Первые палеогеномы человека из Ирландии

Известный ресурс Генофонд.ру опубликовал неплохой русскоязычный разбор новой статьи, в которой приведены результаты изучения древних ирландских палеогеномов. Я ограничусь несколькими комментариями, которые касаются непосредственно анализа аутосомной части этих палеогеномов.

Анализ главных компонент (РСА) четырех древних ирландских геномов в сравнении с 78 другими древними геномами и 677 геномами современных популяций показал, что неолитический ирландский геном (Ballynahatty) попал в кластер с другими неолитическими европейскими геномами, а геномы бронзового века (Irish Bronze Age, Rathlin, 3,2,1) – в кластер геномов бронзового века Центральной и Северной Европы.

Анализ главных компонент древних ирландских геномов – неолитического (Ballynahatty) и бронзового века (Irish Bronze Age, Rathlin, 3,2,1), 78 других древних геномов и 677 геномов современных популяций Европы (на основе 354 212 SNP-маркеров).

Анализ главных компонент древних ирландских геномов – неолитического (Ballynahatty) и бронзового века (Irish Bronze Age, Rathlin, 3,2,1), 78 других древних геномов и 677 геномов современных популяций Европы (на основе 354 212 SNP-маркеров).

Анализ по методу ADMIXTURE (при заданном числе предковых популяций К=11) во всех древних геномах Ирландии выявляет большую долю компонента охотников-собирателей (красный цвет) и также большую долю компонента неолитических земледельцев (оранжевый цвет). В геномах бронзового века появляется и степной компонент (голубой цвет). Три ирландских генома бронзового века по предковому спектру сходны с одновременными им континентальными геномами.

Спектр предковых компонентов ADMIXTURE (при К=11). Ирландские геномы (неолитический и бронзового века) обозначены зелеными метками.

Спектр предковых компонентов ADMIXTURE (при К=11).
Ирландские геномы (неолитический и бронзового века) обозначены зелеными метками.

Проанализировав геномы древних жителей Ирландии, ученые пришли к выводу, что предки современных ирландцев происходили из Восточной и Южной Европы.

Генетики из дублинского Тринити-колледжа вместе с археологами университета Квинс в Белфасте исследовали скелет крестьянки, относящийся к периоду неолита.Возраст хорошо сохранившихся останков оценивается в 5200 лет. Захоронение было обнаружено в 1855 году неподалеку от Белфаста. По словам ученых, геном женщины имеет много общего с геномом современных жителей Испании и Сардинии.
Предки крестьянки, в свою очередь, как полагают исследователи, пришли в Европу с Ближнего Востока, где в свое время появилось первое земледелие. Помимо этого, в распоряжении команды ученых оказались останки троих мужчин с острова Ратлин, живших в бронзовом веке примерно 4200 лет назад. Геном этих мужчин отличался от генома крестьянки – треть структуры ДНК свидетельствует о том, что их предки происходили из понтийских степей Причерноморья, расположенных на территории современных России и Украины.

Я решил проверить их выводы и самостоятельно собрал описанные 4 генома из имеющихся в открытом доступе fastq-файлов  (ENA — Европейский Архив Нуклеотидов), а затем проанализировал геномы в своей новой модели этно-популяционного калькулятора.
Итак, для начала геном неолитической «фермерши» из Белфата. Результаты согласуются с выводами ирландских генетиков. Примерно 45% генома носит неолитическое происхождение (фермеры с Ближнего Востока), 17% — от кавказских охотников собирателей времен палеолита, и 16% от охотников-собирателей западной Европы. Что самое важное — так это практически полное отсутствие степного компонента EHG (восточных охотников-собирателей), 1.14 процентов скорее всего появилось либо в результате ошибок определения генотипов при сборке генома, либо в результате посмертных изменений ДНК.

Neolithic 44.65
Caucasian-HG 17.09
WHG-UHG 16.17
Subsaharian 5.82
NorthAfrican 5.43
Ancestor 3.2
SouthEastAsian 2.92
EastAfrican 1.78
EHG 1.14
Australian 0.95
NearEast 0.43
Siberian 0.34
Amerindian 0.09
Arctic 0.01
ANI 0
Oceanic 0

Далее останки первого мужчины RM217 из захоронений бронзового века на острове Ратлин. Степной EHG у него уже присутствует в значимых долях, и вместе с компонентом западноевропейских охотников-собирателей составляет примерно треть генома, а вместе с родственным североиндийским компонентом ANI — почти половину генома. Caucasian-HG остался примерно таким же, как и у неолитической крестьянки, а главное отличие — в уменьшении неолитического компонента.

WHG-UHG 27.32
Neolithic 18.3
EHG 17.16
Caucasian-HG 13.16
ANI 7.98
Subsaharian 5.56
Ancestor 4.16
Amerindian 3.38
Oceanic 1.28
Siberian 0.86
EastAfrican 0.8
Australian 0.03
Arctic 0
NearEast 0
NorthAfrican 0
SouthEastAsian 0

Результаты двух других мужчин RSK1 и RSK2 с того же Ратлина характеризуются схожим распределением компонентов — с той лишь разницей, что из-за худшего качества прочтения этоих геномов, амплитуда частот более резкая (результат «зашумленности» прочтений геномов).

WHG-UHG 28.82
Neolithic 24.7
EHG 18.55
Caucasian-HG 13.45
Amerindian 3.48
ANI 3.2
Subsaharian 2.22
Siberian 2.03
NearEast 1.36
Ancestor 0.77
Australian 0.73
Oceanic 0.64
SouthEastAsian 0.05
Arctic 0
EastAfrican 0
NorthAfrican 0

Advertisements

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s