Визуализация уровня гомозиготности и генетического разнообразия у народов Евразии

Обновлено 30.11.2014

После составления при написании предыдущего поста таблицы уровня гомозиготности в выборках Евразии, мне, конечно же, захотелось визуализировать его на карте (дополнив рядом новых выборок) .  Можно считать, что эта карта показывает уровень генетического разнообразия у каждого народа (ведь чем ниже количество гомозиготных снипов, тем разнообразие выше), но с одной оговоркой. Дело в том, что это число сильно зависит от используемого набора снипов. Таким образом, если в наборе много снипов, более часто встречающихся у европейцев, то разнообразие у них автоматически окажется завышенным, а у жителей других частей света — заниженным. А поскольку чипы для генотипирования предназначены в первую очередь для европейцев, такое вполне возможно.

Но все же мне кажется, что этот эффект либо не повлиял на результаты, либо повлиял незначительно. Наиболее разнообразными выборками получились отнюдь не европейские, а жители районов, прилегающих к Красному Морю. Это выглядит вполне объяснимо, поскольку где-то там и находится прародина всех не-африканцев. Другие результаты смотрятся тоже очень логично — по мере удаления от прародины разнообразие постепенно терялось.

Update от 21.01.2015. Для оценки эффекта можно сравнить с подсчетами из работы Fu et al:

FuHomosyg

Как можно увидеть, результаты по неафриканским популяциям хорошо коррелируют с моими. Однако по африканским выборкам результат прямо противоположный. Очевидно, евразийские снипы у них менее распространены, зато имеются свои собственные. Таким образом, метод (с данным набором снипов) можно использовать для выборок за пределами Черной Африки.

На карте зеленым цветом выделены выборки с наибольшим разнообразием, красным — с наименьшим:

HomosygIBDext

Как я уже писал, наивысшим разнообразие получилось у жителей Египта, Эфиопии, Йемена. Наинизшее из присутствующих на карте — у народов Северо-Восточной Сибири и Южного Китая. Однако у не попавших на карту есть и гораздо более экстремальные значения гомозиготности. Наибольшей она оказалась у южноамериканских индейцев и выборки папуасов. Чуть отстали африканские пигмеи, а вот обычные африканцы (йоруба и кенийские банту) вышли примерно на уровне восточноазиатов. Возможно, их реальное разнообразие еще выше (с учетом эффекта, описанного в первом абзаце).

Видно снижение разнообразия у народов-изолятов — калашей и бедуинов. И наоборот, у народов смешанного происхождения разнообразие выше. Например, на границе Европы и Азии выделяются ногайцы, башкиры, татары, коми-зыряне. В целом в Европе разнообразие плавно снижается с юга на север, за исключением выборок-изолятов — басков и сардинцев. А, допустим, в Индии все наоборот — понижение идет с северо-запада, откуда шли вторжения пришельцев, на юг и восток, к дравидам и австроазиатам.

При подсчете суммы IBD-сегментов уровень гомозиготности в выборке играет заметную роль. Например, «экстремалы» эвенки и эвены всегда разделяют меньше сегментов с европейцами, чем их соседи, но зато больше — с восточноазиатами.

В заключение приведу обновленную таблицу среднего процента гомозиготных снипов по используемым выборкам (и по используемому набору снипов):

Yemenite 65,20%
Egyptian 65,31%
Ethiopian 65,33%
Nogay 65,49%
Moroccan 65,52%
BR2 65,61%
Tatar-Kazan 65,65%
Azerbaijani 65,66%
Tatar-Crimean 65,67%
Kumyk 65,71%
Uttar-Pradesh-HC 65,72%
Bashkir 65,73%
Balkarian 65,78%
Komi 65,88%
Gujarati 65,92%
Tadjik 65,92%
UAE 65,92%
Turkmen 65,95%
Uzbek 66,00%
Uygur 66,00%
Greek_Azov 66,01%
Ashkenazi 66,03%
Ossetian 66,04%
Spanish 66,05%
Burusho 66,05%
Chuvash 66,05%
Croatian 66,05%
Abkhazian 66,09%
Iranian 66,09%
Russian-North-East 66,10%
Lezgin 66,10%
German 66,10%
Armenian 66,13%
Bulgarian 66,13%
Russian-South 66,14%
Italian-South 66,15%
Romanian 66,16%
Ukrainian-West-and-Center 66,16%
Sicilian 66,16%
Russian-North-Kargopol 66,17%
Greek 66,17%
Cypriot 66,18%
Swedish 66,19%
Palestinian 66,19%
Chechen 66,20%
Belarusian 66,20%
Hungarian 66,23%
Hazara 66,23%
Moksha 66,23%
Erzya 66,24%
Udmurt 66,25%
Georgian 66,26%
Ukrainian-East-and-Center 66,26%
Sephard 66,27%
Italian 66,29%
Ust-Ishim 66,29%
Kazah 66,29%
Tatar_Lithuanian 66,30%
Kurd 66,32%
Jordanian 66,33%
Turkish 66,33%
Mari 66,33%
Polish 66,34%
Adygei 66,35%
Norwegian 66,35%
Russian-West 66,36%
French 66,36%
Estonian 66,42%
Balt 66,45%
Karelian 66,45%
Kol 66,47%
NE1 66,49%
Veps 66,50%
British 66,51%
Finnish 66,51%
Tunisian 66,52%
Uttar-Pradesh 66,53%
Mansi 66,60%
Sindhi 66,61%
Brahui 66,68%
Kanjar 66,71%
Pathan 66,75%
Syrian 66,78%
Kirgiz 66,79%
Saud 66,91%
Makrani 67,02%
Basque 67,02%
Druze 67,08%
LBK 67,08%
Sardinian 67,08%
Andhra-Pradesh 67,09%
Bedouin 67,27%
Karnataka 67,33%
Hakas 67,33%
Altaian 67,33%
Balochi 67,36%
Saami 67,55%
Mongol 67,56%
Kalash 67,59%
Shor 67,63%
Munda 67,75%
Kerala 67,88%
Burmese 67,97%
BantuKenia 68,08%
Tuvinian 68,08%
Dolgan 68,24%
Tamil-Nadu 68,27%
Buryat 68,48%
Selkup 68,49%
Ket 68,54%
Xibo 68,54%
Cambodian 68,61%
Mongola 68,63%
Tu 68,65%
Yoruba 68,68%
Yakut 69,01%
Daur 69,11%
Han-North 69,14%
Nivh 69,25%
Naxi 69,31%
Evenk 69,32%
Hezhen 69,34%
Oroqen 69,39%
Yi 69,40%
Han 69,48%
Dai 69,62%
Japanese 69,67%
Miao 69,73%
Tujia 69,80%
She 69,88%
Naga 70,06%
Lahu 70,14%
Nganassan 70,37%
Even 70,64%
BiakaPygmy 70,69%
Maya 71,08%
MbutiPygmy 72,80%
Melanesian 73,03%
Loschbour 73,79%
Papuan 75,67%
Karitiana 76,17%
Kostenki-14 85,96%
Motala12 90,19%
Malta 94,41%
Advertisements

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s