969T3 1
Q9P212 1
uc002zcm.2 1
Q9P266 1
uc002zsk.1 1
Q9P272 1
Q96A59-2 1
Q9P275-2 1
uc003afo.2 1
Q9P2A4 1
Q96A84-3 1
Q9P2E9-3 1
uc003cib.2 1
Q8TE59 1
uc003com.2 1
Q9P2X7 1
uc003cqx.2 1
Q9UBC7 1
uc003cxg.2 1
Q8N183 1
Q96AQ9 1
Q9UBS4 1
uc003eev.3 1
Q9UBU2 1
uc003fli.1 1
Q9UDX4 1
uc003frm.2 1
Q9UFP1 1
uc003gco.3 1
Q8TE68 1
uc003gkv.3 1
Q9UGP5 1
uc003hqx.3 1
Q9UH36 1
uc003ian.3 1
Q9UH92 1
Q96BH3 1
Q9UHF4 1
uc003lnj.2 1
Q9UHN6 1
uc003mlz.3 1
Q8N6I1 1
uc003mwa.3 1
Q9UIS9 1
uc003nef.2 1
Q8TEC5 1
uc003nkt.2 1
Q9UJ78 1
uc003ntn.3 1
Q9UJA3 1
uc003nvm.1 1
Q9UJL9 1
uc003ods.2 1
Q9UJW7 1
uc003qtf.2 1
Q8TER0 1
Q96DA0 1
Q9UKB5 1
uc003tbm.2 1
Q9UKP4 1
uc003toq.2 1
Q9UL01 1
uc003tzn.2 1
Q9UL49 1
uc003vrz.2 1
Q9UL52 1
Q96EK5 1
Q8TER5 1
uc003wcr.1 1
Q9ULE4 1
uc003wkp.2 1
Q9ULE6 1
uc003wwm.2 1
Q9ULI1 1
uc003xcu.2 1
Q9ULI3 1
uc003xep.1 1
Q9ULM0 1
Q96G42 1
Q8TEV9 1
uc003yyd.2 1
Q9UMR7 1
Q96GU1 1
Q9UMS0 1
uc003zlr.1 1
Q9UMX9 1
uc004aay.2 1
Q9UNI1 1
uc004atg.3 1
Q9UNK9 1
uc004can.3 1
Q9UNQ0 1
uc004ded.1 1
Q8TEX9 1
uc009vvi.2 1
Q9UPA5 1
Q96HA7 1
Q9UPN6 1
uc009ynk.2 1
Q9UPP2-2 1
uc009zhj.2 1
Q8TF21 1
uc009zwi.2 1
Q9UPV0 1
uc010awk.1 1
Q9UQ35 1
uc010boe.2 1
Q9UQ74 1
uc010eas.2 1
Q8TF76 1
uc010fvs.1 1
Q9UQ90 1
uc010inb.2 1
Q9UQP3 1
uc010ljy.1 1
Q8WTP8 1
Q8N9F8 1
Q8WTV0-2 1
Q8N9H9 1
Q9Y2A4 1
uc010wmr.1 1
Q9NRH2 1
uc010yvx.1 1
Q9NRP7 1
uc011jvp.1 1
Q9NRR1 1
Q8N0W5 1
Q9NRR4 1
Q8IX07 1
Q6P461 1
Q5TCM9 1
P19075 1
P10515 1
P19484 1
Q5JZ73 1
P19878 1
Q66K79 1
P19971 1
Q6W5P4 1
P20138 1
Q86V20 1
P20702 1
O95202 1
C9JN24 1
A6NGG8 1
C9JN71 1
Q5VVP1 1
D3DQK9 1
Q6IQ23 1
P21462 1
P08123 1
A6NMK8 1
Q6ZR62 1
A6NMR0 1
Q7Z5M8-2 1
O00182 1
Q86YD7 1
O00192 1
Q8IYW5 1
P23490 1
Q5JRA6 1
P24071 1
O95521 1
O00253 1
Q5T5J6 1
P24928 1
P02452 1
O00292 1
Q5XUX1-3 1
P25440 1
Q6AZY7 1
P25774 1
P05362 1
O00330 1
Q6PHR2 1
P26378 1
Q6UWT4 1
P26640 1
Q6ZMZ3 1
O00418 1
Q6ZU80 1
O00421 1
A2RUB6 1
P28070 1
Q86T20 1
P28330 1
P13646 1
P30042 1
Q8IVF2 1
P30154-2 1
A6NM10-2 1
O00451 1
Q8IZJ4 1
P31391 1
O95229 1
P31930 1
O95359 1
P32519 1
Q5QGT7 1
P34741 1
Q5SXM8 1
P34820 1
Q5T197 1
P34947 1
Q5T7V8 1
O00566 1
Q5TZ20 1
P35346 1
Q5VUJ5 1
P35372-3 1
P02462 1
P35452 1
Q63HK3 1
P35542 1
Q68DQ2 1
P35556 1
P04264 1
A2RUE3 1
P05107 1
P35789 1
P06133 1
O14610 1
P07197 1
P35968 1
Q6Q4G3 1
P36888 1
Q6UQ28 1
P37108 1
Q6V0I7 1
P37231 1
P08572 1
P38117-2 1
Q6ZNH5 1
A6NNB3 1
P09172 1
O14641 1
P0C0P6 1
P40145 1
P10643 1
P40394 1
Q7Z4N2 1
P42694 1
Q7Z736 1
P42898 1
P12643 1
P43360 1
Q86VI3 1
O14656 1
P14060 1
O14777 1
Q8IUC4 1
O14798 1
Q8IWC1 1
P48357 1
Q8IXT1 1
A2RUQ5 1
Q8IYN0 1
P48681 1
P17693 1
P48736 1
Q587J8 1
O14944 1
Q5CZA4 1
P49917 1
O95236 1
A7MBM2 1
B9A029 1
A8K1K9 1
Q5JVX7 1
P50748 1
Q5M775 1
P50995 1
A6NFJ4 1
P51172-2 1
Q5SXH7-4 1
P51636 1
Q5SYB0 1
P51659 1
A6NII6 1
O15021-3 1
O95900 1
P51801 1
O95988 1
P51858 1
P01011 1
P51957 1
Q5TEA6 1
P51993 1
Q5U5R9 1
P52569-2 1
Q5VTT5 1
O15031 1
P02461 1
A8K8G6 1
Q5VXM1 1
O15205 1
Q5VZR2-2 1
P55103 1
Q5Y7D6 1
P55198 1
Q659C4 1
P56159 1
Q68D06 1
A8K979 1
Q68EA5 1
P56696 1
P04004 1
P56715 1
P04626 1
A8MQT4 1
Q6MZQ0 1
P57071 1
Q6NUQ4 1
O15534 1
Q6NVY1 1
P57727 1
Q6P0N0 1
P57737 1
P06734 1
P58182 1
P07919 1
P59046 1
P07996 1
P59282 1
Q6S9Z5 1
P59533 1
Q6UDR6 1
P59826 1
Q6UWB4 1
O15553 1
Q6UXN2 1
P59910 1
Q6VVB1 1
O43151 1
Q6X4T0 1
A2VDJ0-5 1
Q6ZMT4 1
P60368 1
P08949-2 1
O43187 1
Q6ZQQ6 1
P60370 1
Q6ZRQ5 1
O43314-2 1
Q6ZS82 1
P60411 1
Q6ZUX3 1
O43493-2 1
Q70CQ4 1
P63211 1
Q7KYR7 1
P68363 1
Q7RTV2 1
P78329 1
Q7Z3Y9 1
O43555 1
Q7Z5L4 1
P78364 1
P12109 1
P78396 1
Q7Z7A1 1
P80075 1
Q86TC9 1
P98164 1
P12645 1
Q00056 1
Q86V71 1
Q008S8 1
Q86VY4 1
Q01459 1
Q86WB0 1
Q01658 1
Q86XM0 1
Q01664 1
P15169 1
O43731-2 1
C9JG81 1
O60225 1
Q8IVF5 1
O60243 1
Q8IWE2 1
Q02742 1
Q8IXI1 1
Q02880-2 1
Q8IYD8 1
Q03188 1
P15924 1
Q03405 1
P17036 1
Q03468 1
Q8IYX7 1
Q04671 1
Q8IZF2 1
Q04844 1
A6NM11 1
Q05952 1
O95185 1
Q07075 1
Q58F21 1
A1A4T8-2 1
O95206 1
O60285 1
Q5H9F3 1
Q07283 1
Q5IJ48 1
O60292 1
Q5JSS6 1
Q08397 1
Q5JTV8 1
Q08426 1
O95394 1
Q08999 1
Q5JWR5 1
Q08AF3 1
A1A519 1
Q08AG7 1
Q5M9N0 1
Q09MP3 1
Q5QJE6 1
O60312 1
Q5SQ64 1
Q0P6D6 1
Q5SW96 1
A4D1E9 1
Q5SXM2 1
A4D263 1
Q5SY16 1
Q0ZGT2 1
Q5SZD4 1
Q0ZLH3 1
A6NHR9 1
O60403 1
O95897 1
A4Z6T7 1
Q5T1B0 1
Q12887 1
Q5T2N8 1
A8MV65 1
O95944 1
Q8IZU2 1
Q5T7B8 1
Q8IZY2 1
O95995 1
A0PJX4 1
Q5TAA0 1
A1IGU5 1
Q5TD97 1
Q13084 1
Q5THR3 1
Q13127 1
P01031 1
Q13137 1
P01833 1
Q13233 1
Q5VTJ3 1
Q13316-2 1
P02458 1
O60548 1
Q5VV41 1
Q13470-2 1
Q5VVB8 1
Q13487 1
Q5VW36 1
Q13601 1
Q5VXT5 1
Q13615 1
Q5VYM1 1
B1AH88 1
C9JBG3 1
Q13748 1
Q5XX13-4 1
Q13753 1
Q60I27 1
Q13797 1
P02538 1
Q13946-2 1
Q66K74 1
O60603 1
P02730 1
O60721 1
P02788 1
Q14032 1
Q68DV7 1
Q14112 1
Q6A555-2 1
Q14126 1
Q6B9Z1 1
Q14160-3 1
P04259 1
Q14209 1
C9JDV5 1
Q14210 1
Q6IPM2 1
Q14244 1
Q6L8Q7 1
B1ANC0 1
P04731 1
Q14331 1
Q6NUN0 1
O75023-3 1
Q6NUS8 1
B1APY0 1
Q6NVV3 1
Q14679 1
P05787 1
Q14690 1
Q6NY19-2 1
Q14774 1
P06732 1
B2R6C3 1
Q6P4A8 1
Q14934-3 1
Q6PDB4 1
Q14980 1
P07900-2 1
Q14990 1
Q6PGQ1 1
Q15032 1
Q6PJF5-2 1
B4DQM4 1
Q6Q0C1 1
A6ND48 1
Q6Q759 1
B5B2M5 1
Q6T423 1
O75161 1
Q6UB98 1
O75185 1
Q6UE05 1
Q15652 1
Q6UW78 1
Q16204 1
P08151 1
Q16348 1
Q6UXC1-2 1
B5MDD1 1
Q6UXY1 1
Q16610 1
Q6V1P9 1
Q16762 1
Q6W3E5-2 1
Q16787 1
Q6WQI6 1
Q16790 1
Q6X784 1
Q16828 1
Q6XZB0-2 1
Q17R60 1
P08922 1
O75635 1
Q6ZN28 1
Q18PE1 1
Q6ZNB6 1
Q1EHB4 1
Q6ZP82 1
Q1X8D7 1
Q6ZR52-2 1
O75717 1
P08F94 1
Q2HXU8 1
Q6ZRV2 1
Q2I0M4 1
Q6ZS81 1
A1L443 1
P09871 1
Q2L4Q9 1
Q6ZUB1 1
O75952 1
Q6ZV73 1
Q2M2I5 1
P10321 1
Q2M329 1
P10412 1
Q2M3C7 1
P10523 1
Q2NL98 1
Q7RTR0 1
Q2TAA8 1
Q7RTS3 1
Q2TAL5 1
Q7Z2W4 1
Q2TBF2 1
Q7Z3Y8 1
Q2VIQ3 1
Q7Z407 1
Q2VPA4 1
P12107-2 1
Q2VPK5 1
Q7Z5L7-3 1
Q30201 1
Q7Z5Y6 1
Q32M84 1
Q7Z6L1 1
Q32M92 1
Q7Z745 1
O76014 1
Q86SH2 1
Q32MK0 1
P12270 1
O94769 1
Q86TJ5 1
Q3KPI0 1
Q86U06 1
O94823 1
Q86US8 1
Q3LHN0 1
Q86V48 1
Q3LI76 1
P13284 1
Q3LIE5 1
C9JFW9 1
Q3MJ13 1
Q86VZ4 1
Q3SY84 1
Q86W28 1
Q3YEC7 1
Q86X19 1
Q3ZCM7 1
Q86XL3 1
Q3ZCV2 1
Q86YB8 1
Q3ZCX4 1
Q86YE8-3 1
Q495D7 1
P15313 1
Q495Z4 1
Q8IUN9-2 1
O94850 1
Q8IUX7 1
Q49A88-6 1
Q8IVF4 1
Q49MG5 1
Q8IWA6 1
A1Z1Q3-2 1
Q8IWD5 1
B7ZLS8 1
Q8IWT3 1
Q4G0Z9 1
Q8IX12 1
B8A4U7 1
Q8IXS2 1
Q4VX76-2 1
Q8IY37 1
Q4W5C3 1
Q8IYE1 1
Q4W5G0 1
Q8IYI8 1
Q4ZJI4 1
P17022 1
Q53EZ4 1
Q8IYR2 1
Q53GL7 1
Q8IYU4 1
Q53HC0 1
Q8IYX0 1
Q53QW1 1
Q8IYY4 1
Q53RT3 1
Q8IZC4 1
Q53S99 1
Q8IZF3 1
Q53SF7 1
Q8IZT6 1
Q53T94 1
Q56UN5 1
Q8N0U7 1
Q13007 1
Q13018 1

 

На следующем этапе возникает вопрос — что делать с полученным списком генов с наибольшим числом frameshift мутаций? Можно ли определить характер и уровень функциональных изменений в организме человека? Оказывается, можно. Как упоминалась выше, полученные потенциальные генетические варианты, приведшие к замене кода аминокислот, были сохранены в таблице. Затем я подсчитал, в каких именно протеинах наблюдается наибольшое число потенциально вредных frameshift мутаций, и выделил их в отдельный список. Поскольку это самые интересные (с точки зрения возможных изменений в фенотипе) мутации, то далее я работал только с теми протеинами, в которых наблюдается повышенное количество вредоносных мутаций. Из общего числа я отобрал 35 протеинов с наибольшим количеством мутаций. Отмечу, что ни один из обнаруженных протеинов сам по себе не имеет значимой связи с риском развития заболеваний  интересующего нас спектра. Поэтому вышеприведенный список протеинов был обработан в программе Cytoscape, так как нас интересуют в первую очередь обнаружение функциональных связей с теми протеинами, которые ранее были описаны в литературе как потенциальные факторы развития отдельных расстройств и заболеваний.  Я не буду приводить полученные сетевые графы взаимодействия протеинов, так как они содержат деликатную информацию медицинского характера, поэтому помещенный ниже образец графического отображения в программе Cytoscape взаимодействия протеинов носит сугубо иллюстрирующий характер и взят с сайта програмыы Cytoscape

visualMapping1

Реклама

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s