//
вы читаете...
DY calculator, Генетика, Инструменты, Популяризация, Теория, Эксперименты, аутосомы, MDLP

Бета-версия нового этно-популяционного калькулятора MDLP K27

По многочисленным просьбам, я все же решил сделать релиз бета-версии нового MDL DIYкалькулятора. Калькулятор носит кодовое название K27 по числу принятых в качестве априорных предковых компонентов.
Нужно отметить, что перед принятием решения о релизе я долго думал о том, имеет ли смысл выкладывать калькулятор и сопутствующую ему версию Genomic Oracle в открытый доступ. После долгих колебаний я все же решил все же выложить

Хочу сразу отметить три важных нюанса:

1) Эта версия коренным образом отличается от тех бета-версий, которые я отправлял на тестирование ув. А.Бурнашеву и С.Козлову

2) Я не собираюсь (пока) встраивать его в калькуляторы Gedmatch

3) Самое важное: в силу гораздо большего охвата референсных популяций (а всего их 429) в мировом масштабе, этот калькулятор будет гораздо менее информативен для европейцев (восточных и западных), в сравнении с другими калькуляторами проекта, уже находящимися на gedmatch. Это связана прежде всего с тем, что между главными кластерами генетического разнообразия европейцев наблюдается крайне низкая степень дивергенции.  Низкая степень дивергенции заметна на графике MDS центроидов генетического разнообразия каждой из использованных популяций (европейцы находятся в очень узком кластере в центре большого скопления в правой части графика)

Скорее всего в  случае с чистыми европейцами, калькулятор будет показывать только ключевые исторические эпизоды смешения популяций. В калькуляторе из 27 кластеров только 3-4 имеют значение для типичных европейцев. Зато (скорее всего) он будет идеальным инструментов для людей с би- и трирасовым происхождением, а также америндов, азиатов, и африканцев. Остальным рекомендую принимать результаты, как говорят англичане, with a grain of salt.

С другой стороны,  судя по дендрограммам кластеров калькулятора, объединение и соединения компонентов имеют четкую и логичную структуру:

Кластеризация компонентов в эвклидовой метрике

Кластеризация по методу Complate Linkage/Chi-square

Chi-Square/Ward’s method

Инструкции по пользованию калькулятором такие же как и в базовой версии калькулятора от Dienekes Pontikos (эти инструкции можно найти в его блоге). Файл параметров называется test.par.

Что касается Oracle, команды аналогичные Dodecad Oracle, c той лишь разницей что рабочая функция называется cответственно MDLOracle и MOracle2.

Ccылки на скачивание

MDLOracle

Oracle

DIYCalculator

Примечание — в этом дистрибутив калькулятора по ошибке не был включен файл с названиями компонентов (test.txt) .
Этот файл содержит названия компонентов в следующем порядке

Nilotic-Omotic
Ancestral-South-Indian
North-European-Baltic
Uralic
Australo-Melanesian
East-Siberean
Ancestral-Yayoi
Caucasian-Near-Eastern
Tibeto-Burman
Austronesian
Central-African-Pygmean
Central-African-Hunter-Gatherers
Nilo-Saharian
North-African
Gedrosia-Caucasian
Cushitic
Congo-Pygmean
Bushmen
South-Meso-Amerindian
South-West-European
North-Amerindian
Arabic
North-Circumpolar
Kalash
Papuan-Australian
Baltic-Finnic
Bantu

Практические результаты использования калькулятора на примере исходных популяций выборки

Расклад предковых компонентов у Этци Тирольского человека

[1,] «S1″ «0″
[2,] «28.1% Cypriot + 71.9% Sardinian» «10.4539″
[3,] «28.8% Cretan + 71.2% Sardinian» «10.5494″
[4,] «23.1% Druze + 76.9% Sardinian» «10.5847″
[5,] «19.9% Bulgarian-Roma + 80.1% Sardinian» «10.6089″
[6,] «19.8% Macedonian-Roma + 80.2% Sardinian» «10.6152″
[7,] «20% Roma + 80% Sardinian» «10.6193″
[8,] «29.9% Island-Greek + 70.1% Sardinian» «10.7168″
[9,] «30.3% Ashkenazi + 69.7% Sardinian» «10.8659″
[10,] «19.4% Georgian_Laz + 80.6% Sardinian» «10.928″

Структура компонентов в образцах древней ДНК из пещеры La_Brana

 BRA
[1,] «BRA» «0″
[2,] «75.5% North_Finn + 24.5% Spanish_Basque» «17.0606″
[3,] «24.2% French_Basque + 75.8% North_Finn» «17.3356″
[4,] «77.1% North_Finn + 22.9% Sardinian» «19.5163″
[5,] «24.1% Iberian + 75.9% North_Finn» «21.1495″
[6,] «76.2% North_Finn + 23.8% Spanish» «21.3459″
[7,] «78.5% North_Finn + 21.5% S1″ «22.1884″
[8,] «76.7% North_Finn + 23.3% Portuguese» «22.5586″
[9,] «76.3% North_Finn + 23.7% Puerto-Rican» «22.7617″
[10,] «22.1% Corsican + 77.9% North_Finn» «23.2394″

Древнее ДНК пост-мезолитических жителей Швеции (Готланда)

[1,] «Swedish-Mesolithic» «0″
[2,] «8.9% AriblacksmithIbd + 91.1% Latvian» «13.1043″
[3,] «9% Ariblacksmith + 91% Latvian» «13.1644″
[4,] «9.3% Aricultivator + 90.7% Latvian» «13.9085″
[5,] «9.3% AricultivatorIbd + 90.7% Latvian» «13.9138″
[6,] «7.4% AriblacksmithIbd + 92.6% Lithuanian» «15.5735″
[7,] «7.4% Ariblacksmith + 92.6% Lithuanian» «15.6297″
[8,] «92.7% Latvian + 7.3% Wolayta» «15.8622″
[9,] «4.8% Kalash + 95.2% Latvian» «16.2399″
[10,] «7.4% Aricultivator + 92.6% Lithuanian» «16.2569″

Древнее ДНК неолитических жителей Щвеции

1,] «Swedish-Neolithic» «0″
[2,] «61.9% Georgian_Jew + 38.1% Selkup» «22.6282″
[3,] «38.7% Selkup + 61.3% SephardicBul» «22.7533″
[4,] «37.6% Selkup + 62.4% Sephardic_Bulgaria» «23.0667″
[5,] «62.6% Morocco_Jew + 37.4% Selkup» «23.2594″
[6,] «38.2% Selkup + 61.8% SephardicTurk» «23.6872″
[7,] «38.6% Selkup + 61.4% South-Sicilian» «23.7453″
[8,] «38.1% Selkup + 61.9% West-Sicilian» «23.8583″
[9,] «56.3% Georgian_Jew + 43.7% Udmurd» «23.9074″
[10,] «37.2% Ket + 62.8% SephardicBul» «24.21″

Древнее ДНК жителя палеолитической стоянки Мальта (Сибирь)

[2,] «33.7% Brahui + 66.3% Udmurd» «21.9804″
[3,] «34.5% Makrani + 65.5% Udmurd» «22.357″
[4,] «34.3% Balochi + 65.7% Udmurd» «22.413″
[5,] «33.3% Sindhi + 66.7% Udmurd» «24.1198″
[6,] «36.5% Burusho + 63.5% Udmurd» «24.211″
[7,] «39.7% Pashtun + 60.3% Udmurd» «24.3389″
[8,] «34.3% Pathan + 65.7% Udmurd» «24.716″
[9,] «32.2% Pakistani + 67.8% Udmurd» «24.753″
[10,] «41.4% Tadjik + 58.6% Udmurd» «24.852

Довольно-таки интересны результаты литовских татар. Они показывают что основу их популяции составляли группы близкие к современным каракалпакам. Доказан факт смешивание со славянскими популяциями.

[1,] «Tatar_Lithuania» «0″
[2,] «45.7% Belarusian + 54.3% Karakalpak» «4.114″
[3,] «48.2% East-Ukrainian + 51.8% Karakalpak» «4.362″
[4,] «53.2% Karakalpak + 46.8% South-Russian» «4.373″
[5,] «45.7% Center-Russian + 54.3% Karakalpak» «4.4215″
[6,] «51.8% Karakalpak + 48.2% Russian_cossack» «4.7105″
[7,] «53.7% Karakalpak + 46.3% Pole» «4.7189″
[8,] «51.1% Karakalpak + 48.9% Ukrainian» «4.7654″
[9,] «56.2% Karakalpak + 43.8% Russian» «4.9077″
[10,] «49.9% Karakalpak + 50.1% West-Ukrainian» «5.5127″

Результаты дагестанцев. У кумыков из Стальского замтене сдвиг в сторону европейского неолитического фона, у даргинцев из Уркараха — в сторону таджиков, бурушей и пакистанцев

[,1] [,2]
[1,] «Stalskoe» «0″
[2,] «89.3% Lak + 10.7% Sardinian» «5.9513″
[3,] «87.7% Lak + 12.3% S1″ «5.9727″
[4,] «90% Lezgin + 10% Sardinian» «6.2035″
[5,] «91.1% Lezgin + 8.9% Spanish_Basque» «6.2534″
[6,] «88.6% Lezgin + 11.4% S1″ «6.339″
[7,] «8.8% French_Basque + 91.2% Lezgin» «6.3573″
[8,] «14.8% S1 + 85.2% Urkarah» «6.613″
[9,] «87.4% Lezgin + 12.6% Puerto-Rican» «6.6176″
[10,] «11.3% Iberian + 88.7% Lezgin» «6.6416″

[1,] «Urkarah» «0″
[2,] «87.2% Lak + 12.8% Tadjik» «3.9718″
[3,] «7.4% Brahui + 92.6% Lak» «4.027″
[4,] «7.1% Balochi + 92.9% Lak» «4.1902″
[5,] «90.7% Lak + 9.3% Pashtun» «4.2146″
[6,] «92.9% Lak + 7.1% Makrani» «4.2644″
[7,] «96.3% Lak + 3.7% Orcadian» «4.4254″
[8,] «5.3% Burusho + 94.7% Lak» «4.4391″
[9,] «95.4% Lak + 4.6% Pakistani» «4.4458″
[10,] «95.3% Lak + 4.7% Sindhi» «4.4459″

Чеченцы, как и должно быть находятся как бы посередине между восточно-северокавказскими популяциями и популяциями западной части северного Кавказа (дагестанцами):

[1,] «Chechen» «0″
[2,] «41.7% Balkarian + 58.3% Lezgin» «1.2933″
[3,] «47% Balkarian + 53% Lak» «1.461″
[4,] «48.6% Adygei + 51.4% Lak» «1.5575″
[5,] «43% Adygei + 57% Lezgin» «1.7072″
[6,] «54.3% Lak + 45.7% North-Ossetian» «2.2724″
[7,] «62% Adygei + 38% Urkarah» «2.3513″
[8,] «60.2% Lezgin + 39.8% North-Ossetian» «2.3592″
[9,] «60.3% Balkarian + 39.7% Urkarah» «2.3594″
[10,] «32.1% Cirkassian + 67.9% Lezgin» «2.647″
Доказана примесь тюркских генов у русских казаков

[,1] [,2]
[1,] «Russian_cossack» «0″
[2,] «4% Karakalpak + 96% Pole» «1.6702″
[3,] «92.7% Pole + 7.3% Tatar_Lithuania» «1.673″
[4,] «3.5% Kyrgyz + 96.5% Pole» «1.6749″
[5,] «96.1% Pole + 3.9% Uyghur» «1.6836″
[6,] «96.3% Pole + 3.7% Uygur» «1.6839″
[7,] «3.6% Kazakh + 96.4% Pole» «1.7032″
[8,] «96% Pole + 4% Uzbek» «1.7071″
[9,] «96.1% Pole + 3.9% Turkmen» «1.7144″
[10,] «3.6% Hazara + 96.4% Pole» «1.7184″

Результаты  крымских татар также обнадеживают. Они представлены как смесь ногайцев, башкиров, литовских татар, — и румын, греков из разных областей, что логично.

[1,] «Tatar_Crim» «0″
[2,] «54.3% Nogay + 45.7% South-Greek» «2.26″
[3,] «46.4% Center-Greek + 53.6% Nogay» «2.9529″
[4,] «46.2% Greek + 53.8% Nogay» «3.1448″
[5,] «55.8% Nogay + 44.2% North-Greek» «3.2151″
[6,] «50% Nogay + 50% Romanian_Jew» «3.3766″
[7,] «41.4% Kosovar + 58.6% Nogay» «3.9495″
[8,] «73.3% Greek_Azov + 26.7% Tatar_Lithuania» «4.6688″
[9,] «22.5% Bashkir + 77.5% Greek_Azov» «4.8702″
[10,] «57.6% Nogay + 42.4% Romanian» «5.0906″

Cеверные финны из Куусамо. Они выходят наиболее истинными наследниками палеолитического населения Европы

[,1] [,2]
[1,] «North_Finn» «0″
[2,] «39.8% BRA + 60.2% Finland» «22.1224″
[3,] «49.2% BRA + 50.8% South_Finn» «24.2635″
[4,] «54.8% BRA + 45.2% Finn» «25.2111″
[5,] «64.1% BRA + 35.9% Inkeri» «25.9453″

About these ads

Обсуждение

Бета-версия нового этно-популяционного калькулятора MDLP K27: 6 комментариев

  1. Ancient DNA of post-Mesolithic population of Sweden (Gotland):

    WOW — a mix between 91% Latvian and 9% Ari — the latter are from Ethiopia?!

    Could it be that the Ari were intrusive to Ethiopia and were originally metal workers from elsewhere, like the Middle East?

    Опубликовано Paul Conroy | Сентябрь 12, 2013, 9:35 пп
  2. May best guess would be that Ari signals some kind of statistical noise.

    Опубликовано verenich | Сентябрь 13, 2013, 10:40 дп

Обратные ссылки/уведомления

  1. Уведомление: Географическое распространение компонентов нового калькулятора проекта MDL K27 | Заметки о генетике - Сентябрь 12, 2013

  2. Уведомление: K = 26 admixture analysis of Amerindians and Mestizos | Genetiker - Октябрь 27, 2013

  3. Уведомление: О генетике древних жителей Сибири и многом другом | Заметки о генетике - Ноябрь 19, 2013

  4. Уведомление: MDLP World-22 analyses of the Ajvide genomes | Genetiker - Ноябрь 26, 2013

Добавить комментарий

Please log in using one of these methods to post your comment:

Логотип WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

You are commenting using your Twitter account. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

You are commenting using your Facebook account. Выход / Изменить )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Выход / Изменить )

Connecting to %s

Архивные записи

Отслеживать

Get every new post delivered to your Inbox.

Join 347 other followers

%d bloggers like this: