Официальное извещение о начале нового проекта

18 февраля решил заново начать свой проект по изучению аутосом народонаселения восточной Европы.
Формально это означает окончание моего предыдущего проекта MDLP.
Я решил начать с нуля — на этот раз в основу будет положен контрольный сет из 400 000 снипов лаборатории Райха (Affymetrix HumanOriginsv3), точнее подмножество снипов этого сета, прошедшее контрольные QC-тесты.
Первая задача — самая трудная. Нужно импутировать на основании имеющихся 300-400 Kb те 990 000 снипов референсной панели 1000G (эти общие снипы референсной панели фазированных гаплотипов 1000G и чипсета 23andme v3.
Основная трудность в компьютерной ресурсозатратности задачи (на ее выполнение в кластерной системе из 8 узлов с 16 виртуальными процессорами и 136 гигабайтами оперативной памяти RAM требуется несколько недель распределенных вычислений).
Я попытаюсь выполнить эту задачу с помощью наименее эргоемкой комбианции — предварительного фазирования гаплотипов в SHAPEIT и импутации в IMPUTE2.
Если удастся — можно будет создать успешный пайплайн (на основании уже существующих образцов, которые я установил  на EC2-виртуальной машине амазоновского облака)  для прямого и максимально точного непосредственного сравнения сотен древних геномов с даннами клиентов компаний FTDNA и 23andme.

Будет тяжело, но без этого sine qua non этапа будущность моих исследований под большим вопросом

Открытое письмо к Ивару Максутову и редколлегии портала Постнаука

 

Здравствуйте, уважаемый Ивар и члены редколлегии Постнаука!

Обращаюсь к Вам с предложением напечатать на Вашем портале небольшую заметку о пост-научном явлении/движение. Эта заметка будет интересна самому широкому кругу лиц. Во-первых, она напрямую связана с наиболее важными на сегодняшний день сферами научного исследования — персональной геномики. Причем речь пойдет именно о пост-научном, научно-партизанском или пост-академическом подходе к изучению этой области, а именно о крайне новаторской парадигме изучения персональной геномики — парадигме так называемых персональных геномных блоггерах и их некоммерческих проектах генетико-генеалогического изучения генотипов десятков и сотен тысяч людей по всему миру. Это зарождающаяся область внеакадимческого и абсолютно-прикладного характера уже удостоилась внимания издателей журнала Nature.

http://www.nature.com/news/2010/101215/full/468880a.html

Если Вы согласны с размещением моей краткой статьи на портале, то Вашему читателю представиться абсолютно уникальный шанс присутствовать при становлении новой научной платформы, которая с одной стороны уже сейчас гораздо проще и доступнее для конечных рядовых потребителей, которые получили огромный массив личных «генетических» данных, но не знаю что с ними делать. А во-вторых многие из этих любителей персональных геномных блоггеров уже сейчас имеют компетенцию выше и шире чем многие их академические коллеги.