Вторая фаза нового проекта

Две недели назад я сообщил об окончании первой фазы своего нового проекта (на первом этапе работы удалось собрать надежную выборку из более чем 5000 образцов более чем 250 различных этно-популяционных групп людей по всему миру.

Как я уже рапортовал ранее, самой сложной из запланированных на втором этапе задач являлась импутирование (импутация) отсутствующих генотипов.  Читатели моего блога помнят, что две предыдущие экспериментальные попытки импутирования больших выборок     — в 2013  и в 2015  — закончились неудачно (или, если говорить точнее, качество импутированных генотипов не оправдало моих завышенных ожиданий). В предыдущих опытах я задействовал мощную комбинацию программ ShapeIT и IMPUTE и  метод импутирования снипов за счет использования большой референсной панели аутосомных гаплотипов (из 1000 genomes),  гарантирующей более аккуратное определение генотипов.

На этот раз, я решил не повторять ошибок, и обратился к использованию других программ — в частности , к  Minimac3, хорошо зарекомендовавшую себя в работе с геномами 1000G.  К моему счастью, я набрел на недавно появившиеся публичные сервера, работающие с «облачным» сервисом импутирования Cloudgene. геномов.
Серверы импутирования геномов позволяют использовать полную референсную панель гаплотипов для точного определения недостающих генотипов в анализируемых данных. Пользователи подобных серверов могут загружать (предварительно фазированные или несфазированные) данные генотипов на сервер. Процедура импутирования  будет осуществляться на удаленном сервере, и по окончанию этого процесса рассчитанные данные доступны пользователю для скачивания. Наряду с импутированием, подобные сервисы позволяют провести процедуру контроля качества (QC) и фазировки данных в качестве предварительного этапа процесса импутирования генотипов.

Прототипы серверов импутирования уже доступны в институте Сангера и Мичиганского университета. В дополнение к вышеназванным серверам, можно упомянуть прототип сервера поэтапной полномасштабной  фазировки генотипов анализируемых образцов (прототип создан биоинформатиками Оксфордского университета). На мой взгляд, самое простое и доступное решение задачи импутирования на удаленном сервере было разработано сотрудниками   Мичиганского университета. Дополнительное преимущество этому решению дает грамотная документация по использованию сервиса.

Основная рабочая лошадка сервиса — это комбинация двух или трех программ — две програмы для фазирования диплоидных генотипов в гаплоидную фазу  ShapeIT и Hapi-UR , а в качестве основного ПО для самого процесса импутирования (определения) недостающих генотипов — вышеупомянутую программу Minimac3.

Описание эксперимента с импутированием генотипов на удаленном сервере

В самом начале,  я разбил свою выборку на пять когорт (т.к. референсные панели на сервере также разбиты на «этнографические группы»):

  1. европейцы (европейцы + кавказцы) — 1715 образцов -87169 снипа
  2. азиаты (+американские аборигены и аборигены островов Тихого Океана) — 2356 образцов — 87044 снипа
  3. африканцы — 1054 образца — 86754 снипов
  4. палеогеномы древних жителей Евразии, Африки и Америки -340 — 594500 снипов
  5. смешанные группы — преимущественно мозабиты, пуэрто-риканцы и др.
QC-Report
На рисунке показана корреляция между частотами аллелей в изучаемоей выборке (здесь: европейская когорта) и частотами аллелей в референсной панели

К моему вящему неудовльствию,  некоторые образцы в сводной выборке не прошли контроль качества — в первую очередь это касается образцов европейцев из базы данных POPRES, а также выборок статьи  Xing et al. (2010). Скорее всего, их нужно будет импутировать отдельно.

Несмотря на значительную скорость обработки генотипов на удаленном сервере, к настоящему времени эксперимент еще не доведен до конца.  Пока я планирую ограничиться импутированием генотипов в 3 первых когортах (т.к. импутирование палеогеномов с помощью современных референсных панелей гаплотипов вероятнее всего приведет к искажению истинного разнообразия палеогеномов за счет проекции на современные группы населения, хотя авторы статьи Gamba et al. 2014 в сопроводительном материале к своей статье утверждают обратное).

После окончания фазирования и последующей обработки генотипов европейской когорты в программе Plink (были отсеяны все варианты с вероятностью ниже 0.9) ,  я получил выборку из 1715 европейцев с 25 215 169 снипами против изначальных 87169, т.е число снипов в выборке увеличилось в 290 раз!
В азиатской когорте соотношение импутированных генотипов к исходным составило чуть меньшую величину 19 048 308 / 87044 = 219.

Проверка результатов

Разумеется, все полученные результаты нуждались в дополнительной проверке качества генотипирования.
Cначала я объединил импутированную европейскую когорту с когортой палеогеномов (которая не была импутирована) и рассчитал в программе PLINK 1.9 матрицу IBS (т.е. сходства образцов в выборке между собой, эта метрика отдаленно напоминает Global Similarity в клиентских отчетах 23andme), а затем усреднил данные по популяциям и произвел по усредненным значениям иерархическую кластеризацию по признакам сходства (IBS, identity by state). Результат превзошел все мои пессимистические ожидания

 

 

Как становится очевидно из приведенной выше кластерограммы,  в целом взаимное расположение популяций в кластерах соответствует (в общих чертах) взаимному географическому положению. Присутствуют, правда, и некоторые огрехи. Так, например, венгры очутились в одном кластере с русскими из Курска,  норвежцы — с русскими из Смоленска, а усредненные «русские» — с американцами европейского происхождения из штата Юта и французами. Трудно сказать, в чем здесь причина, тем более что матрица была составлена по значениям IBS (идентичности по состоянию), а не IBD (идентичности по происхождению).  Более подробные данные о попарных значениях IBS между популяциями выборки можно посмотреть в этой таблице

Импутированная азиатская когорта (несмотря на расширение географии за счет включения образцов коренного населения Америки и аборигенов бассейна Тихого океана)  тоже  оказалась на удивление надежной. Я пока не буду останавливаться на подробностях изучения этой когорты, вместо этого я размещаю здесь результаты MDS- мультдименсионального шкалирования образцов выборки, образованной в ходе слияния 2 импутированных когорт (европейской и азиатской) с 1 неимпутированной (палеогеномы). Цветовое обозначение точек соответствует определенным кластерам, выявленных в выборке с помощью алгоритма MCLUST (cледуя рекомендациям Диенека Понтикоса). Всего этих кластеров 15 и они обозначены последовательностью чисел от 1 до 15, и каждый из этих кластеров имеет свою четкую географическую привязку:

  • 1 — кластер популяций ближнего Востока и  Анатолии
  • 2 — кластер популяций северного Кавказа
  • 3 — «индоевропейский» кластер древних популяций Синташта, шнуровой культуры, Ямной культуры и т.д.
  •  4 — кластер аборигенных жителей Америки (эскимосов и индейцев)
  • 5 — суперкластер популяций средиземноморского и восточноевропейского региона
  • 6 — сибирский кластер алтайских и самодийских популяций
  • 7 — кластер популяций западной и северной Европы
  • 8 — кластер палеосибирских популяций (таких как чукчи, ительмены и коряки)
  • 9 — кластер аборигенных (австронезийских и тай-кадайских) популяций юго-восточной Азии (даи, атаяла и ами)
  • 10 — кластер неолитических популяций
  • 11 — еще один ближневосточно-средиземноморский кластер (ашкеназим, сардинцы и так далее)
  • 12 — кластер североиндийских популяций
  • 13 — кластер центральноазиатских популяций
  • 14 — поволжские популяции
  • 15 — разные групп индусов

 

Реклама

Первые палеогеномы человека из Ирландии

Известный ресурс Генофонд.ру опубликовал неплохой русскоязычный разбор новой статьи, в которой приведены результаты изучения древних ирландских палеогеномов. Я ограничусь несколькими комментариями, которые касаются непосредственно анализа аутосомной части этих палеогеномов.

Анализ главных компонент (РСА) четырех древних ирландских геномов в сравнении с 78 другими древними геномами и 677 геномами современных популяций показал, что неолитический ирландский геном (Ballynahatty) попал в кластер с другими неолитическими европейскими геномами, а геномы бронзового века (Irish Bronze Age, Rathlin, 3,2,1) – в кластер геномов бронзового века Центральной и Северной Европы.

Анализ главных компонент древних ирландских геномов – неолитического (Ballynahatty) и бронзового века (Irish Bronze Age, Rathlin, 3,2,1), 78 других древних геномов и 677 геномов современных популяций Европы (на основе 354 212 SNP-маркеров).

Анализ главных компонент древних ирландских геномов – неолитического (Ballynahatty) и бронзового века (Irish Bronze Age, Rathlin, 3,2,1), 78 других древних геномов и 677 геномов современных популяций Европы (на основе 354 212 SNP-маркеров).

Анализ по методу ADMIXTURE (при заданном числе предковых популяций К=11) во всех древних геномах Ирландии выявляет большую долю компонента охотников-собирателей (красный цвет) и также большую долю компонента неолитических земледельцев (оранжевый цвет). В геномах бронзового века появляется и степной компонент (голубой цвет). Три ирландских генома бронзового века по предковому спектру сходны с одновременными им континентальными геномами.

Спектр предковых компонентов ADMIXTURE (при К=11). Ирландские геномы (неолитический и бронзового века) обозначены зелеными метками.

Спектр предковых компонентов ADMIXTURE (при К=11).
Ирландские геномы (неолитический и бронзового века) обозначены зелеными метками.

Проанализировав геномы древних жителей Ирландии, ученые пришли к выводу, что предки современных ирландцев происходили из Восточной и Южной Европы.

Генетики из дублинского Тринити-колледжа вместе с археологами университета Квинс в Белфасте исследовали скелет крестьянки, относящийся к периоду неолита.Возраст хорошо сохранившихся останков оценивается в 5200 лет. Захоронение было обнаружено в 1855 году неподалеку от Белфаста. По словам ученых, геном женщины имеет много общего с геномом современных жителей Испании и Сардинии.
Предки крестьянки, в свою очередь, как полагают исследователи, пришли в Европу с Ближнего Востока, где в свое время появилось первое земледелие. Помимо этого, в распоряжении команды ученых оказались останки троих мужчин с острова Ратлин, живших в бронзовом веке примерно 4200 лет назад. Геном этих мужчин отличался от генома крестьянки – треть структуры ДНК свидетельствует о том, что их предки происходили из понтийских степей Причерноморья, расположенных на территории современных России и Украины.

Я решил проверить их выводы и самостоятельно собрал описанные 4 генома из имеющихся в открытом доступе fastq-файлов  (ENA — Европейский Архив Нуклеотидов), а затем проанализировал геномы в своей новой модели этно-популяционного калькулятора.
Итак, для начала геном неолитической «фермерши» из Белфата. Результаты согласуются с выводами ирландских генетиков. Примерно 45% генома носит неолитическое происхождение (фермеры с Ближнего Востока), 17% — от кавказских охотников собирателей времен палеолита, и 16% от охотников-собирателей западной Европы. Что самое важное — так это практически полное отсутствие степного компонента EHG (восточных охотников-собирателей), 1.14 процентов скорее всего появилось либо в результате ошибок определения генотипов при сборке генома, либо в результате посмертных изменений ДНК.

Neolithic 44.65
Caucasian-HG 17.09
WHG-UHG 16.17
Subsaharian 5.82
NorthAfrican 5.43
Ancestor 3.2
SouthEastAsian 2.92
EastAfrican 1.78
EHG 1.14
Australian 0.95
NearEast 0.43
Siberian 0.34
Amerindian 0.09
Arctic 0.01
ANI 0
Oceanic 0

Далее останки первого мужчины RM217 из захоронений бронзового века на острове Ратлин. Степной EHG у него уже присутствует в значимых долях, и вместе с компонентом западноевропейских охотников-собирателей составляет примерно треть генома, а вместе с родственным североиндийским компонентом ANI — почти половину генома. Caucasian-HG остался примерно таким же, как и у неолитической крестьянки, а главное отличие — в уменьшении неолитического компонента.

WHG-UHG 27.32
Neolithic 18.3
EHG 17.16
Caucasian-HG 13.16
ANI 7.98
Subsaharian 5.56
Ancestor 4.16
Amerindian 3.38
Oceanic 1.28
Siberian 0.86
EastAfrican 0.8
Australian 0.03
Arctic 0
NearEast 0
NorthAfrican 0
SouthEastAsian 0

Результаты двух других мужчин RSK1 и RSK2 с того же Ратлина характеризуются схожим распределением компонентов — с той лишь разницей, что из-за худшего качества прочтения этоих геномов, амплитуда частот более резкая (результат «зашумленности» прочтений геномов).

WHG-UHG 28.82
Neolithic 24.7
EHG 18.55
Caucasian-HG 13.45
Amerindian 3.48
ANI 3.2
Subsaharian 2.22
Siberian 2.03
NearEast 1.36
Ancestor 0.77
Australian 0.73
Oceanic 0.64
SouthEastAsian 0.05
Arctic 0
EastAfrican 0
NorthAfrican 0

Генетический компонент северных евразийцев (ANE) в свете новых данных

Начало февраля порадовало важным событием: на  сервере Bioraxiv размещен препринт монументальной статьи Haak et al. (Iosif Lazaridis , Nick Patterson , Nadin Rohland , Swapan Mallick , Bastien Llamas , Guido Brandt , Susanne Nordenfelt , Eadaoin Harney , Kristin Stewardson , Qiaomei Fu , Alissa Mittnik , Eszter Bánffy , Christos Economou , Michael Francken , Susanne Friederich , Rafael Garrido Pena , Fredrik Hallgren , Valery Khartanovich , Aleksandr Khokhlov , Michael Kunst , Pavel Kuznetsov , Harald Meller , Oleg Mochalov , Vayacheslav Moiseyev , Nicole Nicklisch , Sandra L. Pichler , Roberto Risch , Manuel A. Rojo Guerra , Christina Roth , Anna Szécsényi-Nagy , Joachim Wahl , Matthias Meyer , Johannes Krause , Dorcas Brown , David Anthony , Alan Cooper , Kurt Werner Alt , David Reich) «Massive migration from the steppe is a source for Indo-European languages in Europe».  Несмотря на то, что сама статья еще находится на стадии препринта, уже сейчас очевидна глубина проработки материала. Нет никаких сомнений в том, что это объемное, вдумчивое и тщательное исследование  войдет в число главных работ в области индоевропеистики. По своей сути, коллектив авторов подвел в этой работе итоги всех предыдущих исследований введенных  «полных геномов» древних жителей Европы (возрастом в 8 000 -4 000 лет),  введенных в научных оборот за последние 2-3 года. Благодаря систематическому подходу к материалу и синтезу предыдущих наработок,  а также за счет использования  новейших физико-химических методов экстрагирования палео-ДНК вкупе с передовым современейшим биоинформатическим программным обеспечением,  авторы смогли строго и скурпулезно подойти к одному из важнейших вопросов истории, лингвистики и археологии — к вопросу о происхождении индоевропейцев.  К чести авторов, они признают, что даже после столь внушительного по своим размерам и качеству исследования, вопрос о первичном месте происхождения индоевропейцев остается открытым, и поэтому собственно обсуждение релевантности исследования палео-ДНК в свете существующих 4 главных теорий  происхождения индоевропейцев занимает в работе относительно мало места (стр.134-139).  Впрочем, вряд ли кто всерьез ожидал от этого исследования окончательного ответа на все вопросы индоевропеистики.  Тем не менее, подробный анализ аутосомного генома, а также однородительских маркеров (митохондриального генома и  Y-хромосомы) представителей целого ряда культур неолита, медногл и бронзового века восточной и западной Европы, и в особенности представителей Ямной культуры,  дает новую подпитку вечному спору между сторонниками разных версий происхождения индоевропейцев (т.к. многие вслед за Гимбутас связывают ямную культуру с общностью протоиндоевропейцев).

annurev-linguist-030514-124812.f2

Зато остальная часть этой 172-страничной работы настолько богата (насыщена) фактическим материалом, что любой, даже самый искушенный, читатель попгенетической литературы получит большое удовольствие от приобщения к плодам многолетней работы умнейших ученых.   А работа, действительно, проделана огромная. Ученые воссоздали геномные данные 69 европейцев, живших между 8 000-3000 лет тому назад, за счет обогащения амплифицированных библиотек палео-ДНК. Эти библиотеки палео-ДНК они использовали для целевого отбора  394577 таргентных полиморфизмов (снипов) в панелях Affymetrix Human Origins. Обогащение именно этих специально отобранных таргентных позиций позволило снизить необходимые для анализа древней ДНК объемы секвенирования в среднем примерно в 250 (!) раз, что позволило авторам изучить на порядок больше лиц в сравнении с предыдущими исследованиями, и получить более полные знания о прошлом.

map

В работе показано, что уже 8,000-5,000 лет  назад население западной и восточной Европы следовали противоположным траекториям развития.

На заре евпропейского неолита, примерно 8,000-7,000 лет назад, отдельныетесно связанные родством и отличные от коренных европейских охотников-собирателей, группы  ранних земледельцев появились в Германии, Венгрии и Испании, в то время как Россия была населена особой группой восточных охотников-собирателей, имеющих родство с населением сибирского палеолита (24 000 л.н.в) , эта группа древних северо-евразийцев (ANE), представлена образцом MA1 (мальчик с палеолитической стоянки Malta-1 из южной Сибири); кроме того, этот компонент неплохо аппроксимируется «сибирской частью» генома изолированных индейцев Южной Америки (каритиана). Два образца охотников-собирателей из России (Карелия и Самары) образуют кластер «восточно-европейских охотников-собирателей «(EHG); пост-мезолитические охотники-собиратели  из Люксембурга, Испании и Венгрии (WHG) находятся на противоположенном конце клина охотников-собирателей, в то время как охотники-собиратели  Швеции  (SHG) находятся посередине. Интересно отметить, что геном охотника-собирателя из Карелии представляет собой смесь 38-40% компонента ANE и 60-62% компонента WHG, причем величина ANE значительно выше 20% ANE, выведенных для  шведского-охотника собирателя Motala-12 в предыдущем исследовании Lazaridis et al 2014).
В соответствии с тем, что EHG являются обмен население больше аллелей с «древних Северной евразийцев» (ГУ 7), чем любой другой.

pca

Примерно  6-5 тысяч лет назад,  на большой части  Европы назад  произошел новый «подъем» потомков мезолитических охотников-собирателей, но в России  степные скотоводы Ямной культуры время произошли от смешивания  предыдущих племен восточно-европейских охотников-собирателей с населением ближневосточного происхождения.  Население Ямной культуры отличалось от своих предшественников -восточно-европейских охотников-собирателей EHG —  меньшим количеством обших аллелей с MA1 (| Z | = 6,7), что  свидетельствует о процессе дисперсии носителей ANE  на территории европейских степей где-то между 5 000-3 000 гг. до н.э. Уменьшение числа общих с образцом MA1 аллелей, вероятно объясняется появлением «примеси» от популяции или популяций, тесно связанных с
популяциями современного ближнего Востока, т.к. самая отрицательная f3-статистика  (отрицательная статистика однозначно свидетельствует о примеси) наблюдается при моделировании жителей Ямной культуры как продукта смешивания носителей компонента EHG  и современных популяций ближнего Востока, таких как армян (Z = -6,3).

Непосредственный контакт между населением западной и восточной Европой состоялся   ~ 4500 лет назад, а в геноме поздне-неолитического населения культуры шнуровой керамики на территории Германии прослеживается 75%-ный «генетический» вклад «степного» компонента представителей ямной культуры. Таким образом геном жителей культуры шнуровой керамики «документирует» массовую миграцию населения с восточной периферии Европы в ее центральные области. Данный «степной» компонент Yamna (гибрид EHG и ближневосточных популяций) сохранялась в значительных пропорциях у всех имеюшисхя образцах из центральной Европы как минимум до ~ 3000 г.н.э, и повсеместно встречается у современных европейцев.

 

admix2

 

Если географическая дихотомия неолитического и мезолитического генетических компонентов в Европе была отмечена еще в работах пионеров популяционной генетки вроде Л. Кавалли-Сфорца, то данные этой работы позволяют вставить последнее звено в решении головоломки. На основании данных можно предположить, каким именно образом третий генетический компонент европейцев (ANE) попал из Сибири  в Европу: сначала этот компонент несли представители EHG,  затем он перешло к «ямникам» (смешанная популяция восточно-европейских охотников-собирателей и населения ближневосточного типа), а затем от ямников к представителям культуры шнуровой керамики, которые представляли собой смесь представителей ямной культуры с средне-неолитическими европейцами.  В настоящее время этот компонент имеет плавное распределение на территории Европы, и по этой причине, мы можем использовать его в анализах структуры как генофонда целых народов, так и генома отдельно взятых людей.

В январе я провел небольшой  эксперимент c «чистым вариантом» аутосомного компонента ANE (ancestral North-Euarasians), впервые описаном в известной работе Lazaridis et al. 2014. Процедура вывода третьего генетического компонента в генофонде европейцев (ANE) оказалась гораздо сложнее, чем я предполагал в начале. Основная сложность заключалась в том, что в отличии от мезолитических и неолитческих сэмплов, у нас нет хорошого образца палеоДНК носителей компонента ANE. Пришлось заниматься реконструкцией генома, используя в качестве заменителей геном MA1 и не-восточноазиатскую часть генома индейцев каритиана. Технически, данный «компонент» был «синтезирован» в программе Plink с помощью 2последовательных запусков генерации «синтетических» популяций на основании частот аллелей аутосомных снипов, вычисленных в3 последовательных запусках программы Admixture.

Я получил компонент с максимально приближенным значениями к значениям компонента ANE в разных популяциях мира в работе Lazaridis et al. 2014. Изучение этого компонента важно для понимания многих неясных моментов истоии древних популяций в восточной Европе и на северном Кавказе. Последние статьи и анонсы лаборатории Давида Рейха к новой статье о составляющих аутосомного генофонда представителей ямной культуры и культуры шнуровой керамики дают основания полагать, что компонент ANE в Евразии могли разносить потоки миграции индоевропейцев, а генетическое разнообразие жителей Европы и Кавказа практически вписывается внутри класссического треугольника (клинов) генетических компонентов ANE-WHG-EEF (см.  ниже график PCA).

10896832_10205857624789575_5582535068712806983_n

Формально,эта гипотеза проверяется с помощью инструментов f3-статистики (A; B,C) — формального теста на статистическую значимость предполагаемого варианта присутствия адмикса двух популяций-доноров в популяции-рецепиенте.

Я решил проверить надежность модели путем представления ряда европейских и кавказских популяций в виде продукта гибридизации носителей компонента ANE с «неолитическим» и «пост-мезолитическим» населением Европы (результаты ниже,  Z в последней колонке.

 

North-Caucas Caucasian ANE -0.0006748 5.13E-05 -13.166
Mesolithic-North Loschbour ANE -0.0011573 0.0001605 -7.21171
Mediterranean-Neolithic Otzi ANE -0.0012012 0.0002376 -5.05634
Mesolithic-North LaBrana ANE -0.0010358 0.0002097 -4.94043
Italian-East Otzi ANE -0.0012473 0.0005013 -2.48825
Italian-East Italian-West ANE -0.0005022 0.0004325 -1.16129
Maltese Otzi ANE -0.0001611 0.0004147 -0.388512
Assyrian-1 Caucasian ANE -0.0002994 0.0009656 -0.310081
Spanish-Canar Loschbour ANE -0.0002557 0.0011264 -0.227017
Italian-East Maltese ANE 2.36E-05 0.0003026 0.0779574
Italian-East Caucasian ANE 6.32E-05 0.000274 0.230808
Spanish-Canar Otzi ANE 0.0003307 0.0012476 0.265081
Assyrian-1 Italian-West ANE 0.0003321 0.0012207 0.272035

Практически все полученные варианты для современных популяций в тесте f3 дали отрицательную Z-оценку.

Буквой Z обозначается стандартная оценка, основанная на нормальном распределении. Иначе говоря, Z-o. является мерой отклонения от среднего, выраженной в единицах стандартного отклонения. Z –оценка будет иметь отрицательную величину, если показатели адмикса будут выше медианного значения.
Очень высокие или очень низкие (отрицательные) Z-оценки, связанные с очень маленькими p-значениями, располагаются в хвостах нормального распределения, и является значимыми, а не случайными. А значит, компонент ANE был индуцирован мною правильно.

 

 

Что еще любопытно, так это то, что третья составляющая современных европейцев — компонент ANE в моем эксперименте плавно разделился на две подсоставляющих — MA1 (древние сибиряки эпохи палеолита) и Кавказ (в качестве основы я брал геномы грузин и армян).

То есть, скорее всего компонент ANE появился в результате смешивания «труъ» древних северных евразийцев и кавказцев. Собственно, об этом намекал Рейх в анонсе своей публикации результатов анализа геномов жителей ямной культуры.

Вероятно, что кавказские популяции (особенно в Дагестане), характеризующиеся высоким уровнем гомо- и аутозиготности в определенном смысле «законсервировали» в своем геноме тот первый массовый вброс компонента ANE в свой генофонд. И по этой причине, например, без специальной методики, в программе Admixture практически весь компонент ANE маскируется бимодальным компонентом, вроде знаменитого Caucas-Gedrosia в одном из первых этно-популяционных калькуляторов проекта Dodecad. Похоже, что генетика может в очередной раз частично примирить две антиномные теории (вернее, целые кластеры теорий) происхождения ИЕ — анатолийскую и степную. Нечто подобное наблюдалось после прочтения геномов неандертальцев и получения убедительных фактов гибридизации предков соврменного человека и архаических гомининов — неандертальцев, денисовцев. В результате чего теории мультирегионального и монорегионального происхождения человка были хотя бы в отдельных моментах приведены к общему знаменателю.

Как я уже упоминал ранее, мой опыт с «выведением» предкового аутосомного компонента индоевропейцев полностью удался. Поскольку всем очевидно, что этот компонент родственен «североиндийскому предковому компоненту» (ANI — обозначение из статьи Reich et al. 2009 и Moorjani et al 2011) о структуре генофонда индийских этнических групп), я взял 10 индийских этнических групп, имеющихся в кураторском наборе лаборатории Райха и проанализировал эту выборку в Admixture на пропорции вхождения их геномов в 2 априорно заданные кластеры. Первый кластер ANE был априорно задан 40 синтетическим индивидами, сгенерированными в программе Plink на основании расчитанных ранее частот аллелей «чистого» компонента ANE. В качестве дополнительного контрольного образца я использовал геном Malta1, т.к. он содержит в себе наивысшее содержание компонента ANE. Второй кластер был задан 4 индивидами Onge (одна из аборигенных народностей Андаманских островов). Как неоднократно указывалось в литературе, именно жители Андаманских островов являются самыми «чистыми» носителями т.н «южно-индийского» предкового компонента ASI (на континенте чистых носителей этого «компонента» не осталось, в том числе и среди популяций дравидов, ведда и мунда). После нескольких экспериментов по эвристическому методу проб и ошибок, я получил более или менее приемлимое разделение индивидов на 2 кластера, а затем вычислил частоты аллелей в каждом из этих кластеров. Любопытно, что в ходе опыта, удалось не только выделить компонент ANI, но и добиться неплохого уровня дискримнации между компонентом ANI, ANE, и благодаря этому, оба компонента могут быть включены в мой следующий этно-популяционный калькулятор.

Надежность компонентов я проверил на собственных данных. В рабочей модели калькулятора K14 удельное распределение этно-генографических компонентов моего генома выглядит следующим образом:

68.75% — европейский мезолитический компонент
13.12% — северо-евразийский компонент ANE
10.23% — европейский неолитический компонент
4% — ANI (северо-индийский предковый компонент)
1.6% — кавказский компонент
1.2% — алтайский компонент
0.2% — сибирский компонент

R Graphics Output

 

 

Публикации и работа с палеогеномами

Как я уже отмечал в своих предыдущих записях, за последние годы был опубликован ряд работ, посвященных попыткам генотипирования останков древних людей — от живших несколько тысячелетий назад до «усть-ишимца» с предположительным возрастом около 45 тысяч лет, неандертальцев и «денисовки». Количество таких расшифровок растет все быстрее, что не может не вызывать оптимизма.  Вторая половина 2014 года особенно примечательна как количеством подобных публикаций, так и числом полных геномных NGS-сиквенсов древних людей, размещенных в публичных репозиториях (банках геномных данных). Так, в сентябре в Nature была опубликована окончательная версия работы Lazaridis et al. 2014  «Ancient human genomes suggest three ancestral populations for present-day Europeans». Работа получила широкое освещение в СМИ, поскольку аналитическая выборка сэмплов в этом исследовании включала значительное количествао заново генотипированных (на чипе Affymetrix HumanOrigin) образцов ДНК из древних палеолитических стоянок Сибири (Афонтова Гора, Малта), представителя древней индейской культуры Кловис и палеоэскимоса Cаккак. В работе был представлен  целый  ряд образцов древней ДНК представителей европейских мезолитических и неолитических культур, опубликованных в более ранних работах 2012-2014 годов: Skoglund et a. 2014 «Genomic Diversity and Admixture Differs for Stone-Age Scandinavian Foragers and Farmers»(шведские земледельцы и охотники собиратели эпохи неолита); Olalde et al. 2014 «Derived immune and ancestral pigmentation alleles in a 7,000-year-old Mesolithic European» (дДНК мезолитического населения Иберийского полуострова) и т.д.

В этой связи необходимо также отметить статью Carpenter et al. 2013 «Pulling out the 1%: whole-genome capture for the targeted enrichment of ancient DNA sequencing libraries»в которой целый авторский коллектив представил результаты исследований древних образцов ДНК найденных в захоронениях бронзового века II тыс. д.н.э (Болгария и Дания).  В следующей работе опубликованной в конце октября, Gamba et al. 2014. «Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory»,  читателям была представлена хронологическая перспектива на процесс изменения генофонда населения популяций живших на территории  Паннонской равнины на протяжении 5000 лет (с эпохи неолита до конца железного века), проиллюстрированная на примере изучения 13 образцов древней ДНК. Параллельно вместе с этим Wellcome Trust Sanger Institute разместил геномные «риды» геномов древних англосаксов и бриттов (сама статья еще находится в процессе пре-публикации, презентация статьи была представлена на последней конференции AJHG).

Более важные публикации появилась совсем недавно. В частности, таковой публикацией является статья Fu et al. 2014 «Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia» о  геноме так называемого «усть-ишимца» (возраст останков которого датируются 45 000 д.н.э) и статья Seguin-Orlando et al. 2014 «Genomic structure in Europeans dating back at least 36,200 years», посвященная обсуждению результатов анализа ДНК знаменитого «папусоида»  с палеолитической стоянки Костенки-14.Тело мужчины, жившего 37 тыс. лет назад и найденное в 1954 г. на юго-западе России, оказалось источником старейшей европейской ДНК. Анализ его генома, опубликованный на прошлой неделе, показывает, что большинство разнообразных европейских генетических комбинаций существуют более 30 тыс.лет и пережили последний ледниковый период. Генетики обнаружили что ДНК Костенки-14 является близкородственным по отношению к раннеевропейским охотникам-собирателям, современным европейцам и жителям Сибири.
В то же время другой древний геном, данные о котором были опубликованы несколько недель назад, принадлежащий сорокапятитысячелетнему западному сибиряку, известному как Усть-Ишим, имел родство как с европейцами, так и с азиатами.  Любопытно, что в этой статье подтверждается то о чем я говорил гораздо раньше: процент неандертальских генов у древних евразийцев был выше чем у современных (о чем я упоминал в одной из своих заметок в этом блоге).

Трудами известного геномного блоггера Феликса Чандракумара большинство из них было переведено в простой и доступный формат, аналогичный файлам raw data от FTDNA и 23andMe. В GEDMatch можно поиграть с этнокалькуляторами и даже попытаться сравнить свой геном с геномами древних людей.Для этого следует взять из таблицы (кот. видна, если пройти по ссылке) номера, которыми обозначены древние геномы.

Sample Name Sample Location GEDMatch Sex Y-DNA Mt-DNA Approx. Age by authors My Analysis or Comments
Altai Neanderthal Denisova Cave, Siberia F999902 Female 50,000 years
Denisova Denisova Cave, Siberia F999903 Female 30,000 years
Palaeo-Eskimo Qeqertarsuaq, Greenland F999906 Male Q1a D2a1 4,000 years Palaeo-Eskimo 2000 BC DNA
Clovis-Anzick-1 Montana, North America F999919 Male Q-Z780 D4h3a 12,500 years Matches Living people.
Mal’ta South-Central Siberia F999914 Male R U 24,000 years Matches Living people on X Chromosome.
La Braña-Arintero León, Spain F999915 Male C-V183 U5b2c1 7,000 years Analyzing La Braña-Arintero Ancient DNA
Motala-12 Östergötland, Sweden F999917 Male I-L460 U2e1 7,000 years My Analysis of Motala-12 ancient DNA
LBK Stuttgart, Germany F999916 Female T2c2 7,500 years Matches Living people
Loschbour  Loschbour, Luxembourg F999918 Male I-L460 U5b1a 8,000 years Matches Living people
Ajvide58 Sweden F999924 Male I-CTS772 U4d 5000 years Ajvide58 DNA Analysis
Gökhem2 Sweden F999934 Female H1c 5000 years Gökhem2 Ancient DNA Analysis
Hinxton-2 Cambridgshire, UK F999921 Female H2a2b1 1300 years Hinxton-2 Analysis
Hinxton-3 Cambridgshire, UK F999922 Female K1a4a1a2b 1300 years Hinxton-3 Analysis
Hinxton-4 Cambridgshire, UK F999925 Male R-DF25 H1ag1 2000 years Hinxton-4 has X-Matches with living people
Hinxton-5 Cambridgshire, UK F999926 Female H2a2a1 1300 years Hinxton5 Ancient DNA Analysis
KO1 Tiszaszőlős-Domaháza, Hungary F999931 Male I-L68 R3 5650-5780 cal BC Analysis of Neolithic KO1 genome
NE1 Polgár-Ferenci-hát, Hungary F999937 Female U5b2c 5070-5310 cal BC NE1 Ancient DNA Analysis
NE5 Kompolt-Kigyósér, Hungary F999927 Male C-F3393 J1c 4990-5210 cal BC Ancient Hungarian Genome NE5 Analysis
NE6 Apc-Berekalja I., Hungary F999932 Male C-P255 K1a3a3 4950-5300 cal BC Analysis of Hungarian genome-NE6
NE7 Apc-Berekalja I., Hungary F999928 Male I-L1228 N1a 4360-4490 cal BC Ancient Hungarian genome — NE7
CO1 Apc-Berekalja I., Hungary F999930 Female H 2700-2900 cal BC Analysis of Copper age genome CO1
BR2 Ludas-Varjú-dűlő, Hungary F999933 Male J-M67 K1a1a 1110-1270 cal  BC Ancient BR2 matches living people
IR1 Ludas-Varjú-dűlő, Hungary F999929 Male N-M231 G2a1 830-980 cal BC Ancient Hungarian genome — IR1
Tyrolean Iceman
(ERP001144)
Tisenjoch Pass, Oetztal Alps Male 5300 years Pending
Ust’-Ishim Ust’-Ishim, Siberia F999935 Male K-M526 R 45,000 years Ust’-Ishim matches with living people!
Kostenki14 European Russia F999936 Male C-V199 U2b 38,700-36,200 years Kostenki14 Ancient DNA Analysis
Sample Name Sample Location Sex Y-DNA Mt-DNA Approx. Age by authors
Mezmaiskaya Neanderthal Mezmaiskaya Cave Female 29,000 years
Tianyuan Tianyuan Cave, China R 40,000 years
Afontova Gora-2 South-Central Siberia Male R1? R 17,000 years
Motala-1 Östergötland, Sweden Female U5a1 7,000 years
Motala-9 Östergötland, Sweden Female U5a2 or U5a1f1a1 7,000 years
Motala-6 Östergötland, Sweden Male U5a2d 7,000 years
Motala-2 Östergötland, Sweden Male F-P139 U5e1 7,000 years
Motala-4 Östergötland, Sweden Female U5a2d 7,000 years
Motala-3 Östergötland, Sweden Male I-M258 U2e1 7,000 years
Hinxton-1 Cambridgshire, UK Male R-L151 K1a1b1b 2000 years
Ajvide53 Sweden Female U4d 5000 years
Ajvide59 Sweden Male I-PF3796 U5b2c1 5000 years
Gökhem7 Sweden Female H 5000 years
Ire8 Sweden Male I-CTS6343 U4d 5000 years
StoraFörvar11 Stora Karlsö, Sweden Male I-CTS4077 U5a1f1a 7500 years
Gökhem4 Sweden Male CF-M3690 H 5000 years
Gökhem5 Sweden Female K1e 5000 years
Ajvide52 Sweden Male HIJK-F929 HV0a 5000 years
Ajvide70 Sweden Female U4d 5000 years
NE4 Polgár-Ferenci-hát, Hungary Female J1c 5050-5290 cal BC
NE3 Garadna, Hungary Female X2b 5010-5210 cal BC
BR1 Kompolt-Kigyósér, Hungary Female K1c1 1980-2190 cal BC
KO2 Berettyóújfalu-Morotva-liget, Hungary Female K1 5570-5710 cal BC
NE2 Debrecen Tócópart Erdõalja, Hungary Female HV 5060-5290 cal BC
V2 Vratitsa, Bulgaria Male U2e1’2’3 1500-1100 BC
M4 Borum Eshøj, Denmark Male B2 1350 BC
K8 Krushare, Bulgaria Male R 450-400 BC
NA43 Laguna de los Condores, Peru Male B4b’d’e 1000-1500 AD
AusAboriginal Western Austalian Male F-M235 O1a 100 years
NA41 Laguna de los Condores, Peru Male L3 1000-1500 AD
P192-1 Svilengrad, Bulgaria Male U3b 800-500 BC
T2G2 Stambolovo, Bulgaria Male H1c9a 850-700 BC
NA42 Laguna de los Condores, Peru Male D1 1000-1500 AD
NA50 Laguna de los Condores, Peru B4b’d’e 1000-1500 AD
NA47 Laguna de los Condores, Peru L3 1000-1500 AD
NA40 Laguna de los Condores, Peru L3 1000-1500 AD
NA39 Laguna de los Condores, Peru Male B2 1000-1500 AD
Feld1 Neanderthal Neander Valley, Germany 42,000 years
Sid1253 Neanderthal El Sidron cave, Asturias, Spain 49,000 years
Vi33.16 Neanderthal Vindija cave, Croatia Female 38,310 years
Vi33.25 Neanderthal Vindija cave, Croatia Female
Vi33.26 Neanderthal Vindija cave, Croatia Female 44,450 years

В своем блоге Феликс размещает аналитические отчеты по каждому из проведенных анализов, отчеты включают графическое отображения «состава различных геномных компонентов происхождения» каждого из образцов в калькуляторах Gedmatch (включая мой последний калькулятор K23b), фенотипические признаки (предположительный цвет кожи и глаз), возраст на момент смерти и т.д.
Пытаясь ответить на вопрос,  насколько  правдоподобны (в смысле реального генеалогического родства) результаты совпадения сегментов древних и современных людей, Феликс приводит замечательные вычисления оценки правдоподобия совпадений в геномах современных людей и древних образцов. К сожалению, рассуждения замечательные, но вызывающие определенные вопросы, которые я озвучу в другой заметке.

Так или иначе, поставленная Феликсом на поток и практически полностью автоматизированная работа с древними геномами заслуживает безусловного признания, поскольку в силу разделения труда позволяет другими исследователям-любителям полностью сконцетрировать свое внимание на процессе непосредственного анализа полученных данных, вместо того чтобы тратить свои ресурсы на процесс извлечения снипов из «сырых» геномных данных. Благодаря этому разделению труда,  Давид Веселовский из проекта Eurogenes провел ряд замечательных экспериментов с этими данными (включая PCA, Treemix и вычисление генного дрейфа с помощью f3). В основном выводы этих экспериментов повторят то, что было написано в статьях профильных генетиков, за исключением одного интересного вывода на основании графа Treemix, в котором отображено направление процессов обмена генами между различными древними популяциями:

«В отношении Kostenki14, графики  Treemix  подтверждают один из основных выводов работы Seguin-Orlando et al. 2014, согласно которой  главны компонент образца  Kostenki-14  является базальным «предковым» компонентом более поздних европейцев (Basal_Eurasian). Тем не менее, два последних графика показывают, что этот базальный «компонент» не тот же самый «базальный» компонент в геноме неолитического образца из Штутгарта, связанного с базальным евразийским  компонентом, который был описан  в работе Lazaridis et al. 2013″.

Другой геномный блоггер, Сергей Козлов, использовал те же самые данные палеогеномов (взятые с сайта Ф. Чандракумара) для создания замечательных карт, иллюстрирующих количество и интенсивность общих IBD-сегментов палеогеномов и геномов современных популяций.

Я решил не оставаться в стороне и провел собственный анализ PCA и кластеризации популяций по значениям компонентов генетического разнообразия.

Ниже приведены иллюстрации к моему опыту кластеризации собственного генома с геномами древних жителей Евразии. В качестве входных данных алгоритма ward-кластеризации в программе R, я использовал собственные значения 4 векторов главных компонентов (PC) разнообразия. Эти векторы, в свою очередь, были получены путем вычислений в большом массиве (2024 образца) генетических данных (примерно 110 тысяч снип-полиморфизмов) представителей современных и древних популяций. Мой геном (обозначенный как Vadim) представляет собой набор, полученныq в ходе импутации по датасету Human Origin значения снипов информативных с точки зрения эволюционного происхождения, и используется в качестве контрольной группы.

Для начала график PCA, и положение палеогеномов на этом графике.

10805810_10205228379818844_2683994891484833194_n

В аналитической выборке я задействовал снипы геномов высших и низших приматов (дендрограмма выборка укоренена на геноме мармозетки), древних гоминидов (денисовского человека и неандертальцев). Остальное — как я и упоминал выше — представляет собой совокупность снипов современных и древних популяций.

Благодаря характеру выборки и характеру используемых снипов, я могу взглянуть на свое происхождение с наиболее широкой перспективы, позволяющей проследить индивидуальный эволюционный путь от древнейших людей до наших современников.
Можно сказать, что я проделал самое далекое (из всех предыдущих) генеалогическое путешествие в собственное прошлое. Разумеется, без предыдущего выделения обработки образцов древнего ДНК новейшими биохимическими методами, а также публикации данных — это путешствие длинной в сотни тысяч лет не могло бы просто состоятся. Так что огромное спасибо всем биохимикам, генетикам и биоинформатиков работавшим с образцами древней ДНК.

Полученные мной кластерные дендрограммы вышли очень большого разрешения. В силу этого, имеет смысл изучить топологию, структуры и расположение популяционных групп-кластеров в полномасштабном варианте, иначе могут возникнуть интересные вопросы.

1557253_10205127321932460_4975988878575720296_o 10801887_10205156832150197_5471832914364777784_n (1) 10801887_10205156832150197_5471832914364777784_n 247121_10205156832710211_7030394711716209950_n 1235004_10205156831950192_4536397005560655073_n 1379610_10205156832350202_753531489446222277_n 10411811_10205156831710186_6596784203743263163_n

Поэтому — я подготовил соответствующие файлы PDF и разместил ссылки на эти файлы для удобного просмотра.

tree1

tree2

tree3

tree4

tree5

tree6

tree7

tree8

tree9

tree10

tree11

tree12

tree13

tree14

tree15

tree16

Здесь их опубликовать не представляется возможным, и по этой причине я ограничу себя размещением тех фрагментов трех вариантов кластерных диаграмм, на которых присутствуют древние образцы.
Забегая вперед, можно заметить, что образцы ДНК древних людей (т.е людей современного анатомического типа — homo sapiens sapiens), строго говоря, разбиваются на три органические суперкластера — древних сибириков (или евразийцев), древних европейских охотников-собирателей, и ранних неолитических европейских земледельцев. В основной своей части состав и топология популяционных кластеров стабилен в разных вариантах, наибольшие видоизменения заметны у тех образцов, чье множество снипов имеет меньшее пересечение с общим набором снипов. Отсюда довольно таки тривиальный вывод: чем меньше общее число снипов — тем больше флуктуаций наблюдается в расположении древних образцов внутри ветвей кластерной дендрограммы.

Кластер древних евразийцев наиболее стабилен (т.к. там всего два древних генома Afontova Gora 2 (AG2) и знаменитый мальчик с сибирской стоянки Malta (MA1); причем оба образца взяты из одного источника данных). Из современных популяций к этому кластеру наиболее органично примыкают различные группы населения центральной Азии — от таджиков до гуджаратов, и от калашей до пуштунов.

Кластер древних охотников-собирателей Европы наиболее неустойчив, и это объясняется прежде всего разным числом снипов в образцах, а также тем что сами образцы взяты из разных исследований. Тем не менее тенденция наглядна — древнейшие европейцы (охотники-собиратели мезолита) наиболее близки по своим аутосомным снипам к жителям современной западной и северной Европы — особенно Британских островов, Скандинавии и Балтийского региона. Практически во всех вариантах прибалтийцы близки к древним жителям Швеции (Готланда), а также мезолитическим образцам La Brana, Motala и Loshbour. Последние также близки к финнам, эстонцам и северным русским. Из более поздних и географически удаленных образцов к ним близки древние образцы из Венгрии неолитического периода, бронозового и железного веков (BR1, NE2 и KO1).

Интересно, что в этот же кластер входят как современные популяции западной Европы (британцы, норвежцы, французы и др.), так и современные жители центральной Европы — чехи хорваты и венгры. Является ли это наследием древних времен (гальштатской общности связываемой с древними кельтами) — трудно сказать. Не этим ли объясняется тот факт, что образцы древних англо-саксов и бриттов (обозначенные здесь как Hixton) иногда кластеризируются с (современными!) венграми, хорватами, иногда с современными англичанами из Кента и корнуэлльцами. При этом некоторые из образцов Hixton остаются близки (в смысле схожести генома) к скандинавам, оркнейцам, шотландцам, и даже литовцам.

Мой собственный «геном» (Vadim) также входит в эту группу, причем в разных вариантах он определенно близок одновременно и древним мезолитическим и эпинеолитическим шведам, а также более поздним образцам из Венгрии (киммерийского мальчика IR1, а также самый «балтийский» из всех древних венгерских обрацов — KO1). Интересно что IR1 («аутосомный геном» «киммерийского » мальчика Y-гаплогрупы N1a из захоронения паннонской культуры бронзового века Mezőcsát примерно 900 год до нашей эры) в первых четырех главных компонентах кластеризируется с моим собственным «аутосомным геномом»). Это наверное объясняет почему мой собственный геном дает хорошие комбинации (fit) к комбинации трапезундских турков и древних жителей Балтийского региона.

Как известно, попгенетики готовят к публикации большую статью, в которой подводятся итоги нескольких лет исследования генофонда представителей древних культуры шнуровой керамики* (известной также как культура боевых топоров) и ямной культуры** (другое название — древнеямная культурно-историческая общность). Безусловно, это исследование обещает пролить свет на некоторые темные места генетических связей жителей этих культур с современным населением Восточной Европы (особенно Польши, Украины, Беларуси и юго-западной части России).

Пока все детали исследования неизвестны, однако благодаря настойчивости некоторых энтузиастов генетической генеалогии (Веселовского и пр.) удалось выяснить, например, что генофонд древние образцы представителей Ямной культуры в рамках формальных тестов (f3 и D-статистик) наилучшим образом аппроксимируются как результат смешения древнего мезолитического населения севера Европы (в работе их представляют карельские образцы, очевидно из известных захоронений Палеострова) и населения, близкого к современным закавказским популяциям (лучший результат дали армяне из Еревана).

Признаюсь, эти сведения приободрили меня. Дело в том, что последние несколько недель я занимался изучением эволюции аутосомного генофонда беларусов (и своего тоже) из недавно опубликованного набора лаборатории Райха (это одна из усеченных версии их знаменитого кураторского набора Human Origin Dataset).
Как и раньше, для анализа я использовал инструменты разработанные программистами той же лаборатории (Admixtools), а также Alder — программу написанную на основе открытого кода Admixtools, и оптимизированную под более детальный анализ процесса смешивания различных предковых групп.

Так вот, до получения сведений о предварительных результатах попгенетиков, я был немного смущен полученной картиной. У меня получилось вот что. С точки зрения формальной оценки (f3-статистки, аналога более известной p-статистки) лучшие пары адмикса для беларусов (с отрицательным значением Z) представляли собой либо комбинацию мезолитического населения Европы (Loshbour) и современного населения современной Анатолии и ближнего Востока, либо комбинацию ‘генов’ неолитических жителей Европы (LBK380, а также современных сардинцев) и современных америндских популяций (происходящих, как нам известно, из восточной Сибири).
Вот начало списка значимых пар:

Mixe Sardinian Vadim -11.811
Sardinian Mixe Vadim -11.811
Karitiana Sardinian Vadim -11.757
Sardinian Karitiana Vadim -11.757
Zapotec Sardinian Vadim -11.638
Sardinian Zapotec Vadim -11.638
Loschbour Georgian_Megrels Vadim -11.599
Georgian_Megrels Loschbour Vadim -11.599
Piapoco Sardinian Vadim -11.482
Sardinian Piapoco Vadim -11.482
Loschbour Turkish_Trabzon  Vadim -11.434
Turkish_Trabzon Loschbour Vadim -11.434
Loschbour Assyrian_WGA Vadim -11.395
Assyrian_WGA Loschbour Vadim -11.395
LBK380 Piapoco Vadim -11.354
Piapoco LBK380 Vadim -11.354
Surui Sardinian Vadim -11.346
Sardinian Surui Vadim -11.346
Loschbour Abkhasian Vadim -11.293
Abkhasian Loschbour Vadim -11.293
Bolivian_LaPaz Sardinian Vadim -11.232
Sardinian Bolivian_LaPaz Vadim -11.232
Loschbour Iranian_Jew Vadim -11.231
Iranian_Jew Loschbour Vadim -11.231

Я выбрал около сотни значимых пар и проверил их достоверность «адмикса) с помощью инструментов D-статистки (qpDstat) в попарном сравнении каждой из значимых комбинаций (начало таблицы):

Vadim Italian_Tuscan : Loschbour Palestinian 0.0293 8.141 best
Vadim Iranian : LBK380 GujaratiC_GIH 0.0245 7.319 best
Vadim Motala12 : Druze Sardinian 0.0125 7.285 best
Vadim Loschbour : Palestinian Albanian 0.0146 7.17 best
Vadim Sardinian : GujaratiC_GIH Iranian 0.0121 7.151 best
Vadim Palestinian : Spanish_Pais_Vasco_IBS GujaratiC_GIH 0.0145 7.126 best
Vadim Egyptian_Comas : Basque_Spanish GujaratiC_GIH 0.0137 7.016 best
Vadim Sardinian : Loschbour Egyptian_Comas 0.0251 6.962 best
Vadim Sardinian : Loschbour Tunisian_Jew 0.0251 6.789 best
Vadim Palestinian : Basque_Spanish GujaratiC_GIH 0.013 6.758 best
Vadim Sardinian : Loschbour Palestinian 0.0237 6.69 best
Vadim Basque_Spanish : Balkar Palestinian 0.0076 6.601 best
Vadim GujaratiC_GIH : Tunisian_Jew Egyptian_Comas 0.0094 6.493 best
Vadim Spanish_Pais_Vasco_IBS : Balkar Palestinian 0.0079 6.458 best
Vadim Loschbour : Druze Italian_WestSicilian 0.0135 6.443 best
Vadim Loschbour : Iranian Albanian 0.0159 6.385 best
Vadim Palestinian : Sardinian Iranian 0.0083 6.344 best

Как видно, лучшая достоверность (обмена генами) у тех пар которые представляют собой комбинацию мезолитических популяций (Loshbour и Motala), популяций Кавказа, южной Европы и центральной Азии.

Это особенно хорошо заметно в тесте f4ratio. Вот например сравнение 2 квадропул, три популяции в каждой из которых идентичны (беларусы, кумыки и Losbour), а четвертая популяция отличается (балкарцы vs. Motala). Результат означает что кроме мезолитического компонента Loshbour (из западной Европы), у беларусов наблюдается эксцесс (28+-0.1%) дополнительного источника мезолитических «генов» (типично для балтийских популяций мезолита вроде Motala)

Vadim Kumyk Loschbour Motala12 : Vadim Kumyk Loschbour Balkar 0.285678 0.096194 2.97

Крайне любопытны и результаты проведенного мной в Alder исследования источников «древного» адмикса у беларусов.
Я выбрал только те пары, в которых амплитуда угасания LD в двух гипотетических популяциях-донорах была сопоставима с амплитудой угасания LD в популяции-реципиенте (т.е у беларусов). Интересно, что только две пары (пенджабцы + Motala) и (иракские евреи + чукчи) дали консистентную попарную подгонку кривой угасания LD с незначительным разбросом амплитуды (15-25%). К слову, комбинация Armenian+Motala-merge (примерно идентичная наиболее устойчивой модели адмикса у жителей ямной культуры) тоже присутствует в списке «успешных» комбинаций, однако кривые угасания LD имеют разную скорость угасания (их амплитуда отличается уже на 55% и поэтому они не консистентны, т.е несовместимы) в попарном режиме сравнения

DATA: success_consistent 0.0042 Belarusian Punjabi_Lahore_PJL Motala_merge 4.49 2.76 2.78 15%
DATA: success_consistent 0.0098 Belarusian Iraqi_Jew Chukchi 4.31 2.2 3.01 25%
DATA: success 0.0065 Belarusian Mongola Motala_merge 4.4 2.64 2.78 28%
DATA: success 0.011 Belarusian Yi Papuan 4.29 2.26 4.66 28%
DATA: success 0.00037 Belarusian Lebanese Papuan 4.98 2.69 4.66 38%
DATA: success 0.041 Belarusian Kusunda Motala_merge 3.98 2.61 2.78 41%
DATA: success 0.013 Belarusian Hezhen Motala_merge 4.25 2.17 2.78 49%
DATA: success 0.037 Belarusian Motala_merge Tu 4.01 2.78 3.13 51%
DATA: success 4.20E-06 Belarusian Kalmyk Motala_merge 5.79 2.36 2.78 54%
DATA: success 0.0086 Belarusian She Motala_merge 4.34 2.58 2.78 54%
DATA: success 0.0019 Belarusian Armenian Motala_merge 4.66 2.14 2.78 55%
DATA: success 0.048 Belarusian Daur Motala_merge 3.94 2.11 2.78 56%
DATA: success 0.0042 Belarusian Motala_merge Miao 4.49 2.78 3.5 59%
DATA: success 0.041 Belarusian Oroqen Motala_merge 3.98 2.28 2.78 59%
DATA: success 0.013 Belarusian Thai Motala_merge 4.25 2.13 2.78 65%
DATA: success 0.043 Belarusian Motala_merge Lahu 3.97 2.78 3.56 71%
DATA: success 0.0049 Belarusian Motala_merge Japanese 4.46 2.78 3.53 72%

Примечательно что для пары Belarusian Armenian Motala_merge  Admixtools датирует смешение 114.67+/-20.5 поколений тому назад. А вот датировка адмикса для двух первых пар (последняя колонка это датировка адмикса
Belarusian Punjabi_Lahore_PJL Motala_merge 4.49 2.76 2.78 15% 142.4+/-27.54
Belarusian Iraqi_Jew Chukchi 4.31 2.2 3.01 25% 43.28+/-9.45 То есь самое позднее 3500 лет до нашего времени.Итак, выводы: в эволюционной перспективе, костяк аутосомного генофонда беларусов составляет субстрат мезолитического генетического компонента Европы, к которому примешиваются два потока — один с юга, с наиболее значимым вливанием во времена неолита (земледельцы из Анатолии и ближнего Востока), другой — видимо более поздний (т.к. он отсутствует у ямников) из Сибири.


*Культура боевых топоров, культура шнуровой керамики (нем. Schnurkeramik) — археологическая культура медного и бронзового веков, распространенная на обширных территориях Центральной и Восточной Европы и датированная 3200 г. до н. э./2300 до н. э. — 2300 г. до н. э./1800 г. до н. э. Племена культуры боевых топоров часто считают первыми индоевропейцами на территории Средней Европы
**Я́мная культу́ра (точнее — Древнея́мная культу́рно-истори́ческая о́бщность) — археологическая культура эпохи позднего медного века — раннего бронзового века (3600—2300 до н. э.). Занимала территорию от Южного Приуралья на востоке до Днестра на западе, от Предкавказья на юге до Среднего Поволжья на севере.В рамках ранней версии курганной гипотезы Марии Гимбутас ямная культура связывалась с поздними протоиндоевропейцами.

 

Кластер древних жителей по своей устойчивости занимает промежуточное место между кластерами древних северных евразийцев и западных европейских охотников-собирателей.
В этот кластер, иерархически близкий популяциям Кавказа и ближнего Востока, предсказуемо входят предстаители самых классических популяции южной Европы — от греков и болгар, до басков и сардинцев. Как уже стало обычным, сардинцы кластеризуются с образцом тирольского человека Этци и женщины из линейноленточной культуры («LBK380»). В большинстве вариантов (2 из трех опубликованных) к этой подгруппе примыкают представители древнейших неолитических культур на территории современной Венгрии — CO1, H4, H3, NE5, NE7). Жители бронзового века (на графике они ошибочно обозначены как Europe оказались посередине между раннеевропейскими охотникам-собирателями и земледельцами.

Добавление к выборке древних геномов «усть-ишимца» и «костенковца» позволило пролить свет на некоторые особенности эволюции популяций центральной и восточной части Евразии. В кластерном анализе (вардовская кластеризация) по 4 первым компонентам PCA усть-ишимец у меня получился в одном кластере с киргизами и кажется селькупами. По первым двум компонентам в том варианте рейховского набора популяций, где нет андаманцев Onge — он попадает в один кластер с австралийскими аборигенами.
Думаю, что onge все же ближе, да к тому же во всех калькуляторах у усть-ишимца максимум «генома» приходится на сочетание южно-индийских и юго-восточноазиатских компонентов.  А вот «костенковец» оказывается ближе всего к чувашам и саамам. Что характерно — в предыдущих вариантах, в которых я не использовал костенковца, место костенковца часто занимал AG-2 (Afontova Gora).  Также заметна разница между кластерными схемами PC1-2 и PC-1-2-3-4.В первом случае костенковец в одном кластере с индусами, а во-втором с с чувашами и саамами. Характерно, что восточноевразийские палеогеномы Тяньюань и Усть-Ишим входят в один кластер (их положение не сильно меняется), а MA1 нет.

Этногеномика беларусов — часть V

Обсуждение результатов и выводы

 

Как отмечалось в введении к нашей статье, главной задачей нашего исследования являлась проверка двух рабочих гипотез, озвученных в предыдущих исследованиях профессиональных попгенетиков. Во-первых, это гипотеза о присутствии трех основных древних компонентов , которая указывает на возможность общего происхождения славян и балтов. Во-вторых, это утверждение о том, что своеобразие аутосомного генофонда беларусов может быть связанно с вкладом балтского субстрата.

После внимательного изучения результатов нашего исследования,можно сказать, что оба из приведенных выше заключений представляют собой крайне упрощеные варианты сложного процесса формирования аутосомного генофонда беларусов. Хотя мы и не можем предоставить окончательных аргументов в пользу или опровержение каждой из этих версий, мы может предоставить более полное и подробное обозрение структуры аутосомного генофонда. В отличие от трех основых компонентов, упомянутых выше, в нашем исследовании мы выделили шесть основных компонентов, типичных для европейцев в целом. Основу генофонда составляет компонент, который мы обозначили как северо-восточно-европейский компонент. Именно этот компонент выделяет беларусов среди других восточных славян, приближая их к современным балтийским популяциям (у литовцев процент компонента составляет 81,9, у латышей — 79,5%, у беларусов -76,4%, у эстонцев — 75,2%). Примечательно, по мере удаления от территории Беларуси на север в с торону Латвии и Эстонии, увеличивается процент северо-европейского генетического компонента (как мы полагаем, этот компонент доминировал в генофонде доисторических жителей Скандинавии в эпоху до распространения финно-угоров и индо-европейцев). С другой стороны, беларусов и других восточных славян отдаляет от балтов и сближает друг к другу более высокий процент так называемого западно-азиатского или кавказского компонента (любопытно, что в этом случае эта закономерность может свидетельствовать в пользу западно-азиатской теории происхождения индо-европейцев).

Далее, как показывает анализ в программе fineStructure, генофонд беларусов характеризируется высокой степенью генетических контактов как с балтами, так и остальными славянами, а также с рядом финно-угорских популяций (например, c эрзя и мокша). О симметричном характере межпопуляционного обмена свидетельствует симметричное расположение популяции беларусов относительно этих трех групп.

Исходяизвышенаписанного,представляетсялогичнымсделатьвыводотом,чтоосновнойкритическийэтапстановленияаутосомногогенофондапришелсянапериодсмешиванияносителейсеверо-восточно-европейскогогенетическогокомпонентасносителямизападно-азиатского(кавказского)генетическогокомпонента,послечегопредковыйаутосомныйгенофондбеларусовприобрелотносительнуюстабильность.Разумеется,даннаямодельнеисключаетпозднейшиеэпизодысмешиванияпопуляций,ноониоставилименьшийследвструктуреаутосомногогенофондабеларусов.Вэтойсвязивозникаеточевидныйвопрос–вкакойименноисторическийпериодпроизошлосмешениеносителейсеверо-восточно-европейскогогенетическогокомпонентасносителямизападно-азиатского(кавказского)генетическогокомпонента,иктобылиихносителями?
В начале сентября 2012 года известная американская лаборатория популяционной генетики доктора Райха опубликовала альфа-версию программного продуктаADMIXTOOOLS1.0. Альфа-версия была разработана для внутреннего использования, поэтому modusoperandiэтого продукта вряд ли является кристально понятным для стороннего пользователя. Положительным аспектом на мой взгляд является то, что ADMIXTOOLSпакет обеспечивает полную совместимость с форматом другой очень популярной программыEIGENSOFT, которая была разработана в той же лаборатории. Это немаловажное обстоятельство намного упрощает процесс обучения в ADMIXTOOLS.

Вышеупомянутый пакет включает в себя 6 приложений, среди которых я считаю наиболее полезнойqp3Popи утилиты для вычисления частотной характеристики аллелей. Впрочем, я не собираюсь обсуждатьqp3popво всех деталях и в контексте данной заметки достаточно отметить, что эта программа реализует тест three_pop(F_3), подробно описанный в известной статье Рейха и соавт. 2009.

Однако другой имплементированный в пакете метод, – метод rolloff– нуждается в более пристальном внимании. Этот метод позволяет производить математическую оценку как времени, так как и уровня адмикса. Оценка производится на основании анализа неравновесия по сцеплению между SNP-ами. Тут необходимо вспомнить стандартное определение неравновесия по сцеплению.Неравновесием по сцеплению (часто используется английская аббревиатураLD) называется неслучайная связь между двумя аллелями, в силу которой определенные комбинации аллелей встречаются наиболее часть. В теории, чем дальше друг от друга находятся SNP-ы ,тем меньше будет уровень LD. Темп угасания снижения LDв адмиксе напрямую связана с числом поколений, прошедших с момента адмикса, так как cвозрастанием числа поколений увлечивается число рекомбинаций произошедших между двумя отдельными SNP-ами. Проще говоря: Rolloffсоответствует экспоненциальной кривой угасания уровня LDот расстояния, и эта скорость экспоненциального снижения как раз и используется для оценки числа поколений, так и уровня адмикса в анализируемой популяии. Учитывая, что одно поколение примерно равно 29 лет, можно преобразовать число поколений в года.

Этот метод открывает интересные перспективы. Для целей этого анализа, я создал специальный набор SNP-данных, который включает в себя около 750 000 cнипов, частично или полностью в 250 различных популяциях человека. Далее, я разбил популяции 3 * 62 000 трио в следующем виде (X, Y, Z), где X и Y – пара рефренсных групп, а Z – белорусы из коллекцииBehar et al.2010. После этого я провел q3Pop анализ этих трио.

Результаты изложены в нижеприведенной таблице

Indian Polish Belarusian -0.000736 0.000251 -2.935
Polish Indian Belarusian -0.000736 0.000251 -2.935
Karitiana Sardinian Belarusian -0.001278 0.000517 -2.471
Sardinian Karitiana Belarusian -0.001278 0.000517 -2.471
Otzi North_Amerind Belarusian -0.002556 0.001126 -2.271
Cirkassian Polish Belarusian -0.000488 0.000231 -2.113
Polish Cirkassian Belarusian -0.000488 0.000231 -2.113
Pima Otzi Belarusian -0.002727 0.00137 -1.99
Pima Sardinian Belarusian -0.000794 0.000431 -1.843
Sardinian Pima Belarusian -0.000794 0.000431 -1.843
Otzi Surui Belarusian -0.002938 0.001931 -1.522
Surui Otzi Belarusian -0.002938 0.001931 -1.522

 

На первый взгляд, результаты нашего эксперимента с 3qPop, кажется, неплохо согласуются с выводами, содержащимися в работеПаттерсон и др. 2012: “Самый поразительный вывод состоит в обнаружени четкого сигнала адмикса в северной Европе, один из элементов которого связан с предками населения наиболее близкого по своей генетике к баскам и жителям Сардинии, а другой – с предками современного населения северо-восточной Азии и Америки. Этот явный сигнал, вероятно, отражает историю смешивания неолитических мигрантов с коренным населением Европы, что подтверждается недавним генетическим анализом древних костей Швеция и секвенированием полного генома Отци Тирольца”. Что касается собственно белорусов, то источники сигнала смешивания с посторонними популяцими менее ясны и расплывчаты. Как было показано ранее, с точки зрения формального анализа примесей (f3 статистики), белорусы могут быть представлены в виде популяционного микса поляков и индусов / черкессов. Первый компонент смеси может быть связан с носителями культуры шнуровой керамики/боевых топоров и культуры колоковидных кубков; второй, в соответствии с результатами, должен быть общим для индусов и черкесов.

 

Белорусы = ((неолитические культуры Европы) + “носители культуры колоковидных кубков”) + (мезолитическое население Европы) + компонент носителей культуры шнуровой керамики)) + скифо-сарматский тип

 

Для оценки дата события базового адмикса в белорусской популяции, мы использовали в качестве референсных популяций поляков и индусов (Примечание: мы снизили порог генетических дистанции в параметрах Rolloff для снижения уровня шума от более поздних адмиксов).

 

rolloff

Как вы можете видеть, сигнал присутствия адмикса обнаруживается гораздо хуже, и в силу этого, погрешности в оценке временного промежутка высоки:

154,158 + -87,024 поколений назад (или, 4470 + -2523 года до настоящего времени / 2510 – +2523 лет до н.э.).

 

Исходя из этого, мы решили модифицировать Rolloff-анализ генофонда белорусов, используя на этот раз в качестве референсов литовцев и пуштунов. Следуя этому совету, я решил предпринять вторую попытку формального анализа адмикса в двух имеющихся у нас выборках беларусов ( выборка беларусов из статьи Behar et al. 2011), и выборка беларусов, собранная в нашем проекте.Ниже приведены результаты эксперимента с двумя этими группам (в отличие результатов нашей предыдущей попытки, результаты данного эксперимента менее “зашумленные”):

rolloff2

 

Интервал числа поколений, прошедших со времен анализируемого адмикса (105.086+-52.59) или 3069 +- 1525 лет до настоящего времени, что соответствует временном интервалу 2 тыс. до нашей эры – 6 век нашей эры. Принимая во внимание эти выводы, мы можем предположить, что основной аутосомный эпизод смешивания предковых популяций беларусов произошел в течении довольно таки продолжительного времени, охватывающего несколько тысяч лет. В этой связи, вопрос о том, кто именно был носителями северо-восточно-европейскогогенетическогокомпонентасносителямизападно-азиатского(кавказского)генетическогокомпонента, остается открытым.

Этногеномика беларусов — часть IV

Анализ структуры аутосомного генофонда популяции беларусов: результаты анализа этнического адмикса.

 

После проведения анализа этно-популяционного адмикса мы получили следущие результаты, обсуждению которых будет посвящена следущая часть нашего исследования. Результаты представляют собой разбивку аллельных частот на 22 кластера, каждый из которых представляет собой гипотетическую предковую популяцию. Поскольку в цели данного небольшого исследования не входит подробный анализ всех популяций, мы ограничимся сравнительном анализом структуры (компонентов) беларусов c географически близкими популяциями, а также с теми популяциями, которые могли входить в исторические контакты с предками современных беларусов:

admix

 

Рисунок 3. Результатыанализа ADMIXTUREK=22

У рассматриваемых здесь европейских популяций наиболее часто представлены следующие компоненты:

North-East-European,Atlantic_Mediterranean_Neolithic,North-European-Mesolithic, West-Asian, Samoedic, Near_East.

Разберем вкратце каждый из них. В ракурсе нашего исследования самым важным компонентом представляется – северо-восточно-европейский компонент North-East-European, он присутствует почти у всех европейцов, и в самой значительной степени — у балтов и славян: литовцы (81,9), латыши (79,5), беларусы (76,4), эстонцы (75,2), поляки (70,2), русские (67- 70,4), украинцы (62,1- 67,1), сорбы (65,9), карелы (60,2), вепсы (62,5), чехи (57,4), северные немцы (54,6), южные- 42,6, у британцев от 46 до 49, норвежцы- 48,1, шведы- (53,7).

Второй по значимости компонент — Atlantic_Mediterranean_Neolithic (юго-западно-европейский или просто западно-европейский неолитический компонент).[1]У восточноевропейцев он выражен в умеренной степени- чехи (27,8), поляки (18,4), украинцы ( от 17 до 21%), беларусы (13%), русские (от 11 у северных до 17,3 у южных), у коми (8,9 %), манси (8,8 %).

Третьй компонент – северо-европейский мезолитический компонент -North-European-Mesolithic[2]: cаамы (76,4 %), финны (от 30,1 до 37,3 %), вепсы (24,1), карелы (23,2), ижорцы (22, 7). Заметен этот компонент и у северных русских (10,5 %), норвежцев (9,8 %), шведов (7,8 %), эстонцев (7,1 %). У беларусов он практически отсутствует (1.1%).

Четвертый компонент – западно-азиатский (кавказский) West Asian[3]. На интересуемой нас территории этот компонент чаще встречается у казанских татар (9,9 %), южных немцев (8,4), украинцев (от 6,6 до 7,7 %), южных русских (6,2%). На западе высок процент у итальянцев (21,5 % у центральных итальянцев), французов (6,7 %), у беларусов (2.2%).

Пятый компонент — уральский Samoedic. Значительно присутствует у селькупов (68,1%), хантов (64,6), ненцы (37,1), манси (30,9 %-), удмурты (29,6), марийцы (27, 8), шорцы (22,0 %), башкиры (21,7%), чуваши и хакассы по 17,6 %, коми- 16,4 %, казанских татар (11,9 %). У западноевропейцев этот компонент практически не встречается, у русских (от 1,0% у центральных до 4,7 % у северных), у карел (1,6%), словаков (1,4%), западных украинцев (1,7 %), беларусы (0.5%).

Шестой компонент – ближневосточный Near_East[4]У южных немцев (3,5), украинцы (от 2,3 у восточных до 3,8 % у западных), чехи (3,0), беларусы (3,4), словаки (3,2), у русских от 1,0 до 1,5%, у литовцев- 1,4%, у поляков- 1,3 %.

[1]Больше всего у сардинцев (68,1 %), басков (59,2 %), иберийцев (48,8), корсиканцев (47,8), португальцев (46,6), северных итальянцев (44,3), французов (43,5 %). Данный компонент достаточно выражен у всех западноевропейцев- более 30 %

[1]Название связано с тем, что этот компонент достигает значительных частот в древней ДНК жителей мезолитической Иберии, неолитических жителей Швеции и современном ДНК жителей Фенноскандии

[1]Наибольший процент на Западном Кавказе- абхазы (64, 9%), имеретинцы (63,7), лазы (56,6), аварцы (56,8), лезгины (55,4).

[1]Евреи Йемена (60,9 %), Сауд. аравия (59,5), бедуины (56,7), евреи Эфиопии (52,5), египтяне (43,8).В Европе oтносительно много у итальянцев (центр- 17,4), португальцев (11,9).

 

Анализ разделяемых аутосомных сегментов между популяциями Северо-Восточной Европы.

С целью верификации результатов анализа главных компонентов генетического разнообразия я подготовил новую выборку популяций, которая включает в себя ряд референсных евразийских популяций и анализируемую группу участников моего проекта MDLP. В совокупности, выборка включала в себя 900 индивидов, каждый из которых был типирован по 350 000 снипам.В ходе нового экспериментального теста в ходе статистической обработки общих по генетическому происхождению сегментов хромосом в составе выборки было выделенно 15 групп кластеров генетически близких популяций Как нам представляется, ключевым моментом для понимания принципов этого анализа, а также результатов, является понятие эффективной популяции или эффективный размер (Ne) популяции, т.е размера той популяции которая участвовала в репродукции или обмене генами в некоем отдаленном временном промежутке. Собственно говоря, эффективная популяция – это даже не число уникальных предков, а математическая абстракция разброса гамет, размер которого оценивается исходя из разброса числа гамет относительного к гамет, передаваемых родителям репродуктивного возраста следующему поколению. Он отличается от репродуктивоного объема Nr в той мере, в какой существует неравный вклад лиц родительского поколения в генофонд следующего поколения. Это создает разброс значений числа гамет к, того родителя относительно числа гамет к, передаваемых родителям следующему поколению (Wright, 1931, Li Ch. Ch., 1955). Новая программа Chromopainter позволяет оценить этот размер, исходя из числа наблюдаемых рекомбинаторных гаплотипов и значений LD. Когда я производил оценку этого размера, то для каждой из 22 неполовых хромосом он получился разный, однако среднеарифметическое значение составило 22 000. Это близко к значениям Neрекомендованным к использованию профессионалами (например, авторами программы IMPUTE V2). Как видно из приведенных ниже результатов, даже 22 000 для совокупности эффективного размера элементарных популяций – это более, чем достаточно.

 

finest

Рисунок 4. Расположение популяций в пространстве 1 и 3 главных генетических компонентов

 

Изложим ниже некоторые закономерности размещения популяци

 

  1. Финны оказались ближе к русским и поволжским финно-угорам (эрзя и мокша)
  2. Все литовцы (участники проекта + референсы из вышеупомянутой статьи Бехара) и часть референсных белорусов образовали отдельный кластер, тесно примыкающий к кластеру белорусов, поляков, украинцев

  3. Следущим кластером является центрально-европейский кластер, представленный главным образом венграми, хорватами, а также частью немцев.

  4. Ниже находится балканский кластер (румыны, болгары и часть венгров).

  5. К этому кластеру примыкают турки и часть армян

  6. В центре плота находятся западноевропейцы из моего проекта (французы, немцы, бельгийцы и жители британских островов).

  7. Выше находятся два оркнейских кластера, в которых находится и часть скандинавских сэмплов.

  8. Еще левее находится кластер образованный референсными северо-итальянцами и тосканцами.

  9. Ниже находятся армяне и слево итало-иберийский кластер (часть итальянцев и испанцы).

  10. Левее этой группы популяций находится кластер ашкеназов.

  11. Наконец, самый крайний слева кластер представлен изолированной популяцией сардинцев.

  12. Ниже итало-иберийского и армянского кластеров расположен целый ряд кавказский кластеров. Это прежде всего адыгейцы и абхазцы, затем северные осетины.

  13. Вышеназванные кластеры частично перекрывают кластер ногайцев (что свидетельствует о наличии генетического обмена между северокавказскими популяциями и ногайцами)

  14. Кластер ногайцев плавно переходит в кластер узбеков, который в свою очередь примыкает к изолированному кластеру чувашей

  15. Наконец самым изолированным кластером является кластер французских басков (в нижнем левом углу плота).[5]

 

[1]Больше всего у сардинцев (68,1 %), басков (59,2 %), иберийцев (48,8), корсиканцев (47,8), португальцев (46,6), северных итальянцев (44,3), французов (43,5 %). Данный компонент достаточно выражен у всех западноевропейцев- более 30 %

[2]Название связано с тем, что этот компонент достигает значительных частот в древней ДНК жителей мезолитической Иберии, неолитических жителей Швеции и современном ДНК жителей Фенноскандии

[3]Наибольший процент на Западном Кавказе- абхазы (64, 9%), имеретинцы (63,7), лазы (56,6), аварцы (56,8), лезгины (55,4).

[4]Евреи Йемена (60,9 %), Сауд. аравия (59,5), бедуины (56,7), евреи Эфиопии (52,5), египтяне (43,8).В Европе oтносительно много у итальянцев (центр- 17,4), португальцев (11,9).

 

[5]Такое поведение на плоте объясняется только изолированным положением популяции и небольшим числом эффективной популяции.То есть все эти баски являются многократными родственниками между собой т.е., положение басков на графике есть следствие классического генного дрейфа, который можно наблюдать на карте.На самом деле положение басков на данном плоте не может ни подтвердить, ни опровергнуть гипотезу о континуитете баскской популяции , т.к PCA-координаты (eigenvalues и eigenvectors) вычислялись в Chromopainter исходя из количества sharedDNAchunks между популяциями-донорами и популяциями-рецепиентами.То есть баски изоляты в том смысле, что уровень обмена ДНК между ними и другими популяцими ничтожен.

Исходя из этого можно сделать вывод о том что баски эта экстремально-эндогенная популяция изолянтов, при этом генетическое разнообразие басков низко, т.к. размер эффективной популяции басков низок.

Интернет-симпозиум по результатам анализа генофонда беларусов

Vyacheslav Malinowsky: Вадим, а колоколовидные кубки каким образом касаются Белоруссии? С североевропейским компонентом ИМХО все проще, не обязательно сюда скифов подтягивать — по окончании Последнего Ледникового максимума откуда-то из Центральной Азии потянулись группы мигрантов заселять Восточную Европу, там соответственно был встречные движения с запада. Во всяком случае это видно по присутствию азиатских мито в Восточной Европе, например С с большой частотой в дДНК Днепро-Донецкой культуры, игреки это наверное R1a, Q, может еще кто. Другое направление миграций из Центральной Азии было на северо-восток и далее в Америку. Что до черкесов, то опять же ИМХО там не так все просто. Во всяком случае культура западнокавказских дольменов, территорию которой и занимали зафиксированные позже адыгские племена, имеет какие-то аналогии с предшествующими культурами Кавказа, но именно что какие-то — гораздо ближе ей мегалитические культуры Средиземноморья. Наиболее территориально близкие аналоги в Болгарии и Румынии. Если здесь еще вспомнить частоту G2a3 у адыгов и результаты дДНК неолита, где преобладает все та же гаплогруппа, то наверное этих «черкесов» не с сибиряками сближать, а скорее с Отци.

Вячеслав Носевич: Важное уточнение: скифо-сарматы никак не могут считаться «последней предковой популяцией современных потомков алан и современных индейцев». Арийские предки индийцев уже гоняли дравидов по Индостану примерно за 500 лет до того, как сформировалась собственно скифская культура. Последняя предковая популяция тех и других — это, скорее всего, кто-то из оставивших памятники типа Синташты (строители Аркаима), потаповского, новокумакского типа и пр. в бассейне Урала/Яика — то, из чего вскоре вырастут срубная (предки индусов) и андроновская (предки скифо-алан) общности. По времени — это примерно 4000 — 3800 лет назад. Эта линия действительно могла дать адмикс с предками белорусов примерно 2200 лет назад, при формировании зарубинецкой культуры. Еще ранее (примерно 2600 лет назад) археологически фиксируются контакты скифов с лужицкой культурой, но тут вряд ли стоит говорить о полноценном адмиксе современных индейцев». Арийские предки индийцев уже гоняли дравидов по Индостану примерно за 500 лет до того, как сформировалась собственно скифская культура. Последняя предковая популяция тех и других — это, скорее всего, кто-то из оставивших памятники типа Синташты (строители Аркаима), потаповского, новокумакского типа и пр. в бассейне Урала/Яика — то, из чего вскоре вырастут срубная (предки индусов) и андроновская (предки скифо-алан) общности. По времени — это примерно 4000 — 3800 лет назад. Эта линия действительно могла дать адмикс с предками белорусов примерно 2200 лет назад, при формировании зарубинецкой культуры. Еще ранее (примерно 2600 лет назад) археологически фиксируются контакты скифов с лужицкой культурой, но тут вряд ли стоит говорить о полноценном адмиксе.

  • Alaksiej Dziermant Белорусы = ((неолитические культуры Европы) + “носители культуры колоковидных кубков”) + (мезолитическое население Европы) + компонент носителей культуры шнуровой керамики)) + скифо-сарматский тип. — какой-то слишком крутой микс, к тому явно элементы дублируют один одного. А еще ничего не сказано о пропорциях. Мезолитический компонент является преобладающим.
  • Вячеслав Носевич С поляками все еще сложнее. Славянский компонент их генофонда представляется скорее дочерним, чем предковым по отношению к белорусскому (южные белорусы и северные украинцы — более «чистые» славяне, чем поляки). Второй компонент польского генофонда — в основном германский. Из приведенной таблицы не видно, что дали сопоставления шведы-индийцы-белорусы и датчане-индийцы-белорусы (если такие сопоставления делались). Если там пусто, то поляки как таковые тут вообще ни при чем.
  • Вячеслав Носевич Алексей, Вадим наверняка знает те материалы, по которым строились эти карты. Он пытается идти дальше. Проблема как всегда в том, что исторические интерпретации пытаются предлагать кто угодно, кроме историков (в данном случае — тех, кто хорошо знает археологические реалии).
  • Alaksiej Dziermant Понятно, честно говоря, иногда интерпретации слишком режут глаз.See Translation
  • Alaksiej Dziermant Кстати, когда ждать Ваших интерпретаций?
  • Вячеслав Носевич Моя статья с интерпретациями Y-хромосомных маркеров белорусов отдана в альманах, который издает Игорь Марзалюк. Когда он заказывал, говорил, что надеется издать «к Колядам». Думаю, что скоро — он сейчас сенатор, у него возможности есть.
  • Alaksiej Dziermant Ясно. Ну что ж будем ждать. Надеюсь, будет о чём подискутировать как в Вами, так и с Игорем Марзалюком.
  • Viktar Korbut

    Усе гэтыя гульні розуму і храмасом — не больш як навуковая фантастыка.)
  • Aleksandr Shtrunov Дакладна, храмасом не існуе, выдумка гэта ўсё.
  • Vadim Verenich Всем спасибо за комментарии.
    Отвечу на некоторые замечания:
    1) По поводу скифо-сарматов как последних общих предков черкесов и индусов — я подразумевал что в Индию в свое время переселилось немало саков-шакьев, которых считают потомками скифо-сарматов.
    2) В этом анализе поляки выглядят как более чистая (близкая к референсной) популяция. Вопрос о соответствии наблюдаемой картине существующему историко-археологическому знанию, требует отдельного изучения.
  • Vadim Verenich 3) Носители KKK (Beaker Bell Culture) напрямую не связаны с территоррией Беларуси. Тем не менее все исследования аутосомоного генофонда (как по снипчипам, так и отдельным маркерам) показывают очень значимый генетический крен беларусов в сторону Западной Европы, хотя разумеются остаются в восточнославянском кластере. Из восточных славян бОльший крен наблюдается у некоторых западных украинцев из Львов, но там видимо совсем недавний адмикс от немецких колонистов из Трансильвании
  • Vadim Verenich В эксперименте с поляками мною было показано, что определяющее смешение их предковых популяций произошло в период унетицкой и начальной фазы лужицкой культур. Унетицкая культура сложилась на основе ККК, распространение которой согласно консенсусному мнению исследователей, коррелирует с распространением Hg R1b
  • Vadim Verenich 5) Безусловно, мезолитический североевропейский компонент является существенным у беларусов. Но его доля гораздо меньше чему у финнов и прибалтийцев.
  • Alaksiej Dziermant Честно говоря, я бы начинал с самой методики, где, как мне кажется, есть существенные погрешности. Под методикой имею ввиду прямое соотнесение генетических данных с конкретными арх. культурами и этносами. Вот неплохое критическое замечание по этому поводу: http://rasology.livejournal.com/1174.htmlSee Translation
  • Vadim Verenich Нет проблем. Тогда следуя Вашей логике следует вообще отказаться от любой атрибуции. Например, обозначить, что беларусы представляют собой «cмесь» компонентов K1+K2+K5 … и так далее. Но, как Вы понимаете, это неинтересно. Это то же самое, как если бы мы выковыривали ягоды из десертного пирога.
  • Alaksiej Dziermant Можно и так. Поскольку пока определить происходит ли точно тот или иной компонент от той или иной арх. культуры ввиду очень ограниченного материала, оставшегося от этих культур весьма проблематично. Ну а догадки и предположения, в том числе фантастические и мало обоснованные всегда будут более привлекательными.
  • Vadim Verenich Тем не менее анализ генома Отци Тирольца, и останков носителей шведских неолитических культур показал убедительность такого подхода
  • Alaksiej Dziermant Остатки НЕСКОЛЬКИХ человек не могут свидетельствовать о всем населении территории, они могут свидетельствовать лишь о том, что среди какой-то части этого населения были носители определенных гаплогрупп, но о пропорциях этих носителей они ничего не скажут, для этого надо иметь статистически достоверную выборку, а не единичные находки. Кроме того, все это надо сверять еще и с антропологией, скажем, краниология шнуровиков и местных мезолитчиков в Восточной Европе говорит о том, что это родственное население.
  • Вячеслав Носевич «в Индию в свое время переселилось немало саков-шакьев, которых считают потомками скифо-сарматов». Немало — это сколько? 50 тысяч на тогдашние 50 млн. жителей Индостана? Не думаю, что современные методы способны различить такую примесь. Генофонд индусов уже в античное время — это такая махина, которую последующие миграции поколебали столь мало, что на уровне рабочей гипотезы ими стоит пренебречь.
  • Вячеслав Носевич «определяющее смешение их предковых популяций произошло в период унетицкой и начальной фазы лужицкой культур». Прежде чем наделить такое утверждение методологически строгим смыслом, нужно показать, что предки современных поляков имеют какое-то отношение к упомянутым культурам. Сие вероятно, но отнюдь не доказано. А вообще с «чистотой» поляков вы, Вадим, похоже, действительно нащупали интересную проблему. Не исключено, что тут вылезло утраченное восточногерманское «колено» — наследие вандалов и готов, которое по Y-снипам маркируется сверхвысокой пропорцией R1a-M458.
  • Вячеслав Носевич Алексею: «По гаплогруппам можно судить — статистически (!!! это важно — именно статистически, т.е. с неизбежными погрешностями, но все же можно) о разнице, несходстве в происхождении тех или иных больших этнолингвистических массивов и степени близости их контактов». Вадим, в отличие от печально знаменитого Клёсова, именно и пытается оценивать статистически степень смешения популяций, причем не только по Y-хромосоме, но прежде всего по аутосомным маркерам — тем самым, которые «перемешаны без практической возможности различия». Он — приверженец того подхода, что практическая возможность различения есть. В этом я с ним целиком согласен, но он, по-моему, слегка недооценивает сложности интерпретации.
  • Alaksiej Dziermant Для современного населения — да, это может быть статистически достоверно, а вот для древнего — весьма сомнительно.
  • Вячеслав Носевич Так ведь речь и идет о современном населении! Все остальное — это именно интерпретации.
  • Alaksiej Dziermant Да, но тогда подобные попытки связать современное население через генетику с арх. культурами и тем более древними этносами делать просто преждевременно.
  • Вячеслав Носевич Дык хочацца ж.
  • Вячеслав Носевич А если серьезно — то при грамотном подходе можно и нужно.
  • Vyacheslav Malinowsky «…показывают очень значимый генетический крен беларусов в сторону Западной Европы, хотя разумеются остаются в восточнославянском кластере.» Вадим, так ведь Западная Украина и частично Белоруссия это территории, где долгое время входили в ареал преимущественно германских Зарубинецкой и Черняховской культур.
  • Vyacheslav Malinowsky «Вячеслав Носевич . Не исключено, что тут вылезло утраченное восточногерманское «колено» — наследие вандалов и готов, которое по Y-снипам маркируется сверхвысокой пропорцией R1a-M458.» Абсолютно согласен — с самого начала когда R1a-M458 почему-то объявили чисто славянской не мог с этим согласиться. Стоит посмотреть на ареал этой клады и ареал Пшеворской культуры и что называется попробовать найти разницу.
  • Vyacheslav Malinowsky «Аляксей Дзермант Да, но тогда подобные попытки связать современное население через генетику с арх. культурами и тем более древними этносами делать просто преждевременно.» )) А делать то же самое, но без генетики это своевременно?
  • Vadim Verenich Насчет соотношения генофонда древних популяций и современных популяций — это весьма насущный вопрос. Вы не первый, которому в светлую голову пришла сия мысль. Ведь совершенно очевидно, что популяции эволюционируют, смешиваются и генофонд эволюционирует. В популяционной генетике существуют немало математических и теоретических наработок по этой проблеме. Наиболее перспективные — в работах уже упоминавшихся докторов Паттерсона, Райха. Здесь нет смысла подробно описывать эти модели и методы — достаточно упомянуть то, что алгоритмы Alder позволяют достаточно точно оценить степеь схожести предпологаемой референсной популяции к ИСТИННОЙ популяции адмикса.
  • Vadim Verenich Насчет поляков — в Admixtools наиболее вероятным раскладом их адмикса является микс латышей и северных-итальянцев.
    Cм. cообщение в моем блоге MDLP

    «To estimate the admixture date in Polish population, i used as reference populations Latvian and North-Italian.The admixture date is 119.670+-37.145 generations ago, which corresponds to 3470 +-1077 years before present, or 1510 +- 1077 AD. The upper limits of our dating for the admixture event seem to overlap with the timescale of Unetice culture. The Bronze Age in Poland, as well as elsewhere in central Europe, begins with the innovative Unetice culture, in existence in Silesia and a part of Greater Poland during the first period of this era, that is from before 2200 to 1600 BC. This settled agricultural society’s origins consisted of the conservative traditions inherited from the Corded Ware populations and dynamic elements of the Bell-Beaker people. Significantly, the Unetice people cultivated contacts with the highly developed cultures of the Carpathian Basin, through whom they had trade links with the cultures of early Greece. Their culture also echoed inspiring influence coming all the way from the most highly developed at that time civilizations of the Middle East.»

    http://3.bp.blogspot.com/-WEBv5YFfLZg/UHsnT0vexmI/AAAAAAAAD-Q/30RDUFAgY3o/s1600/polish-expfit.gif

  • Vadim Verenich Alaksiej Dziermant
    Вот Вам карты сделанные по частотам компонентов, обнаруженных в моем проекте:
    http://magnusducatus.blogspot.com/2012/09/the-component-maps-of-mdlp-world22.html

  • Vadim Verenich Аляксей Дзермант Cпециально для Вас сегодня опубликую вторую часть заметки, в которой в качестве референса будет использоваться комбинация Lithuanians+Pathans
  • Vadim Verenich Аляксей Дзермант Вот Вам и процентные данные

  • Vadim Verenich Вячеслав Носевич » Из приведенной таблицы не видно, что дали сопоставления шведы-индийцы-белорусы и датчане-индийцы-белорусы (если такие сопоставления делались). «
    Делались, но Z-score был положительный, что свидетельствует об отсутствии сигнала
  • Вячеслав Носевич Вадим, мне кажется, что высказанное мной ранее опасение насчет rolloff остается в силе. Предположение об ОДНОКРАТНОМ миксте в большинстве случаев неверно. Для поляков адмикст латышей и северных итальянцев — это, допустим, шнуровики (тшцинецкая культура) + лужицкие венеты. Действительно было такое взаимодействие. Но родственники лужицкого компонента — это еще и весь восточный гальштат, поглощенный фракийцами. Славянские предки поляков прошлись по нему в 6-8 вв., а германские — еще раньше, в эпоху миграций бастарнов и готов. Все смешивались со всеми по несколько раз. И вот смесь этого всего (в которой «чист» только вандало-готский компонент, который сам по себе скандинаво-ютландо-лужицкий адмикст!) взаимодействует с поднепровскими скифами-борисфенитами (раз!), потом с алано-сарматами (два!). Вы уверены, что алгоритм rolloff в такой ситуации адекватен?
  • Vadim Verenich Разумеется нет
  • Vadim Verenich Но это лучшее что мы сейчас имеем
  • Vadim Verenich Надеюсь биоинформатики улучшат алгоритм
  • Wladzislaw Viarowkin-Šeliuta Вадим, проправь вот эту фразу: «В теории, чем дальше друг от друга находся SNP-ы получить дальше друг от друга,тем меньше будет уровень LD.»
  • Vadim Verenich Сделал
  • Wladzislaw Viarowkin-Šeliuta > Вячеслав Носевич. «сверхвысокой пропорцией R1a-M458.» Любопытно, что у беларусов пока только L1029, а L260 нет. А у поляков достаточно людей из обеих линий.
  • Wladzislaw Viarowkin-Šeliuta А что сделал? Там несогласование слов в предложении. Или это у провайдера по страшному кэшируется содержание.
  • Vadim Verenich Попробуй снова посмотреть
  • Вячеслав Носевич Владиславу: «у беларусов пока только L1029, а L260 нет. А у поляков достаточно людей из обеих линий.» Пока протестировано так мало народу, что в дальнейшем может оказаться что угодно. Но про L260 у меня есть сильное подозрение, что эту мутацию занесли на южный берег Балтики как раз готы. В YHRD есть три 17-маркерных гаплотипа южных шведов, подозрительно похожих на модальный для L260. Если подтвердится, что там есть эта мутация, в околонаучных кругах будет большой шум.
  • Wladzislaw Viarowkin-Šeliuta Действительно мало, но соотношение 6:0 при случайной выборке любопытно. Не может ли быть L1029 маркёром радимичей?
  • Alaksiej Dziermant Спасибо за карты. Интересно происхождение северо-восточной европейской составляющей.
  • Vadim Verenich Это загадка
  • Vadim Verenich Я лично связываю этот компонент с КШК
  • Alaksiej Dziermant Вполне может быть, а у вас еще есть карты з этим компонентом? И интересно было сравнить с прибалтами, немцами, скандинавами
  • Vadim Verenich Еще я хотел спросить — можно ли опубликовать результаты исследований в Вашем журнале
  • Alaksiej Dziermant Спасибо. В ЖЖ? Да, конечно, сегодня-завтра сделаю.See Translation
  • Vadim Verenich Нет я имел ввиду журнал Крывия
  • Alaksiej Dziermant Ааа, ну, в общем да, только надо будет подождать, когда будем эту тему снова поднимать, наверное, это будет не так скоро, но карта в любом случае пригодиться. Кстати, насколько я вижу максимум этой компоненты — Беларусь и Прибалтика?
  • Alaksiej Dziermant С Вашего разрешения, в ЖЖ я все-таки тоже утащю)
  • Vadim Verenich Польша тоже
  • Vadim Verenich Да нет проблем.
  • Alaksiej Dziermant А о хронологии ничего не можете сказать, время образования этой компоненты?
  • Vadim Verenich Эта карта построена по данным аллелльных частот в трех кластерах (программа Admixture). К сожалению, она не позволяет датировать события адмикса. Но если спроецировать мои подсчеты по полякам, белорусам и литовцам в других программах, то я думаю, что это примерно последний этап КШК
  • Alaksiej Dziermant Да и карта во многом совпадает с археологической.
  • Vadim Verenich Там конечно же есть определенные нюансы, но как видно включение в анализируемую выборку днк из древних костей cущественно изменили карту
  • Vadim Verenich в сторону схожести с консенсусными картами археологов
  • Alaksiej Dziermant Интересен этот «белорусско-польско-прибалтийский» пик компоненты. Сразу вспоминается теория Д. Крайнова и Р. Денисовой о происхождении шнуровиков с территории между Вислой и Днепром.
  • Vadim Verenich Пик вовсе не означает что они целиком произошли в этом регионе. Скорее всего они сложились на основе местного мезолитического и возможно неолитического субстрата плюс пришлый элемент, корни которого в центральной Азии.
  • Alaksiej Dziermant Про преемственность местного мезолитического, неолитического населения и шнуровиков тоже, кстати, часто говорят.
  • Vadim Verenich Да, но по частотам аллелей наиболее тру-шными наследниками мезолитического населения Европы являются саамы, и северные финны.

    http://goo.gl/HVlXs

    verenich.wordpress.com

    Саамская проблема в свете лингвистики, генетики и археологии: круглый стол-обcуж…See More
  • Alaksiej Dziermant Тут, следует уточнить, что мы понимаем под местным мезолитическим населением. Я в данном случае говорю с точки зрения антропологии. Антропологическая преемственность между мезолитчиками и шуровиками в нашем регионе есть, а вот насчет отношения к ним саамов сомневаюсь. Мезолитическое население ведь тоже не было однородным.
  • Vadim Verenich Это понятно.
    На самом деле, мои рассуждения основаны на целом ряде факторов. Конспекты этих рассуждений есть на английском языке, если хотите могу дать ссылку
  • Vadim Verenich Как-нибудь переведу на русский
  • Alaksiej Dziermant Давайте, почитаю.
  • Vadim Verenich http://goo.gl/qZk9r

    www.forumbiodiversity.com

    Forum dedicated to anthropology, biodiversity, population genetics, culture, history, linguistics, race and science
  • Vadim Verenich Cоветую дочитать до самого конца
  • Vadim Verenich Тогда будет видна моя развернутая аргументация
  • Alaksiej Dziermant Хорошо, почитаю.
  • Вячеслав Носевич Я до конца не дочитал — осилил экранов 15. Но не думаю, что оставшееся сильно повлияло бы на общее впечатление. Метод работает и несомненно ловит какую-то объективную реальность. Я бы ее проинтерпретировал так: «саамский» компонент вычислен верно, только объявление его «палеоевропейским» — несколько поспешно. Скорее он «палеоазиатский». Корни его — в камском мезолите, имеющем зауральское происхождение. «Двоюродными братьями» этой популяции являются те, кто оставил Оленеостровский могильник. Но распространение по северу Европы именно этого компонента связано с эпохой неолита — к нему так или иначе причастны льяловская, волосовская культуры, ямочно-гребенчатая, ромбоямочная, пористая, асбестовая керамика и пр. Чуть позже 6 тыс. лет назад эта же волна проникла в Скандинавию, и оба исследованных Ajv — как раз ее представители. Местные палеоевропейцы (культуры нёствет — лихульт) к этому времени толи сами загнулись, толи мигранты помогли. Саамы — потомки этой же волны. А уральские языки в Европу принесла вторая волна миграции, в бронзовом веке (носители турбинско-сейминских бронз). Самое забавное, что обе волны, по-видимому, принадлежали к одной Y-гаплогруппе — N1.
  • Vadim Verenich Надо читать до конца — там самое вкусное.
  • Вячеслав Носевич А второй компонент, определенный как «КШК-индоевропейцы» — это в основе своей как раз подлинные палеоевропейцы, носители «кроманьонского» антропологического типа. В мезолите они связаны с культурным комплексом маглемозе — одеслое — хойнице-пеньков — яниславице — рудоостровская культура. В неолите их потомки в той или иной степени — культуры эртебёлле, нёманская, дубичай, струмеле, волынская, киево-черкасская и восточнополесская (три последние относят к днепро-донецкой общности, с ней связан «кроманьонский клин» в неолите Украины, о котором писали антропологи). Почти одновременно с расселением на севере ямочно-гребенчатых племен с юго-запада их сильно прижали носители земледельческого неолита: лендьель (иордансмюль), воронковилные кубки, трипольцы и пр. — носители ближневосточного компонента. В южной Швеции они сомкнулись с «протосаамами», но в бассейнах Нёмана и Припяти осталась небольшая «прослойка», которая продержалась тысячу лет, до начала формирования культур шнуровой керамики (здесь конкретно — среднеднепровской) примрно 5 тыс. лет назад. Пока рано говорить, была ли у них гаплогруппа R1a изначально, или она проникла с юга именно в это время (второе мне представляется более вероятным). Но в любом случае местное палеоевропейское население привнесло шнуровикам массу аутосомных маркеров и тот антропологический тип, который Алексей Дзермант упоминал как связанный с мезолитом. В отличие от протосаамского, он таки связан именно с местным мезолитом!
  • Vadim Verenich Однака Ваша cтройная теория никак не объясняет, почему саамы оказываются наиболее близки к аутосомному профилю мезолитических иберийцев (останки из пещер La Braña-Arintero).
    Current Biology, 28 June 2012 doi: 10.1016/j.cub.2012.06.005

    Genomic Affinities of Two 7,000-Year-Old Iberian Hunter-Gatherers

    Federico Sánchez-Quinto, Hannes Schroeder, Oscar Ramirez, María C. Ávila-Arcos, Marc Pybus, Iñigo Olalde, Amhed M.V. Velazquez, María Encina Prada Marcos, Julio Manuel Vidal Encinas, Jaume Bertranpetit, Ludovic Orlando, M. Thomas P. Gilbert, Carles Lalueza-Fox
  • Alaksiej Dziermant Местный мезолитический антропологический тип — доликохранный умеренно широколицый, он же был доминирующим у шнуровиков, он же стал основой на которой сформировались местные балтские и славянские племена. Его обладатели скорее всего и наиболее вероятные носители Ra1a.
  • Vadim Verenich Это большая ошибка — смешивать фенотип и гаплогруппы
  • Alaksiej Dziermant Естественно, отождествлять их нельзя, но, тем не менее некоторые закономерности соотношения могут быть.
  • Vadim Verenich Разумеется. Но эти закономерности надо доказывать, желательно математически.
  • Vadim Verenich Благо что существует соотвествующая методология
  • Alaksiej Dziermant Конечно.
  • Vadim Verenich К слову, авторы работы «Genomic Affinities of Two 7,000-Year-Old Iberian Hunter-Gatherers» довольно убедительно доказывают «униформность» генофонда мезолитического населения Европы — от Иберии до северной Европы.
  • Alaksiej Dziermant The results seem to lend the support to the very unpopular theory of the Baltic mesolithic continuity (c)Algirdas Girininkas. The results are fully in the agreement with findings of Mesolithic to Neolithic continuity among Latvian and Estonian populations. Да, это интересно
  • Вячеслав Носевич Прочитал статью по ссылке. Ничего про саамов там не нашел See Translation
  • Vadim Verenich Да. Это потому что в выборке авторов не было саамов. А у меня есть. Сравнительный анализ саамов и мезолитических иберийцев есть в той ветке форума, которую Вы не дочитали.
  • Вячеслав Носевич Вадим, добрался я до обещанного вами «туза в рукаве», но так ничего и не понял. При K=3 BRA2 у вас оказался 100-процентным носителем неолитического компонента (что для останков мезолитического времени несколько странно , при отсутствии следов северо-восточного мезолита (это, как я понимаю, у вас Олений Остров?). При К=4 он же перепрыгнул в почти полный с-в мезолит?? Или у вас с легендой какие-то глюки, или соблаговолите объяснить внятно.
  • Vadim Verenich В первом плоте была методологическая ошибка
  • Вячеслав Носевич Бывает. Что ж, подождем выверенных результатов и тогда обсудим. Только хотелось бы, чтобы в исходных данных собственно северный мезолит (сильно гипотетически I1) не смешивался механически с зауральским (почти наверняка N1c). И Олений остров тут — не самый лучший казус.
  • Vadim Verenich Там была чисто техническая ошибка
  • Vadim Verenich Результаты давно уже выверены
  • Vadim Verenich Аналогичные выводы у Диенека
  • Вячеслав Носевич Если выверены, то что при К=3?
  • Vadim Verenich Обычная ошибка при обработке данных
  • Vadim Verenich Программа STRUCTURE в отличие от ADMIXTURE выдает колонки результатов в произвольном порядке
  • Вячеслав Носевич Я так и не понял: есть ли результаты по первому плоту с исправленной ошибкой (при К=3)?
  • Vadim Verenich Я не выкладывал их в открытый доступ