Вторая фаза нового проекта

Две недели назад я сообщил об окончании первой фазы своего нового проекта (на первом этапе работы удалось собрать надежную выборку из более чем 5000 образцов более чем 250 различных этно-популяционных групп людей по всему миру.

Как я уже рапортовал ранее, самой сложной из запланированных на втором этапе задач являлась импутирование (импутация) отсутствующих генотипов.  Читатели моего блога помнят, что две предыдущие экспериментальные попытки импутирования больших выборок     — в 2013  и в 2015  — закончились неудачно (или, если говорить точнее, качество импутированных генотипов не оправдало моих завышенных ожиданий). В предыдущих опытах я задействовал мощную комбинацию программ ShapeIT и IMPUTE и  метод импутирования снипов за счет использования большой референсной панели аутосомных гаплотипов (из 1000 genomes),  гарантирующей более аккуратное определение генотипов.

На этот раз, я решил не повторять ошибок, и обратился к использованию других программ — в частности , к  Minimac3, хорошо зарекомендовавшую себя в работе с геномами 1000G.  К моему счастью, я набрел на недавно появившиеся публичные сервера, работающие с «облачным» сервисом импутирования Cloudgene. геномов.
Серверы импутирования геномов позволяют использовать полную референсную панель гаплотипов для точного определения недостающих генотипов в анализируемых данных. Пользователи подобных серверов могут загружать (предварительно фазированные или несфазированные) данные генотипов на сервер. Процедура импутирования  будет осуществляться на удаленном сервере, и по окончанию этого процесса рассчитанные данные доступны пользователю для скачивания. Наряду с импутированием, подобные сервисы позволяют провести процедуру контроля качества (QC) и фазировки данных в качестве предварительного этапа процесса импутирования генотипов.

Прототипы серверов импутирования уже доступны в институте Сангера и Мичиганского университета. В дополнение к вышеназванным серверам, можно упомянуть прототип сервера поэтапной полномасштабной  фазировки генотипов анализируемых образцов (прототип создан биоинформатиками Оксфордского университета). На мой взгляд, самое простое и доступное решение задачи импутирования на удаленном сервере было разработано сотрудниками   Мичиганского университета. Дополнительное преимущество этому решению дает грамотная документация по использованию сервиса.

Основная рабочая лошадка сервиса — это комбинация двух или трех программ — две програмы для фазирования диплоидных генотипов в гаплоидную фазу  ShapeIT и Hapi-UR , а в качестве основного ПО для самого процесса импутирования (определения) недостающих генотипов — вышеупомянутую программу Minimac3.

Описание эксперимента с импутированием генотипов на удаленном сервере

В самом начале,  я разбил свою выборку на пять когорт (т.к. референсные панели на сервере также разбиты на «этнографические группы»):

  1. европейцы (европейцы + кавказцы) — 1715 образцов -87169 снипа
  2. азиаты (+американские аборигены и аборигены островов Тихого Океана) — 2356 образцов — 87044 снипа
  3. африканцы — 1054 образца — 86754 снипов
  4. палеогеномы древних жителей Евразии, Африки и Америки -340 — 594500 снипов
  5. смешанные группы — преимущественно мозабиты, пуэрто-риканцы и др.
QC-Report
На рисунке показана корреляция между частотами аллелей в изучаемоей выборке (здесь: европейская когорта) и частотами аллелей в референсной панели

К моему вящему неудовльствию,  некоторые образцы в сводной выборке не прошли контроль качества — в первую очередь это касается образцов европейцев из базы данных POPRES, а также выборок статьи  Xing et al. (2010). Скорее всего, их нужно будет импутировать отдельно.

Несмотря на значительную скорость обработки генотипов на удаленном сервере, к настоящему времени эксперимент еще не доведен до конца.  Пока я планирую ограничиться импутированием генотипов в 3 первых когортах (т.к. импутирование палеогеномов с помощью современных референсных панелей гаплотипов вероятнее всего приведет к искажению истинного разнообразия палеогеномов за счет проекции на современные группы населения, хотя авторы статьи Gamba et al. 2014 в сопроводительном материале к своей статье утверждают обратное).

После окончания фазирования и последующей обработки генотипов европейской когорты в программе Plink (были отсеяны все варианты с вероятностью ниже 0.9) ,  я получил выборку из 1715 европейцев с 25 215 169 снипами против изначальных 87169, т.е число снипов в выборке увеличилось в 290 раз!
В азиатской когорте соотношение импутированных генотипов к исходным составило чуть меньшую величину 19 048 308 / 87044 = 219.

Проверка результатов

Разумеется, все полученные результаты нуждались в дополнительной проверке качества генотипирования.
Cначала я объединил импутированную европейскую когорту с когортой палеогеномов (которая не была импутирована) и рассчитал в программе PLINK 1.9 матрицу IBS (т.е. сходства образцов в выборке между собой, эта метрика отдаленно напоминает Global Similarity в клиентских отчетах 23andme), а затем усреднил данные по популяциям и произвел по усредненным значениям иерархическую кластеризацию по признакам сходства (IBS, identity by state). Результат превзошел все мои пессимистические ожидания

 

 

Как становится очевидно из приведенной выше кластерограммы,  в целом взаимное расположение популяций в кластерах соответствует (в общих чертах) взаимному географическому положению. Присутствуют, правда, и некоторые огрехи. Так, например, венгры очутились в одном кластере с русскими из Курска,  норвежцы — с русскими из Смоленска, а усредненные «русские» — с американцами европейского происхождения из штата Юта и французами. Трудно сказать, в чем здесь причина, тем более что матрица была составлена по значениям IBS (идентичности по состоянию), а не IBD (идентичности по происхождению).  Более подробные данные о попарных значениях IBS между популяциями выборки можно посмотреть в этой таблице

Импутированная азиатская когорта (несмотря на расширение географии за счет включения образцов коренного населения Америки и аборигенов бассейна Тихого океана)  тоже  оказалась на удивление надежной. Я пока не буду останавливаться на подробностях изучения этой когорты, вместо этого я размещаю здесь результаты MDS- мультдименсионального шкалирования образцов выборки, образованной в ходе слияния 2 импутированных когорт (европейской и азиатской) с 1 неимпутированной (палеогеномы). Цветовое обозначение точек соответствует определенным кластерам, выявленных в выборке с помощью алгоритма MCLUST (cледуя рекомендациям Диенека Понтикоса). Всего этих кластеров 15 и они обозначены последовательностью чисел от 1 до 15, и каждый из этих кластеров имеет свою четкую географическую привязку:

  • 1 — кластер популяций ближнего Востока и  Анатолии
  • 2 — кластер популяций северного Кавказа
  • 3 — «индоевропейский» кластер древних популяций Синташта, шнуровой культуры, Ямной культуры и т.д.
  •  4 — кластер аборигенных жителей Америки (эскимосов и индейцев)
  • 5 — суперкластер популяций средиземноморского и восточноевропейского региона
  • 6 — сибирский кластер алтайских и самодийских популяций
  • 7 — кластер популяций западной и северной Европы
  • 8 — кластер палеосибирских популяций (таких как чукчи, ительмены и коряки)
  • 9 — кластер аборигенных (австронезийских и тай-кадайских) популяций юго-восточной Азии (даи, атаяла и ами)
  • 10 — кластер неолитических популяций
  • 11 — еще один ближневосточно-средиземноморский кластер (ашкеназим, сардинцы и так далее)
  • 12 — кластер североиндийских популяций
  • 13 — кластер центральноазиатских популяций
  • 14 — поволжские популяции
  • 15 — разные групп индусов

 

Реклама

Эпигенетика Y-хромосомы человека

О генетике (в том числе и о популяционной генетике)  Y-хромосомы написано немало статей — теперь пришла очередь эпигенетики. Полгода тому назад я постулировал наличие в Y-хромосоме гаплогруппно-специфичных сайтов метиляции, влияющих на экспрессию специфически мужских генов. Данная гипотеза позволила мне решить старую диллему — с одной стороны малая генетическая информативность Y-хромосомы (мало генов), c другой стороны слабая корреляция между поведением и гаплогруппой. И вот пару дней назад, китайские исследователи опубликовали статью на эту тему. Перефразируя расхожое, можно сказать: «О чем бы вы не подумали, китайцы уже написали про это статью».

Что поделать — таков закон больших чисел.

«According to the human reference sequence (hg19), the tested sites on the Y chromosome were distributed on 11 regions: TSS1500 (-1500 bp from the nearest TSS), TSS200 (-200 bp from the nearest TSS), 5’UTR, EXON1 (1st exon of genes), 3’UTR, Gene Body, CpG islands, NSHORE(-2 kb region flanking the CpG island), SSHORE (+2 kb region flanking the CpG island),NSHELF (-4 to -2 kb region flanking the CpG island), and SSHELF (+2 to +4 kb region flank-ing the CpG island) (S3 Table). The mean methylation level of all tested sites within eachregion was taken as this region’s methylation index.We found that the variation in gene body region was greater than in other regions by calcu-lating the standard deviation of each region among all samples (Fig 5A). Further, we assessed the overall methylation pattern of 53 tested genes. Result showed that the methylation patternof two genes was haplogroup O3a2b-specific (LOC100101116,TTTY1)(Fig 5C). However, wedid not find such a haplogroup-specific variation on the other 10 functional regions (Fig 5Band 5D,S5 Fig).Fig 5. The methylation pattern of functional regions on the Y chromosome.A) Box plots showing thestandard deviation of methylation level within each region. The median line indicates the average methylationlevel, the edges represent the 25th/75th percentile, and the whiskers represent the 2.5th/97.5th percentile. B−D). Heat map showing the methylation levels of 38 detected TSS1500 regions (B), 53 gene body regions(C), and 55 CpG island regions (D)»

 

Fig 5. The methylation pattern of functional regions on the Y chromosome. A) Box plots showing the standard deviation of methylation level within each region. The median line indicates the average methylation level, the edges represent the 25th/75th percentile, and the whiskers represent the 2.5th/97.5th percentile. B − D). Heat map showing the methylation levels of 38 detected TSS1500 regions (B), 53 gene body regions (C), and 55 CpG island regions (D). 

Я пролистал статью китайских генетиков про консервативность эпигенетичских паттернов на Y-хромосоме. К сожалению, авторы ограничиваются только важными для юго-восточной Азии ветвями гаплогруппы O2 и O3 (особо выделяются когорты потомков разных императоров), а интересно было бы сравнить эпигенетические паттерны у носителей этой гаплогруппы с таковыми у других евразийских, американских и африканских гаплогрупп и изучить животрепещущие вопросы:

  1.  Дает ли преимущество разница в профилях метиляции ДНК Y-хромосом?
  2. Если дает, то какого рода c учетом мужской специфики? Возможные варианты: разница в фертильности спермы, отличия в уровне выработки тестостерона — и влияние на сопутствующие мужские признаки телесной конституции и поведения?
  3.  Помогает ли понимание разницы метилирования ДНК мужской половой хромосоомы объяснить разницу в физических, гендерных, функциональных, эмоциональных и интеллектуальных чертах мужчин разных гаплогрупп?

Вот о чем надо было рассуждать, а не о эволюционной консервативности метиляции Y-хромосомы. Это и так понятно любому думающему человеку.

Тезисные выводы статьи о эволюции «динарской подгруппы» гаплогруппы I2a

На протяжении последних двух месяцев я уделил много cвободного времени организации собранного мной на протяжении последних 6 лет материала и экспериментальных данных, касающихся демографической истории популяции носителей «мужской» (Y-хромосомной) гаплогруппы I2a, причем в фокусе исследования находился тот вариант, который наиболее распространен в Восточной Европе — т.н «динарская ветвь» или «динарская субклада». К началу декабря окончательный вариант статьи (объемом в 50 страниц) был подготовлен к реценизированию, которое должно занять несколько месяцев.

Пару дней назад один из рецензентов, историк Вячеслав Носевич из Беларуси, опубликовал публичный вариант рецензии статьи (этот вариант рецензии я размещу чуть ниже).

Пока ожидается рецензия второго рецензента, я хочу познакомить читателя с главными выводами исследования


Выводы исследования

 

Перед тем как приступить к  обсуждению результатов исследования, необходимо вкратце сформулировать в виде тезисов основные результаты анализов, проведенных в рамках системного метода:

  1. Гаплогруппа I2a1b2a1 определяется снипами CTS176/S2621, CTS1293/S2632, CTS1802/S2638, CTS5375/S2679, CTS5985/S2687, CTS7218/S2702, CTS8239/S2715, CTS8486/S2722, CTS11030/S2768, L178/S328 (и пр.). Согласно данным экспериментальной филогении (эспериментальному дереву гаплогрупп) Yfull (2014) и ISOGG, эта клада разбивается на субклады новыми снипами I-S17250 (к этой субкладе принадлежат все из протестированных представителей т.н «южного динарского Y-STR кластера» и часть представителей т.н. «северного динарского кластера», в то время как у остальной части обнаружено «предковое значение» аллели снипа I-S17250 –), I2a1b2a1b — Y4460 (Y3106, в эту кладу входят выходцы из Беларуси, Латвии, Росии, Польши), и Z17855 (в эту «безымянную» субкладу, еще не принятую в номенклатуре ISOGG, входит часть болгар, македонцев и украинцев).
  2. Самый большую подгруппу образуют дочерние кластеры самой большой субклады I-S17250 (обозначенной в дереве ISOGG как I2a1b2a1a): I2a1b2a1a1-Z16971(Y5596,Y5595, обнаружена у представителей небольшого кавказско-украинского кластера, чей возраст по расчетам дисперсии Y-STR составляет 1000 лет), I2a1b2a1a2-Y4882 (Y4883, представлена в выборке беларусов, украинцев и поляков), I2a1b2a1a3-A356/Z16983 (Y4790, Y4789, данные снипы найдены у части представителей описанного выше «южного-динарского» кластера). Данное распределение субклад гаплогруппы I2a1b2a1 показывает, что разнообразие субклад (ветвей) этой гаплогруппы гораздо выше в восточной Европе, где ареалы распространения дочерних субклад динарского субклала в значительной степени накладываются друг на друга. На Балканах и в южной Европе разнообразие дочерних субклад I2a1b2a1 ниже.
  3. Исходя из имеющихся ныне фактов, можно сделать вывод о том, что так называемый северно-динарский Y-STR кластер I2a1b2a1 («Dinaric-N») соответствует той части родительской ветви I2a1b2a1CTS5966, которая не входит в субкладу I2a1b2a1a3- Z16982/ Z16983/A356 (последняя включает значительную часть южно-динарского Y-STR кластера)[1]. У большинства представителей всей динарской гаплогруппы I2a1b2a1 обнаружены мутировавшие аллели в Y-снипах Y3548, S17250, и YP205. Cледовательно, варианты Y-хромосомы гаплогруппы I2a1b2a1, не имеющие эти три снип-мутации, представляют собой самое ранее кладистическое разделение гаплогруппы I2a1b2a1-CTS5966, видимо незадолго до последующей популяционной экспансией. Прямая патрилинейная родословная носителей этих «предковых вариантов» прослеживается в регионы юго-восточной Польши и смежных регионов западной Украине. Кроме того, в ходе коммерческих исследований проекта FTDNA I2a, у одного из представителей субклада «Disles» (I2a1b2a-CTS10936) — ближайшего (и возможно «родительского») по отношению к корневому уровню «динарской субклады» были определены 2 предковых (-) значения снипов, играющих важное значение в кладистическом разделении «динарского субклада» — CTS10936 + CTS10228- CTS5966-. Примечательно, что этот мужчина по прямой линии тоже происходит из южной Польши. Подводя итог сказанному, можно заметить, что распространение гаплогруппы I2a1b2a1CTS5966 началось в регионе западной Украины или юго-восточной Польше, где до сих пор сохранились «реликтовые» клады (ветви) I2a1b2a1CTS5966 с  «предковыми значениям» трех снипов.[2]
  4. Таким образом, более раннее разделение субклады I2a1b2a1 по 2 DYS-локусам на два кластера – южной и северный — не отражает истинной филогении: по состоянию на конец 2014 года субклад разделяется на 2-3 группы с дальнейшим разбиением на подгруппы; однако в настоящий момент из-за недостатка статистических данных трудно сказать, какие из данных мутаций являются приватными (генеалогическими), а какие актуальны для этнопопуляционных построений.

[1]  Кроме этих снипов, формирующих четко выраженные клады в структуре дерева I2a1b2a1, в одном из  тестов Geno 2.0  у представителя этой гаплогруппы были обнаружен снип CTS8429, чье положение в структуре дерева I2a1b2a1 неизвестно. Стоит также упоминуть снип YP206 (находящийся под снипом  S17250);  зафиксированный в полных геномных данных двух сардинцев из работ Francalacci et al. (2013); а также одноуровневые снипу YP206 ( M1345/CTS934).

[2] В частной переписке К.Нордтведт высказал мнение о том, что первичный ареал распространения этой  гаплогруппы находился в Польше, к югу от Вистулы.

  1. Генография субклад I2a носит нон-инклюзивный характер по отношению других субклад I2a, иными словами ареалы распространения отдельных субклад I2a практически не пересекаются. Распространение I2a1b-M423 в восточной Европе (где представлена главным образом ее «динарская субклада» I2a1b2a1) характеризуется резким градиентом частот: частоты Y хромосом этой субклады резко уменьшаются по мере удаления к западу от Балкан – так, например, этот субклад практически отсутствует у итальянцев, немцев, французов, и швейцарцев. При движении на северо-восток уменьшение частот гораздо более плавное, I2a1b-M423 сохраняет заметные частоты среди населения, говорящего на славянских языках. Распространение частот гаплогруппы I2a1b-M423 в восточной Европе носит бимодальный характер – с максимальным пиком (30-50 %) на Балканах, и с менее выраженным пиком (20-30%) в карпатско-полесском регионе. Наибольшие частоты распространения I2a1b встречаются у жителей Боснии-Герцеговины и хорватов Далмации от 40 до 60%, у сербов и македонцев 20-30%, примерно столько же в Молдавии у гагаузов.
  2. Благодаря находкам древнй ДНК удалось уточнить место первоначального распространения гаплогруппы I2a1b M423 (северо-западная часть Европы), по-крайней мере одной из ее древнейших исчезнувших ветвей, выделившейся из родительской гаплогруппы примерно 8700-9000 лет назад. Образец Лошбур (Loshbour) принадлежит к ветви, параллельной современным дочерним субкладам, которая отделилась от основной ветви не позднее чем 10 000 лет тому назад: к этой исчезнувшей ветви принадлежат и несколько образцов ДНК жителей шведской мезолитической стоянки Motala (Motala 3, Motala 12), которая существовала синхронно Лошбуру. Видимо, в этом же регионе и произошло выделение предковой ветви I2a1b2a12/CTS5966, так как ближайшая к динарской субкладе сестринская субклада I2a1b2a* (так называемый кластер Disles) встречается как в Польше, так и на британских островах, а следующая по удаленности клада (островная субкладаIsles I2a1b1 (L161.1/S185)) встречается практически исключительно на британских островах (подобный изолированный характер может быть связан с обособлением этой ветви в мезолите как следствие гипотетического затоплением Доггерланда около 8500 лет тому назад (Weninger 2008)). Кроме того, оба найденных (в захоронениях древних жителей Паноннской равнины) образцов ДНК гаплогруппы I, (образец NE7 — I2a2a-L1228 и образец KO1 – I2a-L68) принадлежат к параллельным ветвям, ни одна из которых не является предковой ветвью динарской субклады I2a1b2a1.  Исходя из этого можно сделать осторожное предположение о том, что представители динарской субклады I2a1b2a1L147.2/CTS5966 появились на Балканах гораздо позднее неолитического периода.
  3. Визуальное изучение структур минимального остовного и штейрновского деревьев филогенетической сети гаплотипов I2a1b2a1 показало, что большое скопление гаплотипов вокруг большых узлов обеих деревьев  имеет типичную форму филогенетического старкластера  Подобная форма филогенетических кластеров в основном наблюдается в тех случаях, когда происходит быстрый демографический рост одного конкретной филогенетической линии, и этот рост приводит к появлению серии одновременных мутационных событий. Большинство из гаплотипов, входящий в большой узел графа, принадлежат к этнопулам жителей южной Европы (главным образом, Балкан) Исходя из этого можно предположить что экспансия носителей I2a1b2a1-L2/CTS5966 на территории Балкан сопровождалась быстрым демографическим ростом попуялции.
  4. На реконструированной карте место «выделения» I2a1b родительской популяции современных представителей субклады I2a1b2a1 -разместилось чуть южнее швейцарских Альп (обозначено большой красной точкой) (Рисунок 10), примерно в 420 километрах к юго-востоку от места обнаружения древнейшего (8000 лет до настоящего времени) образца ДНК мужчины, принадлежавшего к гаплогруппе I2a1b (Loschbour-Heffingen, Luxembourg) и примерно в 650 километрах к югу от Лихтенштейнской пещеры, в которые были обнаружены 4 скелета мужчин с древнейшими (3000 лет до настоящего времени, культура полей погребения) из найденных образцов гаплогруппы I2a2b, а также в 920 к юго-западу от местонахождения неолитического поселения Apc-Berekalja (Венгрия), где был обнаружен древнейший из найденных образцов I2a2a (возрастом в 6700 лет ). Заметная близость реконструированного места выделения предковой линии I2a1b2a1 к местам нахождения древнейших образцов гаплогруппы I2a в Европе подтверждает правдоподобность подобной реконструкции.
  5. При сопоставлении интервалов возрастов гаплогруппы (т.е расчетных времен жизни ближайшего общего предка гаплогруппы) I2a1b2a1, мы получили среднее медианное значение интервала полученных возрастов. Оно составляет 2757 лет, стандартное отклонение 404 лет (2757 ± 404), верхний предел интервала TMRCA перекрывается с интервалом TMRCA, вычисленного с помощью ρ-статистики 3400 ± 200 лет: Примечательно также, что время расхождения Y-STR кластеров внутри филогенетического дерева лежит в интервале 1700-1300 год до настоящего времени. Это означает, что в этот период времени (т.е между 4 и 7 веками нашей эры) гаплогруппа I2a1b2a1 находилась в активной стадии экспансии.
  6. Безусловный пик-максимум распространения I2a1b2a1 приходится на Балканы (особенно на регион Боснии-Герцеговины), а один из пиков значений дисперсии (разнообразия) гаплотипов — на полесско-карпатский регион Восточной Европы. Исходя из общего правила о приоритете разнообразия (дисперсии) над частотой распространений генетических линий при определении «начальной точки экспансии», предпочтение было отдано дисперсии как  более устойчивому индикатору, в то время, как частоты гаплогрупп больше подвергнуты флуктуациям.
  7. Полученные этнопулы или этнические кластеры имеют специфический: например в выборке выделяется характерный еврейский кластер (украинские и белорусские евреи-представители этого кластера имеют редкие характерные значения Y-STR локусов: DYS537 = 11, DYS464a = 13, DYS456 = 14, DYS458 = 18, DYS576 = 19,DYS570 = 16) с самой высокой интерпопуляционной дистанцией от остальных кластеров и самым низким разнообразием азывает на недавнее происхождение кластера как следствие чистого эфекта основателя, имевшего место примерно 500 лет назад. Боснийско-герцеговинский кластер (второй после еврейского кластера по величине интерпопуляционной дистанции), но с более высоким уровнем разнообразия указывает на более удаленный по времени популяционный эфект основателя. В то время, как географически близкий к боснийско-гецеговинскому кластеру хорватский кластер  I2a1b2a1 характеризуется относительно низким уровнем молекулярного разнообразия (многие хорватские гаплотипы I2a1b2a1 имеют характерный гаплотипный мотив DYS19=14), и незначительной дистанцией с другими популяциями, что отражается в более низком значении индекса стандартного разнообразия (что подразумевает изменение размера эффективной популяции). Данный эффект можно объяснить кумулятивным действием двух параллельных популяционных эффектов -эффекта основателя и эффекта «бутылочного горлышка»
  8. Полученные в ходе анализа молекулярного разнообразия I2a1b2a1 данные свидетельствуют в пользу нашего предположения о том гаплогруппа I2a1b2a1 не является автохтонной гаплогруппой Балкан и Динарских Альп, в противном случае наблюдалась более существенная корреляция между популяцией носителей этой гаплогруппы и антротипом. Поскольку популяции I2a1b2a1 лучше коррелируют с языком, а не с антротипом, то можно сделать два вывода: 1) экспансия носителей субклада I2a1b2a1 произошла недавно, т.к. не утерялась связь представителей генетической линии с языком; 2) поскольку славянские языки были явно привнесены на Балканы, то нужно признать, что I2a1b2a1 были в числе генетических линий, представители которых привнесли славянские языки на Балканы.
  9. По мнению авторов статьи (Boattini et al. 2011) генофонд (включая генофонд Y хромосом) изолированной популяции арберешей не только должен отражать структуру генетического пула алабанцев 500 летней давности, но и служить своего рода «эталоном» генофонда древних балканских популяций. Принимая во внимание низкую частоту встречаемости динарского субклада I2a1b2a1 у современных арбарешей, можно предположить, что субклада I2a1b2a1 встречалась в генофонде популяцих южной части Балканского полуострова 500 лет назад гораздо реже, чем сейчас. Очевидно, что в ходе дальнейших демографических процессов %-ная доля I2a1b2a1 в генофонде южнобалканских популяций значительно увеличилась.
  10. Гипотетическое направление миграций можно восстановить с помощью проекции градиентов значений индекса молекулярного разнообразия на векторную карту со стрелеками, отображающими направление уменьшения значений индекса молекулярного разнообразия. Примечательно, что стрелки направления уменьшения разнообразия гаплотипов в значительной мере перекрываются с маршрутами славянской экспансии.
  11. Результаты теста Мантеля говорят о том, что в выборке I2a1b2a1 не наблюдается статистически значимой корреляции между географической и генетической дистанцией.

Обсуждение выводов исследования

 

Как представляется автору этой статьи, вопрос происхождения и миграции носителей «динарской субклады» I2a1b2a1 невозможно изучить вне интердисциплинарной подхода, т.е подхода в котором тезисы результатов популяционно-генетического исследования будут рассмотрены в более широком ключе, c привлечением данных из исторических наук. В этой связи необходимо посмотреть на эту проблему глазами историка, тем более что время экспансии «динарцев» отлично накладывается на временной интервал экспансии славян на Балканы в «историческое время».

В силу фрагментарности обзора мы не будем касаться не менее важных вопросов о том, как и когда гаплогруппа I появилась в Европе, а также вопросов о времени и месте разделения базальной ветви I на гаплогруппы I1 и I2. В настоящее время мы не располагаем достаточным количеством фактов в пользу одной из многочисленных и равновероятных версий сценария, и поэтому просто обойдем эти вопросы стороны в надежде на предстоящее изучение древней ДНК жителей Европы среднего палеолита и мезолита. По имеющимся в настоящее время данным палеогенетики, гаплгогруппа I (и одна из ее двух основных ветвей — I2a) была широко распространена в западной и северной Европе уже вскоре после окончания последнего ледникового максимума (последняя ледниковая эпоха закончилась между 15 000 и 10 000 годами до н. э., а древнейшие образцы палео-ДНК с гаплогруппой I2a1b датируются 6 тыс. до н.э). Около 14 000 лет до настоящего времени из гаплогруппы I2a выделились I2a1a-M26/PF4056 (эта группа мигрировала к югу от швейцарских Альп в сторону Пиренейского полуострова, и I2a1b-M423, которая мигироровала на север вслед за отступающим ледником и тундровой фауной. Примерно 10 000 лет назад, где-то на территории современной Германии из I2a1b выделились линия  I2a1b1 (кластер «Isles», мигрировавший на Британские острова) и линия I2a1b2 (динарский кластер и кластер Disles). Можно предполагать, что в последующее время I2a1b2 была связана со свидерской культурой — археологической культуры финального палеолита (9 – 8 тыс. до н.э.) на территории Центральной и Восточной Европы, которая была представлена стоянками тундровых охотников на северного оленя, которые использовали стрелы с кремневыми наконечниками. Гипотетическое развитие дальнейшей истории общности носителей I2a1b2 — непосредственных предков I2a1b2a1 – можно выстроить в виде цепочки приемственности культур вплоть до культур участвовавших в этногенезе славян, однако из-за недостаточных сведений о мужском палеогенофонде представителей этих культур данная реконструкция не может быть использована как основание для дальнейших заключений.

К сожалению, cпециальных популяционно-генетических исследований гаплогруппе I крайне мало. Достаточно сказать, что последние специальные исследования по этой гаплогруппе были опубликованы почти 10 лет назад в 2004,2006, 2007 годах – (Rootsi et al. 2004; Roewer et al. 2005; Underhill et al. 2007). Остальные работы, особенно касающиеся Y-хромосомного разнообразия популяций на территории Балкан и бывшей Югославии, преимущественно повторяют выводы озвученные в вышеупомянутых трех работах, ничего не добавляя от себя (Marjanović et al.2005; Peričić et al. 2005; Rebała et al. 2007). Более новые работы со специфическим фокусом на гаплогруппе I1 (Shtrunov 2010) и (De Beule 2010) были незаслуженно обойдены вниманием научного сообщества, так как были написаны «любителями» и опубликованы в неакадемических изданиях.  Поэтому именно работы эстонской исследовательницы-популяционного генетика Роотси задали целый ряд основных положений-гипотез по вопросу происхождения гаплогруппы I, закрепившихся позднее в научных и научно-популярных (Википедия) источниках. Со временем данное положение стало общим местом статей популяционных генетиков при описании особенностей генофонда различных популяций. Если на заре популяционной генетики, выводы делались лишь на основании распределения частот гаплогрупп (большой группы схожих гаплотипов) Y хромосом, то с накоплением фактического материала и совершенствованием методов исследования  появилась возможность кроме частоты учитывать  молекулярное разнообразие и генетические дистанции. Уже без этих исследований выводы на основании только частот являются неполными, а часто и совершенно неверными.

В настоящее время, исходя из описаного выше опыта полисистемного анализа и синтеза молекулярно-генетических (филогенетических и статистических), исторических, археологических данных, а также данных археогенетики (древняя ДНК), можно предположить динарская субклада I2a1b2a1 в массовом количестве появились на Балканах не ранее 2-3 в.н.э и не позднее 6-7 в.н.э., что точно соответствует времени великого переселения народов. В числе значительных миграций населения на Балканы в этом период времени можно назвать миграцию готов, гепидов с севера, а также более позднюю по времени экспансии славян (вернее, генофонда общности, которая говорила на славянском или протославянском языках), которые и принесли с собой этот субклад на Балканы.  Кроме этих двух вариантов, можно рассмотреть и третий вариант, согласно которому субклад I2a1b2a1 уже присутствовал на генофонде балканских популяций на момент начала переселения народов (эта гипотеза предполагает что первоначально популяционная общность носителей  I2a1b2a1 была так или иначе  с дако-фракийским кругом археологических культур). В статье 2010 года (Носевич 2010), Вячеслав Носевич напрямую связывает носителей I2a1b2a1 с фракийским субстратом в формировании славян, отмечая что более высокая концентрация I2а1b2a1 на Полесье по сравнению с Западной Украиной и Словакией говорит в пользу это предположения. Традиционно считается, что вся гаплогруппа I2a cвязана с кругом культур балканского неолита и в том числе, c культурами близкими к трипольцам. Такой вариант возможен, однако окончательный вариант должны дать палеогенетического исследования останков представителей этих культур. Но, если гаплогруппа I2а и присутствовали у трипольцев, их вряд ли можно считать коренным элементом (ядро которого составляли выходцы с Ближнего Востока), скорее всего они представляли остатки местного мезолитического элемента, инкорпорированного в состав этой культуры.

При взвешенном сопоставлении эмпирических статистических данных о характере распространения и разнообразия I2a1b2a1 с различными моделеми миграциий тезис о связи доисторических носителей I2a1b2a1 с фрако-дакийцами представляется несколько натянутым. Этот тезис завязан целико на интерполяции современных частот гаплогрупп на гаплогруппные частоты в прошлом — однако манипуляции с современными частотами в целях реконструкции гипотетических частот распространения в генофонде древних народов всегда вызывают закономерные вопросы. По-крайней мере, подобные эксперименты возможны только исходя из генетических данных полученных в результате анализа останков из захоронений соотвествующих культур или народностей. В противном случае – расчеты могут оказаться совершено произвольны, и им нельзя будет доверять. Однако даже если мы будем из реконструкции предковых частот, то увидем, что I2a1b2a1 вряд ли могла присутствовать в столь значительных количествах у фракийцев, так как и у современных «потомков фракийцев и даков» (болгаров и румын) как частоты распространения, так и уровень дисперсии гаплотипов I2a1b значительно ниже чем у тех же словаков и западных украинцев.  Далее, «балкано-иллирийско-фракийская гипотеза» совершенно не объясняет высокие частоты т.н. «динарской субклады» I2a1b2a1 в Полесье. Не объясняет эта теории и того, что филогенетически I2a1b2a1  не образует удалённых кластеров, что невозможно объяснить допуская автохтонность носителей этой гаплогруппы на Балканах. Ведь за тысячи лет эта линия должна была разветвиться. Но сегодняшние её носители исключительно близки друг к другу и подавляющее их число — славяне.

Тезис о связи носителей I2a1b2a1 c германских субстратом в этногенезе славян также вызывает определенные вопросы. Можно предположить, что присутствие носителей I2a1b2a1 вполне может быть связано как с особенностью ранних (прото-)славянских популяций, так и с непосредственной инвазией северных германцев (например, готов). По крайней мере сейчас уже доказно, что более 8 тысяч лет назад параллельная ветвь носителей I2a1b-M423 проживали в том числе на юге Скандинавии, а зафиксированные в историческое время (эру великого переселения народов) места проживания готов в Восточной Европы (королевство остготов на Балканах и «черняховская» культура в западной Украине) По крайней мере, среди современных этнических скандинавских германцев гаплогруппа I2a1b2a1 не встречается, также как и в Испании, Италии (где  находились королевства готов в раннем средневековье), зато с заметной частотой встречается по всему славянскому ареалу :очень высокие концентрации действительно отмечаются на Балканах, но и у западных славян присутствие его значительно, 8-10% у чехов и поляков, до 20% у словаков).

Довольно высокие частоты распространения и высокий уровень внутригаплогруппного разнообразия, специфическая топология филогенетических деревьев гаплогруппы I2a1b2a1, а также факт нахождения «реликтовых вариантов» гаплогруппы I2a1b2a1 в Польше и Западной Украины  свидетельствует о формировании предкового пула этой субклады в северо-восточной Европе в 1 тыс. до нашей эры и экспансии в 1 тыс. нашей эры. В свете представленных в виде тезисов основных выводо исследованиях, наиболее предпочтителен вариант распространения гаплогруппы I2a1b2a1 на Балканах и всей восточной Европе во время славянской экспансии. Новизна предложенного нами варианта заключается в том, что  коренным образом противоречит принятому в оффициальной популяционной генетике представлению о Балканах, как «прародине» популяции I2a2b (см. раздел (Гаплогруппа I2a общие сведения и обзор публикаций)). Обычно в качестве одного из главных аргументов против версии распространения гаплогруппы I2a1b2a1 вместе с миграциями славянской выдвигается тезис о  однородности состава гаплогрупп у  ранних славян (предполагается, что они принадлежали к различными субкладам R1a1-Z283, (Rebala et al. 2007) особенно R1a1-M458 (Underhill et al. 2009), современный эпицентр распространения которой приходится на ареал пшеворской культуры). Данный аргумент не может быть воспринят так как последние исследования генофонда неолитических культур Европы показали, что уже генофонд этих ранних культур был далеко неоднородны, а в бронзовом веке и позднее степень смешения должна была только увеличится хотя бы в сиду большей мобильности населения. Более вероятным представляется сценарий, в котором уже ранняя славянская общность (которая определяется лингвистическими и археологическими, а не генетическом признаками) была достаточно гетерогенна и включала в себя, наряду с типичными «славянскими» сублкадами R1a1-Z283 (прежде всего дочерних субклад R1a1-M458 и R1a1-Z280), и субклады других гаплогрупп, в частности и I2a1b2a1. В этом случае  ранние славяне образовались в результате «наслоения» R1a-Z280 и/или R1a-M458 на I2a1b2a1. Эта (одна из возможных) модель этногенеза соответствует одной из существующих моделей происхождения славянских языков: неиндоевропейский субстрат оторвал балтов от славян и дал отчёт их самостоятельному существованию в истории как языковой группе, так и целому археологических ряду культур связанных с ними.

 


Первая рецензия В.Л.Носевича

К вопросу о предыстории славян

 

 

 

 

Этногеномика беларусов — часть III

Анализ этно-популяционного адмикса

 

В ходе следующеего этапа, окончательный набор данных по референсным популяциям (которые я храню в linkage-формате PLINK) был обработан в программеAdmixture. Во время выбора подходящей модели проведения теста на этно-популяционный адмикс, мы столкнулись с крайне трудной задачей: как было показано в профильных научных исследованиях (Pattersonetal.2006) количество маркеров, необходимых для надежной стратификации популяций в анализе обратно пропорциональна генетическому расстоянию (фСТ) между популяциями. Согласно рекомендациям пользователей программы Admixture, считается что примерно 10 000 генетических SNP-маркеров достаточно для выполнения интер-континентальной GWAS-коррекции обособленных популяций (например, уровень дивергенции между африканскими, азиатскими и европейскими популяциями FST> 0.05), в то время как для аналогичной коррекции между внутриконтинентальными популяциями требуется более чем 100000 маркеров (в Европе, например, ФСТ < 0.01). Для повышения точности результатов Admixtureмы решили использовать метод, предложенный Dienekes. Этот метод позволяетпреобразовать частот аллелей в “синтетические” индивиды (см. такжепример Зака Аджмалаиз проекта HarappaDNA). Идея метода довольно проста: сначала необходимо запустить unsupervisedанализ Admixtureс целью вычисления частот аллелей в так называемых предковых компонентов, а затем на основании аллельных частот сгенерировать “фиктивные популяции”. Именно эти фиктивные популяции и индивиды будут использоваться в ходе чистых референсов в ходе последующего анализа этно-популяционного анализа. Впрочем, как и любые другие исследователи, работающий над четким решением проблемы этно-популяционного адмикса, мы были вынуждены считаться с ограничениями этого подхода. Хотя мы отдаем себе отчет в существовании явных методологических подвохов в использовании смоделированных искусственных индивидов для определения адмикса в реальной популяции, мы полагаем что полученные в ходе аллельно-частотного моделирования “фиктивных индивидов” представляют самую лучшую аппроксимацию древних генетических компонентов предпологаемых древних компонентов. В ходе применения простого моделирующего метода, нами были получены значимые результаты в ходе создания нового калькулятора. Сначала мы произвели unsupervisedAdmixture(при значении К = 22, т.е 22 кластера частот аллель или предковых компонентов). По выполнению анализа нами были получены оценки коэффициентов адмикса в каждой из этих 22 аллельных кластеров, а также частоты аллелей для всех SNP-ов в каждой из 22 родовых популяций.

Затем мы использовали мнемонические обозначения для каждого компонента (имена для каждого из компонентов выведены в порядке их появления). Нужно помнить, что обозначения этих компонентов носят скорее мнемонический условный характер:

Pygmy

West-Asian
North-European-Mesolithic
Tibetan
Mesomerican
Arctic-Amerind
South-America_Amerind
Indian
North-Siberean
Atlantic_Mediterranean_Neolithic
Samoedic
Proto-Indo-Iranian
East-Siberean
North-East-European
South-African
North-Amerind
Sub-Saharian
East-South-Asian
Near_East
Melanesian
Paleo-Siberean
Austronesian

Вышеупомянутые частоты аллель, вычисленные в ходе unsupervised(безнадзорного) анализа (AdmixtureK= 22) объединенного набора данных, были затем использованы для симуляции синтетических индивидов, по 10 индивидов на каждую из 22 предковых компонент. Это симуляционное моделирование проводилось с помощью PLINKкоманды -simulateРасстояние между между симулированными «искусствеными» индивидами было визуаилизировано с использованием многомерного масштабирования.

simul

На следущем этапе, я включил группу смоделированных индивидов (220 индивидов) в новую эталонную популяцию. После чего я запустил новый анализ А, на этот раз в полном “поднадзорном” режиме для K= 22, причем полученные в ходе симуляционного моделирования фиктивные популяции фиктивных индивидов использовались в качестве новых референсных эталонных групп. На конвергенцию 22 априорно заданых предковых компонентов было затрачено 31 итераций (3 7773,1 сек) с окончательным loglikelihood: -188032005,430318 (ниже, на следущей странице, приведена таблица значений Fst между расчетными ‘предковыми’ популяциями):

fst dist

Рисунок 1. FST-дистанции между компонентами

 

Приведенная выше матрица Fstдистанций была использована для определения наиболее вероятной топологии NJ-дерева всех 22 предковых компонентов ( примечание: в качестве outgroup-таксона использовался South-Africancomponent).

Citizen scientists определили терминальный снип индейского мальчика

В феврале было опубликовано замечательное исследование Rasmussen et al., наглядно доказавшее взаимосвязь древней индейской популяции (вернее одного из ее представителей — мальчика, получившего «научное» имя Anzick1) с современными популяциями Америки и Евразии. Захоронение, обнаруженное в Западной Монтане, было отнесено археологами к культуре Кловис (Clovis) и соответствующим образом датировано (12,6 kya).

The genome of a Late Pleistocene human from a Clovis burial site in western Montana

Rasmussen et al., 2014
Nature 506, 225–229 (13 February 2014) doi:10.1038/nature13025
Received 03 November 2013 Accepted 14 January 2014 Published online 12 February 2014

Clovis, with its distinctive biface, blade and osseous technologies, is the oldest widespread archaeological complex defined in North America, dating from 11,100 to 10,700 14C years before present (BP) (13,000 to 12,600 calendar years BP)1, 2. Nearly 50 years of archaeological research point to the Clovis complex as having developed south of the North American ice sheets from an ancestral technology3. However, both the origins and the genetic legacy of the people who manufactured Clovis tools remain under debate. It is generally believed that these people ultimately derived from Asia and were directly related to contemporary Native Americans2. An alternative, Solutrean, hypothesis posits that the Clovis predecessors emigrated from southwestern Europe during the Last Glacial Maximum4. Here we report the genome sequence of a male infant (Anzick-1) recovered from the Anzick burial site in western Montana. The human bones date to 10,705 ± 35 14C years BP (approximately 12,707–12,556 calendar years BP) and were directly associated with Clovis tools. We sequenced the genome to an average depth of 14.4× and show that the gene flow from the Siberian Upper Palaeolithic Mal’ta population5 into Native American ancestors is also shared by the Anzick-1 individual and thus happened before 12,600 years BP. We also show that the Anzick-1 individual is more closely related to all indigenous American populations than to any other group. Our data are compatible with the hypothesis that Anzick-1 belonged to a population directly ancestral to many contemporary Native Americans. Finally, we find evidence of a deep divergence in Native American populations that predates the Anzick-1 individual.

http://www.nature.com/nature/journal/v506/n7487/full/nature13025.html

Приведу цитату из вышеуказанного исследования.

«Мы определили Y-гаплогруппу образца Anzick-1 как Q-L54* (хM3) и используя 15 ранее проанализированных последовательностями Y-хромосомы построили дерево, чтобы проиллюстрировать филогенетическое контекст, в рамках гаплогруппы Q. Используя данные об одиночных нуклеотидных полиморфизмах (SNP), мы использовала данные Anzick-1, чтобы оценить время дивергенции между субкладами Q-L54* (хM3) и Q-M3, двух из главных вариаций Y-хромосомы,  характерных для Америки. Нами получено время дивергенции примерно 16 900 лет назад (95% доверительный интервал: 13 000 — 19700 лет назад». 

nature13025-sf2

При этом сравнение  генома Anzick-1 с 52 современными индейскими популяциями выявило большую близость  к ним, чем к современным популяциям Евразии. Причем он оказался ближе к популяциям Центральной Америки, чем Северной.

nature13025-f2

Но, несмотря на явно прорывный характер этой работы для филогении гаплогруппы Q, авторы не пошли дальше определения L54 в качестве терминального снипа.

Отметим, что L54  достаточно «широкий» снип c географической точки зрения. Он распространен по обе стороны Берингова пролива.В частности, в Евразии остался субклад L54+ L330+, представители которого зафиксированы в ряде популяций: от коренных народов Сибири до евреев-романиотов в Греции. 

Исследование проведенное российскими сitizen scientists из группы YFull, занимающейся интерпретацией данных полного сиквенса Y-хромосомы, позволило заглянуть глубже. Anzick1 принадлежит к субкладу L54+ Z780+. Причем данные полного сиквенса его Y-хромосомы, приведенные в дополнительном материале к исследованию Rasmussen et al. (2014), позволили уточнить филогению гаплогруппы Q в целом и даже выделить ещё один субклад L54+ Y2816+

1618571_414955885305304_560427902_n

Дайджест новостей генетики и ДНК-генеалогии за январь-февраль 2014 года (часть 2)

**

Разработчики pyGenClean разместили полезный инструмент для предварительной подготовки выборки популяций для GWAS и этно-популяционного анализа. С помощью можно значительно автоматизировать относительно сложный процесс нахождения генетических outliers (т.е посторонних образцов выделающихся на фоне гомогенной однородной структуры популяции), а также провести многомерное шкалирования имеющихся популяций.

**

Я закончил проект по изучению структуры аутосомного генофонда грузинских этнографических групп. Ниже приведены выполненные в проекте публикую графики c результатами многомерного скалирования (MDS) и  анализа главных компонент (PCA) в изученной выборке. Еще я понял свою главную ошибку во время работы с предыдущими графиками — она состоит в том, что я раньше не сохранял в R framework данные и историю проделанных над ними операций. R очень гибкая среда для статистического анализа, но в силу большого разнообразия существующих пакетов для визуализации данных для выполнения одних и тех же команд часто возникает путаница с выбором подходящей техники визуализации. Поэтому лучше всего не начинать каждый раз с нуля, а сохранять workflow для последующих экспериментов. 1488015_10202873063857417_243934024_n 1526938_10202873450227076_1155088601_n

**

В русскоязычном секторе Интернета увеличивается число простых людей (и не совсем простых людей, вроде Татьяны Толстой), которые не боятся рассказывать открыто о своих генетических рисках, хотя в силу своего непонимания того что именно означает указанная в отчете risk odd (вероятность риска) , многие их выводы выглядят наивными.
Впрочем, ничего нет нового под Луной. Многие из моих сверхоптимистеских собеседников предполагали, что именно благодаря 23andme у рядового обывателя появилась возможность  наблюдения за своими генотипами (или геномами , под которым мы — summa summarum — понимаем здесь всю совокупность прочитанных генотипов), и даже за динамикой экспрессии свого экзома.
Тем не менее, даже я помню, как задолго до начала моего увлечения генетикой, примерно в 2002 году я видел передачу про исландскую компанию Decodeme по Discovery Channel. После длинного интервью с тогдашним ведущим сотрудником этой компании (К.Стефансон), в котором он рассказал о тотальном (почти 80%) генотипировании всей исландской нации, создатели фильма взяли краткие интервью у простых исландцев. Мне запомнился один исландец-докер, который — не отрываясь от процесса разгрузки траулера с рыбой, — с улыбкой на лице сказал: «Я могу выпивать по 10 чашек кофе в течении одного часа. Cогласно исследованиям ученных из DeCODE Genetics, в гене метаболизма кофеина у меня аллельный вариант, повышаюший скорость метаболизма кофеина».
Вывод — 23andme не были первыми, их заслуга в другом — в том что они вывели персональную геномику (в ее упрощенной форме) на новый, международно доступный уровень.

**
Компания Nanoporetech выпустила на рынок портативное устройство MinION, предназначенное для анализа молекул (в том числе и молекул ДНК), его можно применять для анализа структуры протеина и секвенрования ДНК. Устройство можно подключить к обычному компьютеру через USB-порт.
**

Уважаемый Pavel Bernshtam предложил реалистичную перспективу на стартапы. Кроме всего прочего, между строк замечаний Бернштама можно прочитать имплицитное неявное объяснение феномена значительной молодости самых известных стартаперов (им нечего терять и их руки-головы не связаны-загружены семейными обязанностями прокормки супруги и спиногрызов).
Я стою на перепутье выбора между развитием идеи этно-популяционного ДНК-калькулятора в форме стартапа, либо форме краудсорзинга, либо некоммерческая инструментализация разработки в криминалистике (в виде патента на методику нового вида криминалистической ДНК-экспертизы, которая со временем заменит надоевший всем фбр-овский CODIS):

«Хорошо, если просили про стартапы. Для стартапа нужно несколько вещей. Самое простое — идея. Идея сама по себе не стоит ничего. 0. Самая классная идея — НИЧЕГО. Идея начинает хоть что то стоить (тоже немного) если на ее основе написан бизнес план. Обоснованный бизнес план. Бизнес план, который может убедить. Сколько юзеров придет к вам на сайт в первые полгода? миллион? А почему? Докажите. А сколько зарегестрируется? Почему?
Следущее, что нужно — человек, который может принести инвестиции. Для этого нужно — представительность, бизнес план, знакомства и уйма всего иного. Нужно найти выход на инвесторов (без выхода тоже можно, но разговаривать с тобой будут иначе), нужно что бы тебя порекомендовали, нужно уметь рассказывать и убеждать. Далее — деньги. Скорее всего у Вас не получится сделать прототип, достаточный для получения инвестиции вечером на коленке, параллельно с основной работой. Вам надо будет уволиться и писать код.»

**
Как Вы помните, на Gedmatch.com были размещены разработанные мною этно-популяционные калькуляторы MDLP на платформе DIY Dodecad. Они позволяют довольно-точно определять этническое и популяционное происхождение исходя только из сравнительноого анализа частот полиморфизмов ДНК протестированного человека с частотами полиморфизмов ДНК в референсных популяциях. Несмотря на простоту использования (загрузил свое raw data, нажал на кнопку — получил результат), основные пользователи этого инструмента — американцы — имеют траблз с пониманием и интерпретацией результатов. Вот например, из свежего, присланного мне в январе. Ко мне уже обращаются как к доктору, который должен выдать свой авторитетный этнодиагноз:

» I had my test at 23and me and it has me as 100 European.
My mom says its a lie as my dad was an inuit from Alaska .My kit is ******
Could you please debunk inuit story»

Papa was a rolling stone (c)

«My results are for North-Amerind, (North American Indian) .. I suspect 4 generations back

Chr 1 1.7%
Chr 7 3.3%
Chr 18 2.5%

Is this a definite result for American Indian Heritage?»

На такие письма я вообще больше не отвечаю. Весьма странно что у столь многих американцев в последнее время появился фетиш происхождения от американских индейцев. Раньше это было не так заметно.

**

Повторное ресеквенирование «древнего» генома останков жителя мезолитической Иберии из La Brana 1 (того самого, которого исследовали в позапрошлом году на аутосомы и митохондриальный геном) показало, что этот человек имел очень необычную для Европы Y-хромосомную гаплогруппы — С6. Странности заметны на и уровне фенотипа: согласно анализу комплекса снипов, определяющих на уровне генотипа цвет кожи и глаз, он был темнокожим человеком с голубыми глазами (!).  У древнего европейца, жившего в пещере Ла-Бранья-Аринтеро (La Braña-Arintero, León) на севере Испании примерно 7 тысяч лет назад, были голубые глаза и очень смуглая кожа. Так художник представил себе то, как выглядел житель испанской пещеры 7 тысяч лет назад. (Ниже рисунок, опубликованный в Эль Паис.)

Палеогенетики успешно прочитали ДНК из костей древнего европейца, жившего в одной из пещер на севере Испании примерно 7 тысяч лет назад, и выяснили, что у него были голубые глаза и очень смуглая кожа, говорится в статье, опубликованной в журнале Nature. «Главным сюрпризом для нас стало то, что этот человек обладал типично «африканскими» версиями генов, которые управляют пигментацией кожи, что вероятно делало его очень смуглым или даже темнокожим, хотя мы и не можем точно определить ее тон. Еще более удивительным стало то, что этот «испанец» обладал теми вариациями генов, которые делают глаза европейцев голубыми, что делает этот геном уникальных, так как по всем остальным признакам он происходит из Северной Европы», — заявил Карлес Лалуэса-Фокс из Института эволюционной биологии в Барселоне (Испания). Что касается редкой гаплогруппы (C6, или по мнению некоторых исследователей просто C), то оказывается, что еще в 2013 году несколько любителей-непрофессионалов предсказывали вероятность присутствия С у части жителей палеолитической и мезолитиской Европы — по их мнению, мужское население палеолитической Европы могло принадлежать к линиям — C-V20 (в ISOGG С6), F и IJ.

«Ранние представители современного человека в Европе (EEMH), широко известные как кроманьонцы, мигрировали с Ближнего Востока в Европу несколькими волнами. Задумывашись над тем, какие гаплогруппы Y-ДНК могут быть связаны с ними, и в каком порядке они мигрировали в Европу, я придумал следующую хронологии для верхнего палеолита.

1) Гаплогруппа С6 (или С *, которая развилась в C6 в Европе)

2) Гаплогруппа F

3) Гаплогруппа IJ (которая развилась в Европе в гаплогруппу I) «

Заслуживает внимание и мастерское использование в данном исследовании методов секвенирования нового поколения — в частности, после того как генетики собрали геном древнего европейца из прочитанных мелких сегментов ДНК («ридов») по методу отображения ридов на референсный геном человека,  осталось приличное количество неиспользованных ридов. Генетики использовали «сухой остаток» для проведения метагеномического анализа. Как известно, метагеномика работает с набором всех ДНК находящихся в среде; следовательно генетики сделали удачное предположение о том, что «риды» без привязки к человеческому геному принадлежали геномам бактерии. BLAST-анализ ридов в Генбанке позволил установить те виды бактерий, секвенсы геномов которых были наиболее близки к изучаемым ридам.


В конце января были опубликованы две замечательные статьи на русском языке, посвященные бурно развивающейся области исследований — молекулярной патологии: «Молекулярная патология и роль врача-патологоанатома»  и «Наследственно обусловленный рак молочной железы и яичников«.


The Coop Lab продолжает размещать материалы о статистических рассхождениях в характере наследования генетического материала у ближайших родственников. Традиционно считается, что сибсы (сиблинги) одного пола похожи друг на друга в той или иной степени. Различие в фенотипических чертах объясняются разными факторами окружающей среды воздействующих в разной степени на их развитие. Тем не менее, как было показано в статье The Coop Lab,сибсы различаются также на уровне своего генома, за счет случайности сегрегации и рекомбинации.


Китайские генетики разработали  новый метод генной хирургии (точное геномое редактирование) и успешно применили его на макаках.


Ученные из университета Северной Аризоны «возродили» вирус древней чумы, пандемия которой пришлась на время правения византийского императора Юстиниана (Юстинианова чума). В лаборатории был прочтена последовательность ДНК бактерии-возбудителя чумы, которая содержалась в останках жертв этой пандемии. Очевидно, здесь также применялись методы метагеномики.


В сетевой версии журнала «Наука и жизнь» размещена статья о характере генетической интрогрессии (межвидовым обменом чужеродной генетической изменчивостью) произошедшей между неандертальцами и предками анатомически современного человека много десятков тысяч лет назад, и приведшей к частичной гибридизации двух видов, чьи эволюционные пути разошлись около полумиллиона лет тому назад:
«Оказалось, что практически все неандертальские гены локализованы в Х хромосоме, а значит, передались нам по женской линии. Ученые пришли к выводу, что мальчики, рождавшиеся в результате смешения кровей, были в большинстве своем бесплодны. «Когда неандертальцы и люди скрещивались, это было на краю биологической совместимости, ведь два генома не встречались друг с другом примерно полмиллиона лет», — комментирует результаты исследования один из его авторов Дэвид Рейч, генетик из Медицинской школы Гарварда (США).»

Я еще в 2010 году говорил, что если смешивание с неандертальцами происходило, то скорее всего гены были привнесены от связей между мужчинами homo sapiens sapiens и женщинами-неандертальцами. Не откажу себе в удовольствии процитировать свое сообщение на форуме Молгена.

«Re: Люди носят гены неандертальцев
Ответ #23 : 10 Май 2010, 19:40:25  Самое неубедительное в обеих работах это
1)отбор снипов для анализа (перекрестное сравнение снипов орангутанга, человека и шимпанзе — выбрали те, которые у человека являются, как считается, потомковыми).
2) по отобранным снипами произвели выравнивание (alignment) секвенсов шимпанзе, человека и неандертальца фазирование предкового генотипа общего предка человека, неандертальца и современного человека (т.е говоря проще, реконструировали (предсказали) гипотетический генотип по методу Байесовской апостериорной вероятности)
3) затем разбили фрагменты генома неандертала по снипами по признаку совпадения или несовпадения с предковыми значения гипотетического секвенса общего предка шимпанзе и гомо, на три группы -гомозиготные с предковым значением снипа, гомозиготные с потомковым значением и просто гетерозиготы. Про исключение более половины мутаций (пусть и синонимических), я вообще молчу. Но кто может гарантировать, что предковый генотип реконструирован верно, и, что самое главное — где доказательство того, что у неандертала должно быть именно предковое значение снипа, а не мутировавшее параллельно с человеком.
Наконец, на приведенном выше графике, разброс участков генома совпадающих у человека и неандертальца по X хромосоме, находится в меньшем диапозоне SD (стандартного отклонения), эти участки небольшие, но по структуре более дивергентные.
Из чего следует 2 вывода:
a) основное генное вливание шло через X хромосому и b) поскольку около 2/3 генетической информации X хромосомы аккумулируется в женских линиях, то направление вливания шло через самок неандертальцев и мужчин-сапиенсов, что несколько противроечит картине изображенной в первой статье.»

Любопытно, что при ресеквенировании геномов неандертальцев и секвенировании геномов новых неандертальцев (из пещеры Окладникова) применили новый метод секвенирования. В частности, они секвенировали митохондриальную ДНК из кости неандертальца и отделили ее от ДНК современного человека, что позволило доказать родство между жившими в Сибири и в Европе неандертальцами.Метод определения посторонних наслоений ДНК основан на анализе ее естественных мутаций. Так, у 30–40% образцов, возраст которых насчитывает несколько тысяч лет, цитозин превращается в тимин, а гуанин — в аденин. Ученые разработали систему, моделирующую процессы естественного изменения ДНК и сравнивающую полученный результат с данными образца.

Аналогичная методика была применена и в отношении менее древних образцов ДНК. Насчет мезолитических образцов из работы Лазаридиса, я не читал ту часть сапплемента где описывается техническая сторона опыта. Но в другой работе упомянутого в статье Скоглунда (Skoglund et al .2012) — в неолитическах образцах результаты поссмертной гидролитической деаминации (cytosine —> thymine or guanine —> adenine) были удалены. Но у неандера разумеется из было горадо больше и пришлось придумывать методику реконструкции первоначальных нуклеотидов.Кроме того, в статье Lazardis et.al.2013 (точнее в сапплементе) содержится указание на использование урацил-ДНК-гликосилазы и эндонуклеозы при подготовке библиотек для сиквенирования.Использование этого метода значительно (!) уменьшает включение деаминированных остатков C/G→T/A (здесь подробности).


Уважаемый «любитель» Владимир Таганкин на основе большого эмпирического материала (десятки тысяч гаплотипов) провел серьезное исследование дисперсии значений локусов Y-STR. Это исследование  по своему качеству превосходит многие статьи профессиональных популяционных генетиков.


В статье доктора Линча известный «феномен раздутости нефункциональной части человеческого генома» объясняется сочетанием ряда генетических факторов. Мутации, увеличивающие размер генома (дупликации), с гораздо меньшей вероятностью вредят организму, чем мутации, при которых часть генома теряется (делеции). Поэтому с увеличением частоты мутаций геном начинает непроизвольно расти. То есть причинно-следственная цепочка тут следующая:

малый размер популяции > увеличение генетического дрейфа > нарушение аккуратности репликации генома (увеличение частоты мутаций) > увеличение размера генома.

Как мне кажется, это объяснение можно применить к анализу всех мутаций, в том числе и STR (коротких тандемных потворов).


В январе и начале февраля было опубликовано несколько статей, в которых затрагивается тематика ДНК-криминалистика. Так в ходе проведенного Федеральным Бюро Расследований США аудита национальной базы данных ДНК, было обнаружено 166 ДНК-профиля, которые содержали ошибки. Часть этих ошибок появилась в результате ошибок клерков, другая часть связана с ошибками при интерпретации данных допущенных сотрудниками лабораторий. Проведенная тогда же проверка профилей ДНК в базе данных города Нью-Йорке дала аналогичные результаты. Неприятный факт обнаружения ошибок в STR-профилях ДНК поднимает старые вопрос о необходимости замены существующей системы CODIS. В более ранней работе, в которой рассматривалась роль и место устаревающей, но по-прежнему существующей системы CODIS в системе быстро развивающегося комплекса знаний о геноме человека, авторы сделали интересный вывод: несмотря на то, что маркеры CODIS часто лежат в пределах геномных и генных доменов, связанных с риском развития определенных заболеваний или отвечающих за определенные функции генома, не было найдено никаких  убедительных доказательств того, что «короткие тандемные повторы», используемые в качестве маркеров CODIS, могут помочь установить физические черты человека.  Наконец, в совсем новой работе по ДНК-криминалистике («Recent Advances in Forensic DNA analysis«), наряду с обсуждением сугубо технических моментов сбора и подготовки биологического материала к анализу, затрагивается и вопрос о возможных альтернативах STR (коротких тандемных повторов), т.е того типа маркеров которые лежат в основе системы CODIS. Одной из логичных альтернатив являются однонуклеотидные полиморфизмы (снипы). Одним из преимуществ снипов над STR является тот факт, что в сильнодеградированные фрагменты ДНК могут быть проанализированы только с помощью снипов. Будучи биаллельным маркером, снип может быть включен в ДНК-профиль, однако информативность одичного снипа гораздо ниже информативности STR-локусов, в силу чего  процесс установления личности при работе со смесью разнородных ДНК усложняется. Хотя единчный снип менее информативен ( в силу биаллельности), чем STR, но этот недостаток можно легко избежать за счет увеличения  количества SNP(снип)-маркеров, используемых при анализе. Разный уровень гетерозиготности  является одной из наиболее ценных особенностей снипов. Другой положительной чертой снипов является то, что при определении снипов нет нужды на разделение сегментов по их размеру, что делает мультиплексирование и автоматизации более доступны, чем  в анализе коротких тандемных повторов. Кроме того,  низкая скорость мутации снипов значительно улучшает их стабильность в качестве генетических маркеров.

 

Еще раз о эволюции «динарской клады» гаплогруппы I2a1b и славянизации Балкан

Как известно моим постоянным читателям, я уже на протяжении почти 5 лет пытаюсь опровергнуть устоявшееся в популяционное генетике представление о том, что частотный пик распространения на Балканах гаплотипов так называемой динарской клады гаплогруппы I2a1b можно объяснить  непрерывной генетической приемственностью населения этого региона со времен палеолита. Даже само кодовое название «ветви» — «динарская» — носит условный характер. Вопреки популярной точки зрения,  на самом деле название восходит не к трудам Нордтведту (который его просто популяризировал), а к известной cтарой статье Barac et al.2003. Авторы описали Dinaric Modal Haplotype в его 5-маркерной форме «(DMH: 16–24–11–11–13) by DYS19–390–391–392–393, respectively». Позднее он был расширен до 17, 37,67 и 111 маркеров и обнаружен не только на Балканах, но и по всей Восточной Европе

К сожалению, большинство из моих убедительных аргументов остаются без должного внимания со стороны профильных популяционных генетиков.  На дворе уже 2014 год и что мы видим в свежих работах по популяционной генетике населения Восточной Европы? Собственно говоря, ничего нового. В статье В.С. Панкратова, О.Г. Давыденко «Структура генофондов населения двух регионов Белорусского Полесья» 2013, стр.46 читаем: «Различие частот гаплогруппы I2a2 между популяциями «Вичина» и Западного Полесья не является достоверным, соответственно, она могла попасть в «Вичин» из других регионов Западного Полесья, при этом не происходило событий, приводящих к сильному генетическому дрейфу. Напомним, что для данной гаплогруппы характерна более высокая частота в Полесье, чем в других частях Беларуси, что предположительно является результатом мигра- ции ее носителей из потенциального балканского ледникового рефугиума на территорию юга современной Беларуси. Таким образом, заселение «Вичина» носителями Y-хромосомы I2a2 произошло либо так же, как и заселение других регионов Западного Полесья (в результате миграции с Балкан), либо позже в результате миграции с прилежащих территорий).»  Что характерно — здесь эта гаплогруппа (а речь идет конечно же о печально известной динарской субкладе этой гаплогруппы) названа I2a2 по старой терминологии, а в таблице частот уже по более новой I2a1. Это обстоятельство указывает на то, что статья писалась (или дописывалась) в разные времена. Похоже это общее место всех работ в области популяционой генетики,  так или иначе затрагивающих проблематику балканского палеолитического рефугиума, уже никогда не устранить. И это несмотря на то, что открытие новых снипов и соответствующие изменения в филогенетическом дереве гаплогруппы I2a-P37.2  дают надежные доказательства верности моей первоначальной гипотезы. Вот так, например, выглядит разметка филогенетического древа I2a-P37.2 по состоянию на начало 2014 года.

Еще более глубокая структура субкладов I2a1b приведена в черновой рабочей схеме компании Yfull.

I2_M423_20140203

Несмотря на интуитивно понятную структуру организации информации в филогенетических деревьях (кладограммах), они не могут быть использованы в качестве окончательного аргумента при строгом логическом доказательстве какой бы то ни было гипотезы.
Так уж повелось, что при аргументировании своей позиции в попгенетике надо оперировать языком сухой статистики и математики. Выводы и модели могут быть верными, частично неверными или даже полностью неправильными. Но если они выражены в формально-математическом виде, они имеют полное легитимное право на принятие к обсуждению в ситуации рациональной и конструктивной дискуссии. Поэтому статья (с рабочим названием » ‘Динарская субклада’ I2a1b: маркер славянской экспансии на Балканы?»)  должна  включать в себя, к примеру,  графическое отображение графа филогенетической сети гаплотипов динарской клады, но традиционными методами эту задачу решить крайне сложно. Я наткнулся на интересную альтернативу для тех случаев, когда вместо филогенетической схемы гаплотипов нужно строить гаплотипные сети (haplotype networks), но из-за больших объемов данных построить их в стандартной попгенетической программе Fluxus-Network в течении разумного времени не получается.

Вместо классического, но медленного FN можно использовать бесплатное программное обеспечение Arlequin > HapStar > Graphviz/Gephi/R-Graphviz. Первая попытка визуализации в Gephi:

1526576_10202941657572217_2008628619_n
Поскольку с эстетитческой точки зрения эта попытка была не очень удачной, то я решил повторить эксперимент с визуализацией MST динарского кластера гаплогруппы I2a — на этот раз в цветном исполнении.  В самом центре белоруские гаплотипы, окруженные украинскими гаплотипами. Ветвь Вереничей (Belarus19) в кластере гаплогруппы I2a: Belarus32->Bulgaria68->Poland365->Belarus 19, и очень близко к центру.

1048962_10202961233661607_1211213762_oЗатем я  частично переработал граф сети гаплотипов динарского кластера гаплогруппы I2a1b. Алгоритм Force Atlas 2, хотя и позволяет разглядеть мелкие детали размещения отдельных гаплотипов, — в конечном итоге дает уникальную структуру графа, и эта структура существенным образом отличается от привычной структуры сети гаплотипов в работах попгенетиков. Исходя из этого, я решил ограничиться применением Force Atlas, а затем сгруппировал перекрывающиеся узлы графа в одну группу. Благодаря этому незамысловатому трюку, на выходе я получил гораздо более приемлимый с точки зрения академического стандарта графический вариант. Это, конечно же, не штейнеровское MP-дерево гаплотипов в Fluxus Network, однако и оно дает неплохое представление о характере развития динарского кластера.

Задача: как вы думаете, где находится визуальный центр равновесия графа?

Подсказка: Иногда люди ошибочно полагают, что предковые гаплотипы — это гаплотипы в самом большом кластере. Например, в данном случае — в оранжевом метаузле. Однако это предположение работает только в том случае, если в популяции не было быстрого роста и экспансии. В противном случае может статься так, что носитель маргинального гаплотипа способен, в силу случайных и неслучайных причин вызвать эффект основателя, породив множество потомков. В таких случаях мы можем наблюдать картину характерную для данного графа. И это далеко не единственный случай

1555325_10202973979300240_689832560_n

Еще немного покопался в графе (MST) гаплотипов динарского кластера I2a1b. На полпути зум в Gephi сломался, и процесс «причесывания» начального графа пришлось заканчивать уже в Adobe Illustrator и Adobe Photoshop. Но надеюсь, что теперь-то граф представлен в удобоваримом формате:


1536644_10202976299438242_1824667689_nВ процессе подготовки материала к своей статье о динарской субкладе I2a1b, я сделал график многомерного шкалирования по вычисленной в Арлекине матрице Fst-расстояний между 42 популяционными группировками гаплотипов динарской субклады.

1656113_10203040706128369_1678657762_n

Примечательно что скорректированный коэффициент детерминации R2 в данном случае негативный (что редкость), впрочем этого можно было ожидать так как сам коэффициент детерминации R2 достаточно близок к нулю (R2=0.015), то есть данная модель — разбивка носителей по этногеографическим группам — объясняет 1.5% всей статистической вариативности всей выборки. Кроме того, p-value=1, а это означает, что мы должны принять нулевую гипотезу (отсутствие корреляции). Это близко к полученным значениям AMOVA, согласно которым на генетическое разнообразие между этническими группами приходится только 1% всего генетической разнообразия выборки. 98% приходится на разнообразие между отдельными гаплотипами. Говоря простыми словами, в выборке динариков-I2a1b отсутствует значимая кластеризация по этническому признаку.

Более надежное доказательство вышеозвученного вывода было получено при выполнения теста Мантеля, в котором определялась наличие и надежность корреляции между матрицнй географических расстояний и матрицы попарных Fst между группами популяций. Значения p-value c двухсторонним критерием (two-tailed p value) значительно больше 0.05, что означает  только одного — значимой корреляции не наблюдается, несмотря даже на приличный размер выборки — 774 гаплотипа.

Разумеется, если бы моя статья сопровождалось только схемами и результатами вычислений, то тогда это было бы статья стандартного формата популяционной генетики. Однако, как мне представляется, гораздо интереснее рассмотреть вопрос эволюции и миграции носителей «динарской клады» I2a1b в интердисциплинарном ключе. В этой связи необходимо посмотреть на эту проблему глазами историка, тем более что время экспансии  «динарцев» отлично накладывается на временной интервал экспансии славян на Балканы.

Как я уже отмечал ранее, в журнале Studia Slavica et Balcanica Petropolitana cодержится немало интересных статьей, в которых освещается современное состояние вопроса о так называемой славянизации Балкан во второй половине первого тысячелетия нашей эры.
По непонятной причине, в этом вопросе задают тон те слависты-историки, которые занимаются изучением проблем хорватского этногенеза. По этой причине в журнале представлены сразу 4 альтернативные взгляда на происхождение хорватов, которые представляют собой не столько развитие традиционных конкурирующих теорий автохтонности хорватов (Иван Лучич, Фердо Шишич, Франьо Рачки и пр.) versus миграционной модели (кульминировавшей в дискурссе иллиризма в середине 19 века), сколько новый тренд постмодернистского переосмысления многих традиционных понятий обеих теорий и исторических источников в виде идеологических конструктов и дискурссивных формантов.

  1. Алимов Д. Е. В поисках «племени»: этногенетическая модель «Венской школы» и проблема появления хорватской этничности.
    Алимов отвергает примордиалистский подход к хорватской этничности, в которой далмацкие хорваты виделись осколками первичной хорватской этничности. Термин «хорват» гентилистский, а не этнический: в Аварском каганате этот термин обозначал одну из (много) этно-социальных групп gentes разного происхождения, объединенных не родовыми связями, а принадлежностью к общей воинской группе.Может ли хорватский гентилизм служить свидетельством неславянского характера хорватской этничности или его следует понимать как закономерный социальный продукт миграции со свойственным этому процессу выдвижением на передний
    план — в том числе и в процессах групповой идентификации — воинского дружинного элемента? В свое время Х. Л овмяньский, размышляя над путями формирования так называемых «больших племен» в славянском мире, предположил, что в условиях славянских миграций и колонизации новых пространств закрепить название старого «большого племени» на новом месте, образовав новое «большое племя» со старым названием, могли только хорошо организованные воинские группы [34, Подобным же образом рассуждает и М. Анчич, полагая, что под хорватами и сербами Константина Багрянородного следует разуметь правящие слои соответствующих политий, состоявшие из знатных родов. Во время распада Аварского каганата разные группы хорватов укрылись кто в горах Карпат, кто в Судетах, кто в Восточных Альпах, кто на Динарском нагорье. Поскольку обозначение хорват обозначал лишь принадлежность к определенной социальной группе аварского каганата, то между карпатскими, силезскими, альпийскими и далматскиим славянами нет родства. То есть хорватская идентичность есть продукт трансформации соционима в этноним.
  2. Известная работа Флорина Курты «Создание Славян».
    Если выразить смысл этой работы одним предложением, то автор отрицает самое существование славян до их встречи с византийцев. Само слово славяне и понятие славянства есть продукт византийского имперского дискурса, и первоначально включал в себя не только славян в собственном смысле этого слова, но и германцев, иранцев, фракийцев и так далее.Заключительный раздел труда Ф. Курты суммирует выводы исследования. Особенно важным представляется вывод о том, что раннеславянская этничность не основывалась на языковой общности. (При этом, автор совершенно справедливо замечает, что сам этноним словене появляется гораздо позднее и лишь на периферии славянского ареала.) «Создание славян, — пишет Ф. Курта, — явилось не столько результатом этногенеза, сколько итогом инвенции, воображения и систематизации византийских авторов. … Это была… Самобытность сформированная в тени Юстиниановых крепостей… Имеются существенные основания утверждать, что эта самобытность была значительно более сложной, чем дублет «cклавены — анты» навязанный византийской историографией. … Первое отчетливое утверждение «мы — славяне» происходит из Повести временных лет XII в. Этой летописью завершается процесс создания славян…» (с. 349-350).
  3. Мягкий вариант синтеза «готской теории» и «автохтонтизма» в статьях Мужича. На основании источников, содержащих информацию о переселениях на современную хорватскую территорию, автор приходит к выводу, что именем Sclavi(ni) в принципе назывались полиэтничные переселенцы на Балканах. Суммируя результаты антропологических и генетических исследований, автор заключает, что современные хорваты по преимуществу являются потомками автохтонного населения Балкан. Автор доказывает, что хорватский народ возник как новая этническая общность на Балканах этническим соединением и социальным взаимодействием пришедших с севера воинских контингентов «гото-склавинов» и проживавших здесь различных популяций более многочисленных автохтонов.
  4. Постмодерниcтский-постколониальный этнодискурс австралийского исследователя Дэниела Дзино — книга «Becoming Slav, becoming Croat: identity transformations in post-Roman and early medieval Dalmatia» (Leiden; Boston: Brill, 2010). В книге на методологической платформе постмодернизма и конструктивистского подхода к этничности рассматриваются этносоциальные процессы, протекавшие на территории Далмации (Хорватия) в период поздней античности и раннего Средневековья.

<

p>Попробуем подвести промежуточные выводы этих моделей. Ведущие хорватские историки-слависты, а также некоторые российские «хорватоведы» рассматривают процесс генеза славян в виде некоего подобия черного ящика. Напомню: черный ящик — это система, в которой внешнему наблюдению доступны лишь входные и выходные величины, а ее внутреннее устройство и протекающие в ней процессы не известны. В этом смысле, Аварский кагант действительно хорошо подходит на роль «черного ящика». Большинство исторических сведений об Аварском каганате касается лишь его внешней политики (прежде всего, военных действий). Что касается внутреннего устройства этой кочевой империи, то оно по-прежнему остается terra incognita для историков в силу скудности, фрагментарности и противоречивости имеющихся источников о государственно-административном устройстве этого государства. Поэтому приходится либо интерпролировать имеющиеся сведения о социально-политической структуре других кочевых империй (тюрков, гуннов, монголов), либо просто фантазировать.
Согласно мнению Курты и его сторонников, процесс этногенеза славян протекал следующим образом. Где-то в середине 6 века нашей эры некие ещенеславянские сообщества людей попадают в «черный ящик» Аварского каганата. Спустя несколько поколений «инкубации» славянства из черного ящика Аварского каганата выходит некая, как говорили марксисты, «новая сообщность людей». Эта «новая сообщность», nihilnominus Sclavi («ничтожные именем склавины», как выразился один франкский летописец) внезапно (!) появляется в поле зрения византийцев, «выходя из-за тени построенных Юстинианом на Дунае крепостей» (Ф.Курта). Именно им византийцы и дают имя «славян», имя которых потомки разнесут по всей восточной Европе.

Я конечно же понимаю, что перед хорватскими историками перед самым кануном вступления Хорватии в ЕС, был поставлен политический заказ воскресить старые идеи неславянского происхождения хорватов времен младонационалистического иллирического романтизма в новом, постмодернистском исполнении. Перефразируя вышеупомянутого Д.Дзино, суть этого идеологического заказа можно выразить следующим девизом: «Перестанем быть славянами -станем европейцами!». Но зачем так ненавидеть свои корни, cвое происхождение и свои истоки — это мне непонятно.

Этот конструктивистский подход к вопросу этнической идентичности, согласно которому Аварский каганат выступил в роле катализатора этноформирующей реакции, в результате которой миру была явлена славянская идентичность, мне представляется сомнительным. Здесь уместно вспомнить этническую ситуацию в более поздних империях, например в империи Габсбургов, СССР, ту же Югославию времен Броза Тита. Пример СССР особенно поучителен, особенно если мы учтем тот факт, что СССР существовал примерно столько же лет, сколько и власть Аварского каганата на территории современной Хорватии (не больше 70-80 лет). Хорошо известно, что одной из основной задач национальной политики CCCР было создание новой общности людей — «homines sovetici» («советские люди»). Однако как показала история, в процессе крушения империи (также как и в Югославии) этноцентробежные силы не только не исчезли, но скорее даже усилились. Нет никакого основания полагать, что во времена падения Аварского каганата все могло выглядеть иначе.

При сопоставлени этих моделей мы неизбежно сталкиваемся с закономерным вопросом: а что генетика или ДНК-генеалогия могут прояснить в хитросплетениях исторических фактов?  К счастью, многие историки начинают всерьез интересоваться методами популяционной генетики и ДНК-генетика применительно к вопросам этногенеза и миграции отдельных исторических этносообществ. К несчастью, нейтральные выводы генетики зачастую искажаются или подгоняются историками под те априорные модели, которых эти историки придерживаются. Вот, в свете этой переводной статьи хорвата Ивана Мужича, становится ясно, каким образом происходят злостные манипуляции с интерпретацией данных популяционно-генетического анализа. Этот автор придерживается комбинированной модели происхождения хорват (смешивание автохтонов и готов), поэтому он интерпретирует выкладки популяционной генетики по структуре Y-хромосомного генофонда хорват исключительно в свете предпосылки антропологической и генетической приемственности населения Балкан со времен палеолита.

1743460_10203015436016632_1110433635_n
Такие манипуляции нуждаются в опровержении — и именно эту задачу я считаю главной в своем исследовании.